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搜索的数据库中只包含感兴趣的蛋白，有哪些优点和缺点？

这个月出版的特色文章中，凝胶电泳与LC-MS/MS联用，用于蛋白复合物图谱的解析。 如果您最近也有文章发表并且希望我们列举在下一期的Newsletter中，请发给我们 相关的PDF 或者URL。

这个月Mascot小技巧给您提供了一段新视频，教您如何用Database Manager 配制个性化数据库。

如果你有任何建议和问题，请随时 联系我们.

只搜索关注的肽段

最近华盛顿大学的William Noble在Nature Methods上指出，研究者可以在搜索数据库前将其中不相关的肽段去除。William在研究疟疾时，样本中包含人源蛋白以及疟原虫蛋白。他发现，如果疟原虫蛋白是感兴趣的蛋白，那么将人源蛋白从数据库中移除，在指定的FDR下，搜索的灵敏度更高。

这种方法可能对他的实验有效，但实际情况并非普遍如此。如果图谱中90%是疟原虫蛋白，10%是人源蛋白，那么搜索只包含疟原虫蛋白的数据库时，几乎可以肯定的说，结果的灵敏度会更好。但是，如果图谱中10%是疟原虫蛋白，90%是人源蛋白，那么结果的灵敏度只会更糟。

如需了解更多搜索某个有限数据库的优劣，请阅读 这篇文章。

使用Mascot发表的优秀文章

这里我们列举了近期一篇很有意思的，也很重要的文章。该文章运用Mascot进行了蛋白鉴定，定量及特性分析。如果您也想让我们列举您的文章，请将文章的 PDF 或者URL 发送给我们。

Cryo-slicing Blue Native-Mass Spectrometry (csBN-MS), a Novel Technology for High Resolution Complexome Profiling

Catrin S. Mueller, Wolfgang Bildl, Alexander Haupt, Lars Ellenrieder, Thomas Becker, Carola Hunte, Bernd Fakler and Uwe Schulte

Molecular & Cellular Proteomics (2016), 15, 669-681

在这项研究中，作者展现了解析天然蛋白复合物的一种新的高分辨分析方式。蓝色天然凝胶电泳 (blue native (BN) gel electrophoresis) 联合LC-MS/MS，可以大规模地鉴定蛋白复合物及其亚基。相比之前的方法，BN-MS有几大有点——它几乎使用了BN-PAGE胶的最大分辨能力，它能够详尽地提供大分子量范围下的丰度-质量图谱，它能够提供蛋白亚基更全面的分辨率。

样品制备时，利用冰冻切片机，将凝胶切成薄片。在应用该项技术制备大鼠大脑线粒体膜的样本时，研究者一共将BN凝胶切成了230片薄片，每片BN凝胶薄片的厚度是0.3mm。随后将这些凝胶薄片进行胶内酶解，然后利用LC-MS/MS分析，采集的数据经非标定量法进行蛋白定量。在所有的冰冻切片样品中，一共鉴定到1200个蛋白，其中774个是线粒体蛋白。

除了分辨率高，该技术能鉴定和定量已知线粒体蛋白组中>70%的蛋白，分子量跨越100-3500kDa。

本月Mascot小技巧

你想通过何种方式学习一个新的软件？是阅读网页，还是观看教程，还是参照一些参考资料随便对付过去？

似乎越来越多的用户会将观看视频教程当成首要选择。鉴于此，我们已经将制作一系列视频教程作为我们的首要任务，以向用户展示如何在Mascot中完成各项分析任务。视频一：“如何利用Database Manger 配制个性化的数据库”，现可以在 YouTube中观看。

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Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自AB Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

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