欢迎

欢迎大家来到Mascot Newsletter，每个月我们都会针对产品提供一些有用的信息， 包括蛋白鉴定，蛋白性质描述，以及蛋白定量。这个月，我们就如何提高搜库速度提供一些意见。

另外，每个月我们都会列举一些发表的文章，这些文章利用Mascot Server 或者Mascot Distiller在一些创新的， 重要的，具有挑战性的领域和应用中做出了成果。如果您最近也有文章发表，并且希望我们列举在下一期的Newsletter中， 请发给我们相关的PDF 或者URL。

最后，我想提醒大家，Mascot 2.5已经在7月发布，我们对其重要的新特征以及如何升级做了简要的描述。

如果您有任何建议或者问题，请随时与我们联系。

搜索要多长时间？

"我希望搜索可以更快些。。。"这是用户们最常见的问题。但是， 究竟哪些因素影响了搜索速度呢？在这里，我们给大家列举一些影响搜索速度的因素，希望可以帮助大家提高搜库的效率。

1. 数据库的大小与搜索的时间基本上成线性的关系。记住，复杂的数据库，在每一次更新后，数据库的大小都会比之前更大。

2. 搜索时间与肽段的mass tolerance 成正比。也就是说，fragment ion tolerance对搜索的时间没有或者只有很小的影响。

3. 不设定具体酶切的搜库，要比特异性的设定胰酶酶切的速度慢100倍。设定error tolerant 可以让semi-specific 以及non-specific 的肽段搜索更快速，也更灵敏。

4. 不要设定过多的，不必要的漏切位点。漏切位点从0个增加至1个会使搜索空间增加一倍。

5. 固定修饰不会增加搜索时间，但是可变修饰会使搜索时间成几何数级增加。只有当修饰非常丰富时，才可以特异性的设定为可变修饰。

6. iTRAQ 以及TMT 一类的定量实验，也会增加搜索时间，因为搜索引擎需要花费一定时间显示这类报告离子。搜索时，最好不要设定normalization。

可以 点击这里 查看更多有关优化搜索速度的细节。

使用Mascot发表的优秀文章

这里我们列举了一些最近发表的出色文章，它们使用Mascot进行蛋白鉴定，定量或者特性研究。如果您也想让我们列举您的文章， 请将的PDF 或者URL 发送给我们。

Tracking Cancer Drugs in Living Cells by Thermal Profiling of the Proteome

Mikhail M. Savitski, Friedrich B. M. Reinhard, Holger Franken, Thilo Werner, Maria Fälth Savitski, Dirk Eberhard, Daniel Martinez Molina, Rozbeh Jafari, Rebecca Bakszt Dovega, Susan Klaeger, Bernhard Kuster, Pär Nordlund, Marcus Bantscheff, Gerard Drewes.

Science 3 October 2014, Vol. 346, no. 6205

这篇文章采用了一种新的方法，可以无偏好性的检测药物的靶向性结合，阐述了抗癌药物与人类白血病细胞之间的相互作用。通过测定7000多个蛋白的热量图谱（thermal profiles）或者熔点(melting points)的变化，作者鉴定了激酶抑制子staurosporine的50多个靶点。另外，ferrochelatase（亚铁螯合酶，一种亚铁血红素生物合成酶）被抑制了， 说明这是光毒性造成的结果。作者希望热蛋白组图谱可以从动物实验或者临川样本扩展到膜蛋白以及组织层面。 在文章发表的时候，来自Technische Universität München 以及German Cancer Research Center的Bernhard Kuster说, "我们希望将来能够利用这种方法解释或者预测更多的不良反应。"

Mascot Server 2.5

Mascot Server 2.5 已经在7月发布，增加的新特征对您的工作可能很有帮助。如果7月您还在保修期或者支持期之内，您可以发送邮件给我们， 获取免费的版本更新。如果您没有收到回复，你可以直接 联系我们，以获取版本更新。

记得查看 support page 以获得发行以及文件的更新。如果您打算在新的硬件上将版本更新至Mascot 2.5, 请咨询我们的step-by-step migration procedures.

新特征：

Chimeric spectra

对于高分辨率的数据，两个重叠的isotope 能够被区分开来。如果这两个母离子对应的是不同的匹配，那么两个匹配结果都会报告。如果对应的是同一个匹配，那么只会报告m/z最接近的匹配结果。

New spectrum viewer

Peptide view 目前被基于可交互的SVG矢量技术的视图所替代，您可以导出无损矢量图或者对谱图进行任意缩放。

其他改进

新的修饰以及对现存修饰的编辑这两个功能现在分开保存，所以您可以选择需要的group,对其修饰进行修改。

Mascot Daemon 已经重新编写，可以适用于64 位以及32位的版本。

修饰的数目现在显示在了Protein Family Summary的顶端，您可以方便的查看感兴趣的修饰或者评估哪些修饰是丰度最高的。

Fasta 文件可以通过网络上传至Mascot的Database Manager而不必须本地操作，您可以通过与Mascot Server链接的网页浏览器（HTTP）直接添加新的数据库。

更多信息可从本演示文档中找到。

About Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自AB Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

请联系康昱盛以获取更多的信息。

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