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用很大的质量偏差是不是能更好的找到未知的修饰？我们认为这得视情况而定。

这个月列举的文章展现了一种富集和定量蛋白质谷胱甘肽化（S-glutathionylation）的方法，蛋白质谷胱甘肽化在帮助细胞耐受压力中发挥着重要的作用。如果您最近也有文章发表并且希望我们列举在下一期的Newsletter中，请发给我们 相关的PDF 或者URL.

本月的Mascot小技巧探讨了多种离子化模式下的数据搜索，例如CID/ETD间的切换。

如果你有任何建议和问题，请随时 联系我们。

质量偏差(Mass-tolerant) vs 错误偏差(error tolerant)

Gygi 组提出利用500 Da的质量偏差来搜索带有未知修饰的肽段。为了了解该方法的实用性，我们将它们的结果与更传统的error tolerant search 结果进行了比较，原文发表在 Nature Biotechnology.

我们下载了原始的HEK 293数据用于比较，利用Mascot Daemon 利用Mascot Distiller 自动进行谱峰提取，将其整合，然后上传至Mascot Server 中进行error tolerant search。正如您可能预测到的结果，许多最丰富的修饰（出现1000次以上）在两组结果中都出现了，这些修饰是“常见的可预测修饰”。

Mass-tolerant search结果中，质量偏差最大的两种情况，无法定义其修饰类型，而且很显然的是，与error tolerant search 相比，mass-tolerant search需要消耗更多的时间和努力对结果进行解释。实际上，文章中唯一匹配的在Unimod中不存在的修饰类型是一系列在核糖体蛋白L14中的聚丙氨酸插入序列。

Mass-tolerant search 最主要的潜在应用是鉴定内源性肽段的修饰，因为error tolerant search 不能用于分析孤立的修饰肽段。想要了解更多，请 前往这里 阅读更多细节。

使用Mascot发表的优秀文章

这里我们列举了近期一篇很有意思的，也很重要的文章。该文章运用Mascot进行了蛋白鉴定，定量及特性分析。如果您也想让我们列举您的文章，请将文章的 PDF 或者URL 发送给我们。

Proteome-wide identification and quantification of S-glutathionylation targets in mouse liver

David J. McGarry, Wenzhang Chen, Probir Chakravarty, Douglas L. Lamont, C. Roland Wolf, Colin J. Henderson

Biochemical Journal Jun 19, 2015, 469, 25-32

蛋白质谷胱甘肽化是一种很重要的翻译后修饰，它维持了机体在应对压力时氧化还原的稳态，但是其具体的生理作用还不清楚。在该研究中，作者开发了一种稳健的、经过优化的方法，用于高精确性的定量和鉴定动物模型中谷胱甘肽化 （S-glutathionylated）的靶标。他们也建立了许多和能量代谢相关的谷胱甘肽化（S-glutathionylated）信号通路。

Grx1用于从S-glutathionylated蛋白中衍生出自由的硫醇基团，通过与硫丙基琼脂糖6B 珠子的结合，可以分离这些硫醇基团。然后他们利用TMTs 鉴定和定量了这些来源于S-glutathionylated蛋白的体内靶标。 经过TMT标记和nLC–MS/MS分析，他们一共从小鼠的肝脏裂解液中，鉴定出743个蛋白。

本月Mascot小技巧

Mascot 搜索中，仪器的选择决定了在MS/MS 谱图匹配时，选用哪种类型的离子。搜索所有可能的离子类型，不仅不必要的增加了搜索空间的大小，还会导致结果区分度的降低。

仪器类型，可以在搜索阶段，也可以在扫描阶段进行定义，所以您可能觉得搜索整合了不同类型离子化的谱图不是件难事，例如CID与ETD间的切换。但是不幸的是，目前没有哪一种谱图提取的工具能够处理这样的信息。

一种退而求其次的解决方式，是定义一种包含了两种离子类型的仪器类型。对于CID(或HCD) 以及ETD，定义的离子类型主要是b,c,y及z离子。 如果您的Mascot Server 不包含CID+ETD的仪器设定，您可以利用configurtion editor 轻松添加。

在进行谱峰提取时，确保不要设置Merge Scan选项。 如果将两种扫描模式分开，您会得到更好的结果。 一旦搜索任务被提交，只要从仪器的下拉菜单中选择“combined instrument type”。肽段主要将以CID或ETD 离子模式进行鉴定。

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自AB Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

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