欢迎

即将到来的美国质谱年会将在6月5日、6日于印第安纳波利斯举办，欢迎参加我们的早餐会。

一个搜库结果的好坏仅仅与谱峰列表中的数据有关。对于理解什么是产生所谓好的谱峰列表的关键，以及在搜库之前信息是如何被处理的，十分重要。

本月的特色文章展示了失落的巨佛以及装饰其表面的彩绘的组成。如果您最近也有文章发表并且希望我们列举在下一期的Newsletter中，请发给我们 相关的PDF 或者URL。

本月的Mascot小贴士是关于如何对多个搜库的结果创建总结性报告。

如果您有任何意见或问题，请随时 联系我们。

Matrix Science的ASMS早餐会

我们将在印第安纳波利斯美国质谱年会上举办两天早餐会，诚挚邀请您参加，共同交流数据库搜索的最新应用程序和开发。

会议在印第安纳州会议中心，137/138房间，您可以免费参加会议，但是需要您提前注册登记。 请点击这里了解详情，并进行注册。

Monday 5 June, 7:00 am - 8:00 am

谱图库搜索鉴定多肽的未来 报告人： Stephen E. Stein, NIST

谱图库搜索与Mascot Server的整合 报告单位： Matrix Science

Tuesday 6 June, 7:00 am - 8:00 am

通过Top-down和Bottom-up技术得到蛋白制剂的表征 报告人： Paul W. Brown, Pfizer Worldwide Research and Development

Mascot server 2.6的新特征 报告单位： Matrix Science

谱峰列表的完善

谱峰列表是在数据库搜索中最主要的数据流转形式，并且它所包含的信息以各种不同的方式被使用。其中一些是及其重要的，而一些根本未被使用。

• 碎片离子的电荷 是不需要的，或者说目前并没有用到。Mascot总是将谱峰与单电荷碎片离子碎片质量匹配起来，仪器的定义用来确定它是否尝试匹配双电荷。而通常，这取决于母离子的价态。
   
• 母离子电荷价态的默认范围 当不能从一张谱图上确定母离子电荷时，可能由谱峰提取软件输出。这些母离子会全部如此处理；得分高的匹配，其价态被认为是正确的，而其他价态的匹配则被忽略。
   
• 短肽段 如果短于global setting MinPepLenInSearch，就将被忽略。肽段序列匹配短于MinPepLenInPepSummary，对于它们自己而言，就不能称为一种蛋白质存在的充分证据。
   
• 可靠的 de-isotoping 只能在以profile格式保存的原始数据中完成。一个好的谱峰提取工具，例如 Mascot Distiller，应该被用于产生去同位素的谱峰列表。Mascot Server不对上传的谱峰列表进行de-isotope。

点击此处 ，阅读更多关于该问题的详情。

使用Mascot发表的优秀文章

在这里，我们列举了一篇近期发表的有趣并且很重要的文章，该文章运用Mascot 进行了蛋白质鉴定、定量及特性分析，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发给我们 一个PDF或URL。

GC/MS and proteomics to unravel the painting history of the lost Giant Buddhas of Bamiyan (Afghanistan)

Anna Lluveras-Tenorio, Roberto Vinciguerra, Eugenio Galano, Catharina Blaensdorf, Erwin Emmerling, Maria Perla Colombini, Leila Birolo, Ilaria Bonaduce

PLoS ONE 12(4): e0172990, April 5, 2017

位于阿富汗巴米扬河谷的巴米扬大佛建于公元600年左右，直到在2001年被塔利班破坏前，它们一直是世界上两个最大的泥塑。位于与丝绸之路相连的山谷中的巴米扬大佛是艺术史上的一个重要部分，不仅仅是因为它们的巨大规模，还因为它们对于古代中亚地区的影响力。

在这项研究中，学者企图分析那些从现场收集到的碎片的组成成分，这些碎片是原本覆盖在泥塑表面的涂料。他们对这些涂料进行了三种抽提和水解，分别制备了糖类、氨基酸、和脂质/蜡质样品用于GC/MS分析。对于蛋白的分析，他们使用了强变性条件，然后通过消化，以及LC/MS/MS来鉴定其蛋白组成。

脂质和蜡质没有在任何样品中被检测到，糖类含量比较少，所有样品都存在蛋白质成分。蛋白组学的分析表明乳蛋白是存在的，甚至作者能够得出结论，牛奶和羊奶是主要的涂料粘合剂。

本月Mascot使用小贴士

在Mascot 2.4及之后的版本中，能够将多个搜库结果合并起来，展示出一个总结性的报告。这仅仅对于使用了同样的参数和数据库的搜库才有意义，例如一组文件在Mascot Daemon的任务列队中被分析。事实上，尝试用不同参数来进行混合搜库，会在你尝试查看结果时产生一个错误信息。

为了产生和填充一个结果的集合，输入下列这些URL到浏览器的地址栏中，注意下文中的“your-server”要替换成您本地的Mascot server的名称。

1. 创建一个结果集合的文件集：

http://your-server/mascot/cgi/client.pl?fileset_create

这返回到使用下列URL的唯一的文件夹id，例如fileset_2817400073158533

2. 添加不同的搜库结果到这个文件集中：

http://your-server/mascot/cgi/client.pl?fileset_append; fileset_id=fileset_2817400073158533; file=../data/20150616/F001939.dat

如果你想确定哪些文件在这个结果集中：

http://your-server/mascot/cgi/client.pl?fileset_list; fileset_id=fileset_2817400073158533

3. 查看文件集合的报告：

http://your-server/mascot/cgi/master_results_2.pl?fileset=fileset_2817400073158533

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

请联系康昱盛以获取更多的信息。

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