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欢迎
学习Mascot Server和 Mascot Distiller的特性能够帮助我们从嵌合谱图中获得有效的鉴定信息。
本月的特色文章展示了高分辨率的酵母核糖体装配装置结构。如果您最近也有文章发表并且希望我们列举在下一期的Newsletter中，请发给我们
相关的PDF 或者URL.
本月Mascot的小技巧阐述了起始氨基酸为蛋氨酸时的特殊处理方式。
如果您有任何意见或问题，请随时 联系我们. |
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解决嵌合谱图
如果序列不同的两条多肽具有相似的分子量，并且在保留时间上也相近，它们可能同时碎裂产生嵌合二级质谱图, 这种谱图包含了这两条多肽的子离子。大部分情况下, 现代高分辨的仪器可以区分开这些碎片离子，甚至是重叠的同位素峰. 这样，Mascot Distiller 可以确定不同肽段的分子量，并且输出谱峰列表。
Mascot Server在对MS/MS数据进行搜库时，会使用所有多肽的分子量。如果两条及以上的序列是显著性匹配的，那么这些序列就会被单独报告出来。 如果仅有一条序列能够匹配，这条序列会被合并到分子量最接近的一条多肽中。
为了评估这种方法，用mascot distiller对一个酵母公开数据库数据进行谱峰提取，允许每一个二级质谱图中至多源于4个母离子，经过搜库， 报告满足1% FDR条件的结果。在总共342,827张二级谱图中共识别到207,882 条显著性匹配肽段. 相比每个二级谱图仅有一个母离子，识别到167,806 条显著性匹配肽段的情况而言，提升超过 20%。
如果您想了解如何利用这个技能处理多母离子的方法，请 点击这里 了解详情。 |
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使用Mascot发表的优秀文章
在这里，我们列举了一篇近期发表的有趣并且很重要的文章，该文章运用Mascot 进行了蛋白质鉴定、定量及特性分析，如果您想要您的文章也在这里重点推荐,请发给我们 一个PDF或URL.
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Architecture of the yeast small subunit processome
Malik Chaker-Margot, Jonas Barandun, Mirjam Hunziker, Sebastian Klinge
Science 13 Jan 2017: Vol. 355, Issue 6321
小亚基加工体是一种大型的核蛋白复合体，由接近70种非核糖体蛋白、一些小核仁RNA，以及一些核糖体RNA前体（pre-rRNA）所组成。 它通过协调核糖体RNA前体（pre-rRNA）的折叠和修饰，组织真核细小核糖体亚基在早期的装配进程。
文章作者使用分辨率5.1 Å的冷冻电镜，为我们展现了S. cerevisiae（酿酒酵母）小亚基加工体的结构。文章展示了外转录间隔区和U3小核仁RNA是如何提供分子支架，作为真核细胞小核糖体亚基装配的基础。
他们同时说明与外转录间隔区结合的蛋白位于SSU加工体结构的基础，这些蛋白只有在18S rRNA外围结构完成后才被动员，进而与18S rRNA domain结合形成微粒的核心部分。
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本月Mascot使用小贴士
当mRNA翻译为蛋白时，大多数遗传密码中，起始密码子对应的是蛋氨酸（M）。实际上，蛋白质数据库中的所有序列都是由实验确定核酸序列经过机器翻译得到的，这一原理适用于我们研究的大部分蛋白质序列。截止2017年1月的Swissprot数据库, 553,474个条目中97.5% 均以M起始。
成熟的蛋白通常是在翻译后，经甲硫氨酸胺基肽酶去除N-端Met修饰的。由于这种情况十分普遍，Mascot Server中做了这种可能性的硬编码. 如果数据库中的序列是以M起始，无论在搜库时指定哪种酶，Mascot 将检验多肽N-端是否以Met为起始。值得注意的是，成熟蛋白的氨基端可能进一步加入乙酰化、丙酰化或甲基基团进行修饰，或者添加例如棕榈酰、肉豆蔻酰作为膜锚定修饰。 在大多数情况下， 如果有兴趣，您可以使用 error tolerant search来检测这些修饰的可能性, 而不需要在整个搜索中负担数目庞大的可变修饰。
因为放宽了对酶的选择，使其成为半特异性，所以使用error tolerant search的一个更大优势在于，可以识别由于扩展信号肽移除而产生的成熟蛋白。据估计 80%的人源蛋白均在N端发生乙酰化，由于error tolerant search 不允许一个多肽同时具有半特异性以及带有未预料到的修饰，所以最好将乙酰化 (蛋白的N端) 作为可变修饰之一。 |
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关于 Matrix Science
Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex,
Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。
请联系康昱盛以获取更多的信息。
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