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正确设定修饰是获得高质量搜索结果的关键步骤，这里我们为大家提供一些建议。

这个月的新闻主要介绍了一类难于分析的蛋白复合物：SNARE 蛋白复合物的定性和定量方法。如果您最近也有文章发表，并且希望我们列举在下一期的Newsletter中，请发给我们相关的PDF 或者URL。

如果您正在使用Mascot Server 2.5，我们最近刚发布了新补丁，您可能会有兴趣。

如果你有任何建议和问题，请随时与我们联系。

为什么我不能一下子设定9个以上的可变修饰？

在搜索的时候，许多客户都想把所有可能的修饰都设定成可变修饰，但是事实上不应该有这种想法。Mascot中，默认可以设定的可变修饰上限是9个。您可以通过修改“global configuration file”来提高上限，但是这种做法通常是错的。

可变修饰仅仅对相对丰富的修饰（至少10%的肽段会发生该修饰）才会有帮助。在搜索的过程中，Mascot 会首先查看哪些可变修饰的组合符合肽段的质量，然后再查看这些组合中，哪些和MS/MS 图谱有最佳的匹配。每添加一种可变修饰，都会大大增加搜索空间的大小，尤其对长肽段来说。搜索空间越大，所用的时间越长，需要更高的打分才能获得显著性匹配。如果可变修饰的比例非常少，你等待了很长时间，最终只获得很少的匹配。

在蛋白组水平，所有翻译后修饰的比例都很小。如果您分析的样品是全细胞裂解液，聪明的做法是通过 "error tolerant search", 找到翻译后修饰，该方法会一个个的检查所有已知的修饰。它只会遗漏那些具有2个或2个以上不同的，无法预测的修饰的肽段，其对整个搜索结果的灵敏度造成的影响是微乎其微的。虽然这不是一个通用的方法，它不能用于某些分离出来的肽段，比如MHC 肽段，或者已经经过样品富集的肽段或蛋白，比如磷酸化肽段或糖肽段。但是，在大多数情况下，如果只想看看哪些修饰应该被考虑的话，它是初步分析的最好方法。

关于Mascot 搜索中修饰的更多信息，请查看最近的两篇博文 - Modifications round-up, part 1 和 part 2.

使用Mascot发表的优秀文章

这里我们列举了一些最近发表的出色文章，它们使用Mascot进行蛋白鉴定，定量或者特性研究。如果您也想让我们列举您的文章， 请将的PDF 或者URL 发送给我们。

Targeting Synaptic Pathology with a Novel Affinity Mass Spectrometry Approach

Ann Brinkmalm, Gunnar Brinkmalm, William G. Honer, Julie A. Moreno, Joel Jakobsson, Giovanna R. Mallucci, Henrik Zetterberg, Kaj Blennow, and Annika Öhrfelt.

Molecular & Cellular Proteomics October 1, 2014, Vol. 13, 2584-2592

这篇文章展示了一种定性和定量SNARE 复合体蛋白的方法。该复合体蛋白可以用于突触前的调控，可能在阿尔兹海默症的早起功能紊乱中发挥着重要的作用。这些蛋白很难用质谱进行分析，因为它们是膜相关蛋白，并且紧密的形成了复合体。

通过免疫共沉淀与质谱联用技术，作者发现阿尔兹海默症病人以及朊病毒蛋白感染的小鼠中，大脑组织中的SNARE蛋白水平下降。基于质谱的免疫学实验的优点在于，所有的SNARE蛋白，包括修饰的形式，都可以一同定量。

Mascot Server 2.5 新补丁

Mascot Server 2.5 新发布的补丁已经可以使用。如果您正在使用2.5.0，您可以下载 service pack 它会将Mascot Server 2.5更新至2.5.1。新的版本有一些重要的修复，所以我们建议所有用户尽快更新。

About Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自AB Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

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