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Mascot Server 3.0版本正在测试中。其新增功能之一是利用预测的保留时间和碎片离子谱图来提高肽段鉴定的准确性。

本月的重点刊物将介绍一种非靶向病毒鉴定的方法。

现在更新您的license，即可在Mascot Server 3.0正式发布时获取最新版本。

Mascot：25 年来值得信赖的质谱蛋白质鉴定参考标准

申请试用

通过机器学习优化结果

Mascot Server 3.0 目前处于测试版阶段，集成了最新的计算技术，用于预测保留时间和碎片强度。这些预测的特征用于区分正确与错误的匹配，从而提升了肽段和蛋白质识别的准确性。预测结果由 MS²Rescore 提供，该功能直接集成在 Mascot Server 中。

MS²Rescore 是由根特大学开发的“模块化且用户友好的平台，用于AI辅助的肽段识别重新评分”。它包括两个预测系统：DeepLC 是一种“基于深度学习的（带修饰的）肽段保留时间预测工具”，而 MS²PIP 提供“针对多种碎裂方法、仪器和标记技术的快速且准确的肽段碎片离子谱图预测”。与许多其他机器学习模型不同，它们能够对训练步骤中未出现的可变修饰进行准确预测。

我们选择了一个小型酵母数据集作为示例，并使用 Mascot 进行搜索。带有 MS²Rescore 的 Mascot Server 3.0 比完全优化的 Mascot Server 2.8 多识别了 17% 的独特序列和 13% 的蛋白质匹配结果。为了帮助您对结果充满信心，Mascot 提供了一个机器学习质量报告，帮助回答诸如“我选择了正确的模型吗？”、“预测结果准确吗？”等问题。

了解更多关于 Mascot Server 3.0 即将推出的机器学习新功能的信息。

使用Mascot发表的特色文章

在这里，我们重点介绍了最近有趣且重要的文章，该文章采用Mascot进行蛋白质鉴定，定量或表征，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发送给我们PDF或URL。

Universal Identification of Pathogenic Viruses by liquid chromatography coupled to tandem mass spectrometry Proteotyping

Clément Lozano, Olivier Pible, Marine Eschlimann, Mathieu Giraud, Stéphanie Debroas, Jean-Charles Gaillard, Laurent Bellanger, Laurent Taysse, Jean Armengaud

Molecular & Cellular Proteomics, published online July 29, 2024

作者开发了一种用于样品中非靶向病毒识别的方法。该方法通过使用磁珠从唾液样本中提取蛋白质，然后进行酶解和液相色谱-串联质谱（LC-MS/MS）分析。

作者使用 Mascot 搜索引擎和级联搜索进行分类识别。第一轮中，选择了最优的 10,000 个 MS/MS 谱图，并使用 NCBInr 数据库的一个子集搜库。该子集包含 50,995 个物种，每个物种有一个代表（494 个古菌，2231 个真核生物，12,047 个细菌和 36,223 个病毒）。在第二轮中，数据库缩小至第一轮中鉴定出的属及其所有后代，并使用该缩小的数据库对所有 MS/MS 谱图进行搜索。最后一轮是将所有 MS/MS 谱图再次搜索到经过第二轮搜索后确定的物种组成的数据库中。

作为概念验证，作者使用获得的来自感染者的病毒制备的公开可用的 shotgun 蛋白质组学数据集对该方法进行了评估。成功识别出 53 个公共数据集，涵盖了 23 种不同的病毒物种。从四名健康捐赠者处采集的唾液样本中加入了痘苗病毒，并使用该方法进行分析，结果显示所有样本中均检测到了病毒，且无假阳性。该方法还能够区分三种密切相关的甲病毒，即 Pixuna 病毒、Rio Negro 病毒和 Sindbis 病毒。总体而言，该方法的灵敏度为 87.9%，特异性为 79.6%。

立即更新并在 Mascot Server 3.0 发布时获取新版本

Mascot Server 3.0 目前处于测试版阶段，我们计划在 9 月底前发布。

查看 Mascot Server 3.0 的新功能。

如果您有较老版本的 Mascot Server 许可证，请通过电子邮件发送您的产品密钥，我们将提供版本更新报价给您。更新到 3.0 版本在发布前比发布后更具成本效益。此优惠将于 9 月 30 日到期，但报价有效期为 60 天——立即行动，确保您获取优惠价格。

About Matrix Science

Matrix Science为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助大家更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot每年被2000 多篇论文引用，软件全线支持来自Agilent, Bruker, Sciex, Shimadzu, Thermo Scientific和Waters质谱仪生成的质谱数据。

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