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高性能的仪器可以处理母离子以及子离子质量精度是低ppm的情况。让我们一起看看这是如何影响数据库搜索的。

这个月列举的文章用一种很有趣的方式阐述了蛋白酶的信号通路。如果您最近也有文章发表,并且希望我们列举在下一期的Newsletter中, 请发给我们相关的PDF 或者URL。

在接下来的3月22日-3月25日,柏林举办的2015蛋白组学论坛上,我们将开展关于大规模蛋白组学的讨论会。讨论会上讲做一场关于Mascot Insight 如何能够管理,分析,并且报告大规模数据的报告。

如果你有任何建议和问题,请随时与我们联系。

 

January 2015

高质量精确度真正的好处
有特色的文章
大规模蛋白组学讨论会
 

高质量精度真正的好处

过去几年中,仪器方面的进步是非常令人惊讶的,现在母离子的质量精度是低ppm的情况已经被广泛应用。近来,MS/MS 碎片的高质量精度也是越来越普遍的现象,而且可能对数据库搜索结果的质量有着更巨大的影响。

您可能认为质量精确度越高,得到的打分也就越高,但是事实上,结果并不总是如此。假设有一台精度非常高的仪器,质量偏差是0。它会给出我们非常高的打分么? 并不一定是这样的,我们的一篇 博文. 具体讨论了这个问题,因为质量差仅仅是影响打分的其中一个原因。我们还必须考虑:

  • 谱图中存在杂峰,或者谱图峰无法轻易的得到匹配
  • 肽段中的氨基酸无法被全部打断
  • 即使有着非常完美的高质量精度,也无法区分两个质量完全一样的氨基酸,比如亮氨酸与异亮氨酸(I=L),天冬氨酸与脱去酰胺基的天冬氨酰(D=deamidated N)
  • 肽段序列可能偶然性的出现在数据库中的情况

这意味着,当质量精度增加的时候,打分会达到一个极限。

MS/MS碎片高精度最大的好处就是提高了区分度。不正确的匹配打分会降的更低,因为越来越少的谱峰会偶然的被匹配。想要了解更多,请 点击这里。

blue and silver

使用Mascot发表的优秀文章

这里我们列举了一些最近发表的出色文章,它们使用Mascot进行蛋白鉴定,定量或者特性研究。如果您也想让我们列举您的文章, 请将的PDF 或者URL 发送给我们

 

Rapid Identification and Quantitative Validation of a Caffeine-Degrading Pathway in Pseudomonas sp. CES

Chi Li Yu, Ryan M. Summers, Yalan Li, Sujit Kumar Mohanty, Mani Subramanian, and R. Marshall Pope

J. Proteome Res., 2015, Vol. 14(1), 95-106

每年咖啡的销量超过4000亿杯,副产物对环境造成的压力逐渐成为一个严峻的问题。这篇文章观察了可以代谢咖啡因的微生物,它们具有重新加工废物的潜能。运用蛋白组学的方法,阐明了这些微生物中蛋白酶的信号通路。

作者运用稳定同位素双甲基化标记,multiplexed LC-MS/MS 的方法,定量比较了生长在有咖啡因环境以及没有咖啡因环境的细菌的蛋白组图谱表达。他们在具有高咖啡因降解能力的CES strain中,发现了许多咖啡因降解的蛋白酶。某些蛋白表达量的差异在彼此的标记实验中证实,同时蛋白在咖啡因降解中的作用在基因测序中被验证。

Figure from featured publication

2015蛋白组论坛暨大规模蛋白组学论坛

在即将到来的2015年3月22日-25日的德国柏林 蛋白组学论坛2015, 上,在午餐时间,我们将举办大规模蛋白组学讨论会。讨论会将做两场报告,欢迎大家注册。

  • Analysis of the human proteome in proteomicsDB, Bernhard Kuster, Technische Universitaet Muenchen
     
  • Reporting complex quantitation data sets using Mascot Insight, Patrick Emery, Matrix Science Ltd.

座位有限,请 尽早注册。

Mascot Insight帮助您组织和报告Mascot搜索以及定量结果。Mascot Insight可以报告30组以上标准结果,另外用户可以创建自己个性化的报告形式, 详情参考本报告。如果您想了解更多Mascot Insight,但是不能参加这次会议,您可以在我们的网站上浏览 概述。

Proteomic Forum 2015 Berlin

 

Mascot Insight heatmap report

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具,帮助他们更快速,更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自AB Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

请联系康昱盛以获取更多的信息。

 

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