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本期我们将介绍如何通过简单几步就能得到个性化的可靠鉴定蛋白列表。

本月特色文章介绍如何采用混合哺乳动物库鉴定寻找未测序物种：海狮的蛋白。如果您最近也有文章发表并且希望我们列举在下一期的Newsletter中，请发给我们 相关的PDF 或者URL。

这个月Mascot小技巧向您实验室新生介绍快速学习掌握PMF及MS/MS搜库的基本知识和技巧。

如果您预定了今年San Antonio的ASMS行程并下榻会议酒店，请记得我们将不像往年那样在周日上午举办用户会，而会放在周一和周二上午举办早餐会。

如果你有任何建议和问题，请随时 联系我们.

列出鉴定到的可靠蛋白

在Mascot 2.5中，使用内嵌的Report Builder功能建立一个个性化的可靠蛋白鉴定列表是非常轻松地一件事情。你只要按照这几步关键步骤操作即可：

1. 提交搜索前勾选Decoy选项
2. 打开结果的Protein Family Summary报告
3. 切换到 Report Builder 标签
4. 展开Decoy search部分，并设置peptide FDR为1%
5. 展开Filter部分，设置“Num of significant unique sequences” > 1
6. 同时也可以展开 columns 部分，选择你想输出的列
7. 打印该表格或者选择 Export as CSV

其中第五步是用于去除“one hit wonder”蛋白。其他过滤选项根据你的需要可个性化选择。比如去掉contaminants数据库搜索结果。如果想了解更详细的操作方法，请参考本文。

使用Mascot发表的优秀文章

这里我们列举了近期一篇很有意思的，也很重要的文章。该文章运用Mascot进行了蛋白鉴定，定量及特性分析。如果您也想让我们列举您的文章，请将文章的 PDF 或者URL 发送给我们。

Proteomic analysis of cerebrospinal fluid in California sea lions (Zalophus californianus) with domoic acid toxicosis identifies proteins associated with neurodegeneration.

Benjamin A. Neely, Jennifer L. Soper, Frances M. D. Gulland, P. Darwin Bell, Mark Kindy, John M. Arthur, and Michael G. Janech

Proteomics (2015) 15: 4051-4063

在过去20年中，加利福尼亚海狮由于摄取了赤潮中富集的毒物中毒贰发生过多次大规模搁浅事件。这些Domoic acid toxins (DAT)能够穿过血脑屏障导致神经变性从而扰乱神经信号传递。

诊断DAT非常困难，因为软骨藻酸在体内代谢非常快速，当海狮被发现时已经无法在其体内检测。另外海狮的蛋白质组研究也比较困难，因为其基因组尚未得到测序。为了克服这些困难，本文作者搜索了多种陆生已知蛋白质组哺乳动物混合序列数据库。

在得到的11个LC/MS/MS样本中，使用混合哺乳动物库共检测到了206种蛋白质（FDR < 0.1）。作者同时采用了标记同位素肽段的方式验证了其中多个蛋白。在比较了谱图计数定量结果后，在DAT海狮的脑脊髓液中发现了明显失调的七个蛋白质。该研究的谱图数据已上传到了ProteomeXchange （dataset PXD002105).

本月Mascot小技巧

我们希望把Mascot搜索界面做得尽可能的简单，但在学习搜库过程中还是有一个陡峭的学习曲线。不过如果你是本领域的新人，那么跟着Mascot的 webcast training course 进行学习，并同时阅读相关文献将是一个很好的开始，而且也不会花费你太多时间。

如果你刚接触MS-蛋白质组学或者刚进入课题组开始接触这些，那么我们网站上 Access Mascot Server 章节中的指南是你的必备读物。大约你只需要花8分钟和12分钟就可以大致学习了解PMF搜库和MS/MS搜库的基本知识了。

我们希望这些指南性介绍能够帮你了解一些必要知识，这样即使你不去学习其他资料，你也不会搞错太多概念。

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自AB Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

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