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感谢所有在印第安纳波利斯美国质谱年会期间前来访问交流的朋友。如果您当时没能来参加我们的早餐会,可以 点击这里查看报告。

我们很高兴地宣布Mascot Server 2.6.1现在可以使用了。

Mascot Server的搜库结果导出功能是十分强大的,我们对如何最大化地使用它有一些建议。

本月的特色文章展示了一种检测细菌的抗生素耐药菌株的新方法,如果您最近也有文章发表并且希望我们列举在下一期的Newsletter中,请发给我们 相关的PDF 或者URL

本月的Mascot小贴士是关于如何自动化地进行管理任务来节省的Mascot Server上的磁盘空间。

如果您有任何意见或问题,请随时 联系我们

 

2017.06

Mascot Server 2.6.1
搜库结果导出
特色文章
本月Mascot小技巧
 

Mascot Server 2.6.1

Mascot 已经从2.6.0升级至2.6.1,Windows和Linux系统的用户都可以从官网 support page下载更新安装包。

本次更新修复了一系列重要的bug ,我们建议所有用户都下载安装。特别是,它修复了一些谱图数据库的问题:使用超过2GB的谱图库文件,使用注释来提高打分,以及结果导出功能加入谱库匹配。从现有搜库结果中创建谱库的过程更为灵活。

Update

搜库结果的导出

Mascot Server的导出功能允许搜库结果以较多形式来导出,连同本地结果文件和MGF 谱峰列表。

这不需要文件共享来访问Mascot Server。在工作任务中的每一个搜库完成后,导出功能可以交互式使用,在Web 浏览器,通过在结果报告中的相应链接,或者它可以自动地在Mascot Daemon中执行。

如果您使用命令行来访问您的服务器,您还可以通过创建Windows批处理文件或者Linux shell脚本,来导出结果文件集。后一种方法是相当复杂的, 阅读这里 有关于这个建议更多的内容。

关于导出结果一些不太清楚的地方的建议,可以从 这个帖子中看到。

  • 在包含修饰位点分析的CSV和XML导出格式,勾选 Query Level Information和Raw peptide match data。这些信息会在主要的蛋白和多肽表之后作为一个单独的部分输出。
  • 如果您希望导出MS2的定量结果(reporter或multiplex),您需要勾选定量的选择框中的Protein Hit Information和Peptide Hit Information选项。
  • 在最新的2.6.1版本中可以导出谱图库的搜库结果。如果您运行的是2.6.0,您可以从官网 support page下载补丁包。
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使用Mascot发表的优秀文章

在这里,我们列举了一篇近期发表的有趣并且很重要的文章,该文章运用Mascot 进行了蛋白质鉴定、定量及特性分析,如果您想要您的文章也在这里重点推荐,请发给我们 一个PDF或URL

 

Detection of methicillin-resistant Staphylococcus aureus using phage amplification combined with matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry

Jon C. Rees, John R. Barr

Anal. Bioanal. Chem. (2017) 409: 1379

美国疾病控制与预防中心近期报道了由 抗生素耐药菌带来的威胁。他们估算出在美国,每年有2百万人被感染,并最终有23,000人死于耐药菌,医疗保险的支出达200亿美元,他们同时声称这也是一个世界性问题。

为了能够快速检测这些耐药菌,文章作者开发了一种方法,将金黄色葡萄球菌和噬菌体一起孵育。他们接着使用胰酶快速酶解,并用MALDI-TOF质谱分析。这个方法检测来自于扩增的噬菌体衣壳蛋白的酶解肽段,相比那些检测完整噬菌体蛋白的方法,该方法更为灵敏。

抗生素耐药的检测是通过检测在存在有抗生素的情况下噬菌体的复制来进行的,以不添加抗生素作为对照。在用头孢西丁处理4个金黄色葡萄球菌的菌株,耐药菌株样品在没有抗生素和含有头孢西丁的情况都表现出显著的噬菌体扩增,而敏感菌株在头孢西丁的处理下没有表现出增殖。

Thumbnail from featured publication

本月Mascot使用小贴士

在Mascot Server上的磁盘存储满了,这是比较常见的情况,并且会导致搜库失败。许多空间被搜库的结果文件(.dat)所占,所需要的空间可以通过压缩所有旧的结果文件来减少。Mascot Server所有程序在必要的情况下,需读取未经压缩的结果文件。所以如果您回头想看那些老的已经被压缩的结果文件,会需要更长的打开时间。

Mascot使用Cache文件来加快报告的加载和导航,默认情况下这些文件保存在data目录的Cache子目录中。如果您删除了这些文件,Mascot会在您读取报告的时候重新生成,所以全部删除它们也是安全的。虽然旧文件删除和结果文件压缩这些操作可以通过手动完成,但若能自动化进行会更方便。在Mascot Server 2.6中包含可以删除cache目录下旧文件,以及压缩结果文件(.dat)的脚本。默认情况,这个脚本是不使用的,但是如果要使用也很简单。通过Windows写字板或者其他您习惯使用的文本文档编辑器,打开mascot.dat 文件(例如,在\inetpub\mascot\config 目录下),拖动到底部,会看到一行类似于下面的信息:

# 0 0 * * 6 C:\inetpub\mascot\perl64\bin\perl.exe C:/inetpub/mascot/bin/tidy_data.pl --clearcache --compressdat

这个路径可能在您的系统中有所不同,您不需要更改他们。为了运行这个脚本,您需要从开始行删除#和空格,所以这行的第一个字符是‘0’,前6个值定义了什么时候这个脚本被运行。第一个‘0’意思超过1小时0分钟,第二个‘0’意思是半夜。‘*’和‘*’意思是这一个月的任何一天和这一年的任何一个月,‘6’意思是一周的第六6天,即被定义为周六。默认情况,脚本仅仅处理在100天前创建的文件,但是您可以通过在这一行结束的地方添加 - -minage=100,并且将100替换为其他值来对这一设置进行改变。当脚本运行,它会在mascot log目录下写成一个文件,tidy_data.log。

如果您希望在Mascot 2.4或者Mascot2.5中使用这个脚本,详细请看 这次讲座 报告的33页。

Housekeeping

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具,帮助他们更快速,更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

请联系康昱盛以获取更多的信息。

 

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