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随着仪器精度愈来愈高， de novo sequencing 也成为一个实际可行的策略，尤其是对于那些肽段序列不在数据库中的情况。你知道Mascot Distiller Search Toolbox 包含了强大的de novo 算法么？ 这一期我们将介绍这一算法是如何与数据库搜索相互补充的。

这个月列举的文章鉴定了一种巨大的病毒，该病毒在永久冻土层中冰冻了30000年后，依然具有传染性。如果您最近也有文章发表并且希望我们列举在下一期的Newsletter中，请发给我们 相关的PDF 或者URL.

本月的Mascot小技巧告诉你如何从定量实验中获取单个成分的信号强度值。

如果你有任何建议和问题，请随时 联系我们。

利用de novo sequencing 进行深度挖掘

你是否在研究一种生物，该生物的基因组还没有被测序，或者因为未知修饰和可变剪切，蛋白图谱无法和已有数据库中的图谱进行匹配？这些问题， de novo sequencing 可以帮您解决.

现在市面上的仪器，在质量精度和信噪比上已经达到了前所未有的高水平，但是这些仍然不能保证得到确切的，首尾相连的肽段。这些肽段可能在预期之外的序列处断裂，或者碎片质量数可以得到多种匹配。常用的解决方法是利用error tolerance sequence tag 尝试将de novo sequencing 与数据库序列相匹配，关注于包含突变或者修饰的新区域.

Mascot Distiller Search Toolbox 包含了强大的de novo 算法，可以和与Mascot Server 联合使用，实现以下的策略:

1. 标准的Mascot 数据库 搜索返回容易匹配的序列结果。
2. Error tolerant 数据库搜索 返回其他的匹配结果，但是只适用于那些已经鉴定过的蛋白。
3. 自动de novo 搜索 所有没有匹配的谱图。
4. Error tolerant sequence tag search 搜索de novo 结果中确定的区域.

如需了解更多关于数据库与de novo联合使用的信息，请点击这里。 Mascot Distiller 提供 30天免费试用

使用Mascot发表的优秀文章

这里我们列举了近期一篇很有意思的，也很重要的文章。该文章运用Mascot进行了蛋白鉴定，定量及特性分析。如果您也想让我们列举您的文章，请将文章的 PDF 或者URL 发送给我们。

In-depth study of Mollivirus sibericum, a new 30,000-y-old giant virus infecting Acanthamoeba

Matthieu Legendre, Audrey Lartigue, Lionel Bertaux, Sandra Jeudy, Julia Bartoli, Magali Lescot, Jean-Marie Alempic, Claire Ramus, Christophe Bruley, Karine Labadie, Lyubov Shmakova, Elizaveta Rivkina, Yohann Coute, Chantal Abergel, and Jean-Michel Claverie

PNAS (2015), vol. 112, E5327-E5335

这篇文章研究了西伯利亚永久冻土层中一种古老的病毒，这种病毒至今仍有传染性。这是一种体积巨大的球形病毒（直径为0.6µm），基因组中包含651-kb 的GC 区，编码523种蛋白。

纯化的Mollivirus 颗粒的蛋白组鉴定到了230个蛋白，通过串联质谱的方法，每个蛋白至少鉴定了2个不同的肽段。该病毒颗粒的蛋白组揭示了两大特征：缺少转录元件以及存在许多不同寻常的核糖体以及核糖体相关蛋白。

另外，针对Mollivirus 正常的复制周期，作者每隔一段时间，研究了被Mollivirus 感染的A.castellanii 的表达功能以及蛋白的变化。该实验的实验流程以及质谱数据存储在了PRIDE中，编号为 PXD002374 以及 PXD002375。

本月Mascot小技巧

不管您是使用Mascot Distiller 用于MS1 定量，还是使用Mascot Server 用于MS2定量，报告的结果都是一系列比值。如果您需要每个样品的信号强度，这些也可以通过以下方式获得。

对于Mascot Distiller, 点击下载： report template 解压至table_peptides_int.xslt的文件夹中，该文件夹位于Mascot Ditiller reports 目录中（路径可能为C:\Program Files\Matrix Science\Mascot Distiller\reports)。它会自动在Mascot Distiler 定量报告的菜单中创建新的条目。该新的报告包含每个XIC的起始保留时间，以及整合的信号强度， 报告的结果可以复制黏贴至Excel中。值得注意是，通过两组信号强度值计算得到的比值可能与报告的比值不同，除非您在定量方法中选择“simple ratio”。这是因为计算母离子比值的默认方法是XIC中每张谱图的强度进行交会图绘制后进行直线拟合。该计算方法在Distiller help 的'Quick tour SILAC Example'中有所描述。

对于Mascot Server, 信号强度值可以在可配置的CSV以及XML 输出中获得。您要确保同时勾选了Protein quantitation 以及 Peptide quantitation。对于CSV 格式，您可以在最右边的列中找到肽段的定量信息：首先是比值，然后是信号强度。蛋白定量的信息位于每个蛋白的最后一行，肽段结果的右侧。

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自AB Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

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