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搜库主要用于蛋白质鉴定，但也可以同样用于重组蛋白的表征。

本月特色文章介绍如何研究组蛋白翻译后修饰和截断。 如果您最近也有文章发表并且希望我们列举在下一期的Newsletter中，请发给我们 相关的PDF 或者URL。

这个月Mascot小技巧向您介绍在谱图文件过大无法通过WEB提交搜索时，如何通过命令行进行搜库

如果你有任何建议和问题，请随时 联系我们.

使用搜库方法来QA合成蛋白

重组蛋白的QA（quality assurance）是个很艰苦的任务。在确定主要序列、修饰、交联和副产物的过程中需要用到许多分析技术。尽管搜库主要设计用于鉴定未知蛋白质，其也能用于QA过程，但需要注意的是目前该方法仅限于研究，未经临床研究认证！

首先不要搜索仅包含一条序列的数据库或者一个很小的仅仅包含同一个蛋白多种变体和突变位点的数据库。搜索以上数据将得到的结果没有任何统计学意义，从而也会导致得分的异常使得你无法准确判断到底怎样的得分才是正确的或者仅仅是分子量相同的随机匹配。使用包含常见污染物数据库和宿主细胞的蛋白质组数据库将使得结果更加可信，在得不到足够数量Target-decoy结果时也可以用得分进行评判。

Error tolerant搜索也是一个理想的搜索人为修饰肽，如氧化或者过量烷基化的策略，该方法还能进一步寻找非特异性酶切、罕见翻译后修饰或者SNP。更详细的QA搜索注意事项请参考我们最近的 博文.

使用Mascot发表的优秀文章

这里我们列举了近期一篇很有意思的，也很重要的文章。该文章运用Mascot进行了蛋白鉴定，定量及特性分析。如果您也想让我们列举您的文章，请将文章的 PDF 或者URL 发送给我们。

Top-down and Middle-down Protein Analysis Reveals that Intact and Clipped Human Histones Differ in Post-translational Modification Patterns

Andrey Tvardovskiy, Krzysztof Wrzesinski, Simone Sidoli, Stephen J. Fey, Adelina Rogowska-Wrzesinska and Ole N. Jensen

Molecular & Cellular Proteomics (2015), 14, 3142-3153

组蛋白翻译后修饰在染色体功能调控和伴随的DNA处理过程中起了主要的作用。我们发现不仅仅经典的组蛋白修饰如甲基化、乙酰化和磷酸化会影响其功能，N端水解 "histone clipping" 也参与其中。

本文挑战了同时发生的组蛋白修饰和剪切过程，揭示了组蛋白剪切和修饰直接的发生关系。作者通过免疫印迹、top-和middle-down质谱技术，展示了组蛋白H3中发生的剪切和翻译后修饰间的共存关系。

他们发现组蛋白H2B和H3在人类肝细胞和HepG2/C3A肝癌细胞中发生了蛋白水解。在H3的N端，发现了212种独特PTM组合以及两种H3的N端剪切体重发现了55种PTM组合。

本月Mascot小技巧

如果你的Mascot服务器是装在Windows上并使用了IIS，那么您需要知道IIS限制了最大文件大小是4 GB。如果需要搜索大于4GB的mgf文件，你需要使用Apache网站服 务器并结合Daemon搜索，但由于文件过大，依然可能会存在搜索超时的错误。如果您不是一直需要搜大于4GB的文件，那么另一个方案就是采用命令行直接搜索：

1. 在mascot.dat的Options中，将SaveEveryLastQueryAsc 的参数从0改成1并保存；
2. 通过浏览器设置一套准确的搜库参数，并随便提交一个文本文件进行搜索，越小越好；
3. 该搜索会立刻失败。然后在本地的搜索结果目录中会出现一个全新的.inp格式的文件，比如F001234.dat.inp
4. 在文本编辑器中打开这个 *.inp文件
5. 找到你提交的文本文件内容，复制该内容上方所有行并保存到一个新的文本文件比如head.txt
6. 拷贝该内容之后的所有行并保存到一个新的文本文件到foot.txt
7. 在windows命令行中整合这两个文件和你需要搜索的大MGF文件，如下：
   copy head.txt+big.mgf+foot.txt input.txt
    
   或者 Linux cat:
   cat head.txt big.mgf foot.txt > input.txt
    
   
8. 在得到input.txt后，在windows命令行中运行如下命令:
   cd \inetpub\mascot\cgi
   nph-mascot.exe 1 < input.txt
    
   或 Linux:
   cd /usr/local/mascot/cgi
   ./nph-mascot.exe 1 < input.txt
    
   

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自AB Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

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