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对序列标签的回顾表明，它们仍然有其存在的价值。

在本月的特色文章介绍的是对花生过敏原的研究。

Mascot 培训课程附带练习，包括从头测序和容错序列标签。

Mascot：25 年来值得信赖的质谱蛋白质鉴定参考标准

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序列标签的30年历程

蛋白质组学自从光谱解释还需要用尺子和纸质打印件以来已经取得了长足进步。早在1994年，通过序列标签进行肽段鉴定需要将MS/MS光谱打印在纸上，并用透明胶片（用于投影仪）上的尺子线对齐。将氨基酸质量标记在上面，以找到序列标签，然后手动将其输入搜索表单，并在序列数据库中进行搜索。

尽管现代方法基本上使序列标签的使用变得过时，但在某些情况下，它们仍然可以帮助解决棘手的鉴定问题。一个例子是误差容忍标签（etag），它允许出现意外的修饰或序列中的小差异，例如单核苷酸多态性。当搜索etag时，肽段分子量约束被放宽，碎片离子质量值必须符合两种可能性之一。要么两个值都不变，要么两个值都按肽段质量的相同量发生偏移。

误差容忍序列标签搜索是在标准搜索、误差容忍搜索和de novo 序列测定之后的最后一步搜索策略。如果您有一个独特的问题，etag仍然是工具箱中有用的技术。

1994年在EBML的肽段测序还有更多历史，请参见我们的博客。

使用Mascot发表的特色文章

在这里，我们重点介绍了最近有趣且重要的文章，该文章采用Mascot进行蛋白质鉴定，定量或表征，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发送给我们PDF或URL。

Proteomic characterization of peanut flour fermented by Rhizopus oryzae

Christopher P. Mattison, Rebecca A. Dupre, Kristen Clermont, John G. Gibbons, Jae-Hyuk Yu

Heliyon 10, e34793 (2024)

花生（Arachis hypogaea）是八种常见的引起食物过敏的食物之一，主要有三种免疫优势的花生过敏原：Ara h 1、Ara h 2 和 Ara h 3。在这项研究中，作者研究了发酵是否能作为一种替代加工方法来减少或消除这些过敏原，使这种食物对花生过敏的个体安全。

作者用根霉（Rhizopus oryzae）发酵花生粉，并在发酵4、8、16、24和48小时后取样。提取蛋白质并进行SDS-PAGE，然后进行胶内酶解和LC-MS/MS分析。数据与定制的Arachis hypogaea数据库进行比对，以鉴定花生过敏原。使用Mascot Distiller Quantitation Toolbox通过Replicate协议进行非标记定量。

肽段强度比的变化表明，相对于未发酵样品，完整过敏原蛋白减少。然而，对胶酶解消化的样品质谱分析显示，在发酵48小时的样品中仍含有大量的Ara h 1和Ara h 3肽段。此外，免疫印迹分析显示，随着发酵时间的延长，花生过敏原有所减少。作者总结道，在这些条件下，R. oryzae发酵的花生粉不适合花生过敏个体。

容错序列标签练习

Mascot Distiller Search Toolbox 包含一个强大的 de novo 序列分析算法。起点可以是任何经过 Distiller 处理过的MS/MS 扫描以生成峰列表。由该算法生成的短序列标签可以提交给 Mascot Server 进行序列查询搜索，从而在数据库中找出正确的肽段。

培训课程模块“Sequence Queries”有更多的详细信息和一个示例。当然，也支持容错序列标签。 练习SQ3使用一个etag来识别肽段中的未知修饰。本文提供了提示和答案，但最好自己做这个练习，以了解etag多么有用。 联系我们获取 Mascot Distiller 为期30天的免费许可。

About Matrix Science

Matrix Science为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助大家更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot每年被2000 多篇论文引用，软件全线支持来自Agilent, Bruker, Sciex, Shimadzu, Thermo Scientific和Waters质谱仪生成的质谱数据。

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