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圣诞假期已经临近，这一期除了蛋白组学外，我们想与您分享一下我们公司所在地，伦敦贝克街（Baker street）的趣闻轶事。

这个月列举的文章探索了拟南芥在氧化应激应答下，甲硫氨酸氧化的作用。如果您最近也有文章发表并且希望我们列举在下一期的Newsletter中，请发给我们 相关的PDF 或者URL.

这个月Mascot小技巧向您展示如何利用Mascot Distiller 与您的同事分享搜索和定量结果。

如果你有任何建议和问题，请随时 联系我们.

贝克街（Baker Street）

从夏洛克·福尔摩斯到王牌特工到甲壳虫乐队，伦敦的这条贝克街经历了一系列有趣的历史和文化事件。

请阅读在Matrix Science 坐落于64号前的 贝克街 故事。提醒：这篇文章与蛋白组学无关。

使用Mascot发表的优秀文章

这里我们列举了近期一篇很有意思的，也很重要的文章。该文章运用Mascot进行了蛋白鉴定，定量及特性分析。如果您也想让我们列举您的文章，请将文章的 PDF 或者URL 发送给我们。

Protein Methionine Sulfoxide Dynamics in Arabidopsis thaliana under Oxidative Stress

Silke Jacques, Bart Ghesquiere, Pieter-Jan De Bock, Hans Demol, Khadija Wahn, Patrick Willems, Joris Messens, Frank Van Breusegem and Kris Gevaert

Molecular & Cellular Proteomics (2015) 14: 1217-1229

这篇文章探索了甲硫氨酸氧化，这是生物体中的蛋白在遭遇氧化应激时的一种机制，属于可逆的蛋白翻译后修饰。COFRADIC 技术用于特异性的分离体内携带氧化的甲硫氨酸的肽段。

过氧化氢酶2基因敲除以及野生型的拟南芥在浓度逐渐增加的过氧化氢环境中进行氧化处理，之后提取蛋白、除盐以及酶解。酶解后的肽段分离成多个组分后进行标记。过氧化氢酶2敲除的拟南芥中的肽段是12C3丙酸盐化的，而野生型中的肽段是13C3丙酸盐化的。质谱鉴定和数据分析后，共在403个蛋白中，鉴定到513处氧化位点。

作者采用Mascot Distiller对甲硫氨酸氧化位点进行定量并在51个蛋白中发现了55个MetOx肽段在过氧化氢酶敲除后发生显著上调。该数据已上传至PRIDE数据库，项目编号 PXD001286.

本月Mascot小技巧

Mascot Distiller 一个经常被忽略的功能是：它可以在任何Windows电脑上安装而不需要许可（license），另外它可以当做一个项目浏览器（project viewer）使用。

许可的Distiller拷贝用于创建项目（project），它应该包含在搜索工具箱中，这样可以导入和保存搜索结果。

你需要让你的同事获取raw MS数据文件以及Mascot Distiller rov 文件，但是他们不需要登录Mascot Server，因为所有的信息都保存在了rov文件中。你的同事可以线下浏览原始文件以及检测搜索和定量的结果。这对于一些将定量结果分开的核心实验室尤为重要，或者当其他人想检查谱图的匹配结果，以用于证明是否有修饰时。

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自AB Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

请联系康昱盛以获取更多的信息。

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