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今天我们聊聊mzTab，它是搜索结果的一种轻量级数据交换格式，由蛋白质组学标准计划-蛋白质组信息学工作组（Protoemics Stardand Initiative Proteomics Informatics Working Group,PSI-PI）开发。

本月发布的特色文章展示了一种从少量细胞中研究免疫肽组（immunopeptidome）的新方法。 如果您最近也有文章发表并且希望我们列举在下一期的Newsletter中，请发给我们 相关的PDF 或者URL。

本月Mascot小技巧提醒您，您可以像搜索阳离子数据一样便捷的搜索阴离子数据。

如果你有任何建议和问题，请随时 联系我们。

2016 台湾HUPO

2016年第15届国际人类蛋白组组织世界大会 (Human Proteome Organization World Congress HUPO 2016) 即将在台湾台北举办，会议时间从9月18日至9月22日.

在此会议上，Matrix Science 搭建了自己的展台。我们诚挚邀请您来23号展台，向我们咨询任何关于Mascot Server 以及Mascot Distiller的问题，或者只过来打个招呼也行。

导出mzTab格式

Mascot Server 可以将搜索结果以多种数据格式导出，最近新增添的一种数据格式是mzTab。它是一种由蛋白组标准计划（Proteomics Standards Initiative）开发的新型轻量级数据格式。

mzTab和 mzIdentML, 享有共同的受控词汇，但是mzTab以表格为基础（table-based）,而不是XML，并且mzTab可以同时包含鉴定和定量数据。与mzIdentML不同的是，mzTab表格可以完美的黏贴至电子表格中（spreadsheet）。

mzTab 文件以元数据开始（metadata section），后面紧跟其他4个可选表格：蛋白，肽段-图谱，肽段以及小分子。另外，mzTab 有两种主要的文件格式，Identification和Quantification，以及两种模式，Summary 和Complete。mzTab 同样支持多种搜索引擎结果的整合。

Mascot Server 2.5 是目前第一个提供本地导出mzTab格式的搜索引擎，并且同时支持Identification 和Quantification 两种mzTab文件。 点击这里 获得更过关于mzTab 导出的信息。

使用Mascot发表的优秀文章

这里我们列举了近期一篇很有意思的，也很重要的文章。该文章运用Mascot进行了蛋白鉴定，定量及特性分析。如果您也想让我们列举您的文章，请将文章的 PDF 或者URL 发送给我们。

Approach for identifying HLA-DR bound peptides from scarce clinical samples

Tina Heyder, Maxie Kohler, Nataliya K. Tarasova, Sabrina Haag, Dorothea Rutishauser, Natalia V Rivera, Charlotta Sandin, Sohel Mia, Vivianne Malmstrom, Asa M. Wheelock, Jan Wahlstrom, Rikard Holmdahl, Anders Eklund, Roman A. Zubarev, Johan Grunewald and Anders Jimmy Ytterberg

Molecular & Cellular Proteomics (2016) published online July 24, 2016

在免疫肽组（immunopeptidomics）研究领域，由于样本的复杂性以及方法的限制，往往需要大量的细胞。这篇文章的作者，优化了实验方法，从而可以利用少量的细胞鉴定HLA-DR绑定的肽段。

作者采用的细胞包含Epstein-Barr-永生型B细胞以及来自肉状瘤患者支气管肺泡灌洗液中的细胞。优化的步骤包括细胞裂解，HLA-DR免疫沉淀，HLA-DR绑定肽段的洗脱，除盐，肽段浓缩，以及质谱鉴定和肽段过滤。

作者最终在EBV-B细胞中鉴定了507个肽段（来自75个蛋白），在BAL 样品中鉴定了1434个肽段（来自215个蛋白），平均每100万个细胞可以鉴定10.1个肽段。相比前人的研究结果，该实验的鉴定结果提高了1-2个数量级。

本月Mascot小技巧

早在2005年的2.1版本中，Mascot Server就支持负离子数据的搜索。在那时，我们觉得这一功能可能很少被用到。但是有迹象表明，可能越来越多的人会对负离子模式感兴趣，尤其和光解作用联系在一起的时候。

只要你的仪器数据系统，或者谱峰选取软件能够创建阴离子的谱峰列表，搜索阴离子数据和搜索阳离子数据就别无他样。也就是说，MGF 谱峰列表中的电荷那一行，需要读成CHARGE=2-，而不是CHARGE=2+,等等。如果有问题，你可以使用 Mascot Distiller.

对于某些数据类型，你可能需要创建新的仪器类型。在negtive ETD中，主要的离子类型是a-type，对于该类型的离子，电荷是通过获得一个电子，而不是失去一个质子获得，以及x-type，这是标准的Mascot x 离子。a-type 可以通过以下方式模拟： 在仪器中添加Mascot a 离子，N-端固定修饰，例如C H(6) N(-7) O(5)，以及一个中性丢失H(-1)。

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

请联系康昱盛以获取更多的信息。

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