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欢迎
高性能的仪器可以处理母离子以及子离子质量精度是低ppm的情况。让我们一起看看这是如何影响数据库搜索的。
这个月列举的文章用一种很有趣的方式阐述了蛋白酶的信号通路。如果您最近也有文章发表,并且希望我们列举在下一期的Newsletter中,
请发给我们相关的PDF 或者URL。
在接下来的3月22日-3月25日,柏林举办的2015蛋白组学论坛上,我们将开展关于大规模蛋白组学的讨论会。讨论会上讲做一场关于Mascot Insight 如何能够管理,分析,并且报告大规模数据的报告。
如果你有任何建议和问题,请随时与我们联系。 |
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高质量精度真正的好处
过去几年中,仪器方面的进步是非常令人惊讶的,现在母离子的质量精度是低ppm的情况已经被广泛应用。近来,MS/MS 碎片的高质量精度也是越来越普遍的现象,而且可能对数据库搜索结果的质量有着更巨大的影响。
您可能认为质量精确度越高,得到的打分也就越高,但是事实上,结果并不总是如此。假设有一台精度非常高的仪器,质量偏差是0。它会给出我们非常高的打分么? 并不一定是这样的,我们的一篇 博文.
具体讨论了这个问题,因为质量差仅仅是影响打分的其中一个原因。我们还必须考虑:
- 谱图中存在杂峰,或者谱图峰无法轻易的得到匹配
- 肽段中的氨基酸无法被全部打断
- 即使有着非常完美的高质量精度,也无法区分两个质量完全一样的氨基酸,比如亮氨酸与异亮氨酸(I=L),天冬氨酸与脱去酰胺基的天冬氨酰(D=deamidated N)
- 肽段序列可能偶然性的出现在数据库中的情况
这意味着,当质量精度增加的时候,打分会达到一个极限。
MS/MS碎片高精度最大的好处就是提高了区分度。不正确的匹配打分会降的更低,因为越来越少的谱峰会偶然的被匹配。想要了解更多,请
点击这里。 |
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2015蛋白组论坛暨大规模蛋白组学论坛
在即将到来的2015年3月22日-25日的德国柏林
蛋白组学论坛2015,
上,在午餐时间,我们将举办大规模蛋白组学讨论会。讨论会将做两场报告,欢迎大家注册。
- Analysis of the human proteome in proteomicsDB, Bernhard Kuster, Technische Universitaet Muenchen
- Reporting complex quantitation data sets using Mascot Insight, Patrick Emery, Matrix Science Ltd.
座位有限,请 尽早注册。
Mascot Insight帮助您组织和报告Mascot搜索以及定量结果。Mascot Insight可以报告30组以上标准结果,另外用户可以创建自己个性化的报告形式,
详情参考本报告。如果您想了解更多Mascot Insight,但是不能参加这次会议,您可以在我们的网站上浏览
概述。 |
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关于 Matrix Science
Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具,帮助他们更快速,更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自AB Sciex,
Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。
请联系康昱盛以获取更多的信息。
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