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Mascot Server支持17种不同的碎片离子系列。我们在此使用EThcD来说明，对于一个新的仪器应该选择哪一个离子系列。

本月的特色文章中介绍了一种新方法使用¹²C标记以提高肽段鉴定和定量效果（你没看错，是¹²C！）。如果您最近也有文章发表并且希望我们列举在下一期的Newsletter中，请发给我们 相关的PDF 或者URL。

本月的Mascot小贴士解释了如何修改Mascot Server的物种分类树。

如果您有任何意见或问题，请随时 联系我们 。

17种碎片离子系列——该选择哪种？

尽管在Mascot Server中有17种碎片离子系列可以在instrument中进行定义，但是最好不要对它们全部选择。如果选择的碎片离子类型并不在你的数据中包含，那么实际上会降低辨识度和灵敏度，因为这会增加错误匹配的可能。

为了来研究选择过多碎裂离子类型会带来什么样的影响，我们通过一个由电子转移/高能碰撞解离(ETD/HCD)碎裂模式产生的数据来进行说明。EThcD在一张谱图上同时产生b、y和c、z二级碎裂离子对的组合，通常能提高鉴定率和修饰位点的确定。我们的数据由hela细胞裂解物经胰酶消化，谱峰提取由Mascot Distiller完成，搜库参数如下：Trypsin/P, 允许2个位点漏切，固定修饰Carbamidomethyl (C) ，可变修饰Oxidation(M), 多肽质量容差15ppm，子离子质量容差30 ppm。

当设置为1%FDR，对考虑所有的碎片离子系列和在优化选择EThcD碎裂模式时比较，PSM计数相差只有不到1%。主要是因为这是高精度的数据，并且在以一个较窄的质量容差范围内进行搜索，这样非必要的离子系列的存在不会导致大量的错误二级离子匹配。但如果我们设置一个较宽的质量容差，例如肽段和碎片离子都设置为0.5 Da，碎片离子类型的全选就会产生非常大的影响，二者PSM数相差接近6%。 点击此处，阅读更多内容。

使用Mascot发表的优秀文章

在这里，我们列举了一篇近期发表的有趣并且很重要的文章，该文章运用Mascot 进行了蛋白质鉴定、定量及特性分析，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发给我们 一个PDF或URL。

A Simple Light Isotope Metabolic labeling (SLIM-labeling) strategy: a powerful tool to address the dynamics of proteome variations in vivo

Thibaut Leger, Camille Garcia, Laetitia Collomb and Jean-Michel Camadro

Molecular & Cellular Proteomics, in press, published August 18, 2017

作者开发了一种新的方法来解决目前蛋白质组学定量方法的一些局限性。采用代谢标记或者稳定同位素试剂，存在的挑战是由于质量数发生的变化或者加入额外的肽段所带来的离子抑制，进而造成较低的鉴定效率。

文章叙述了对致病酵母菌，白色念珠菌（C. albicans）进行bottom-up技术路线的蛋白质组学分析，真菌在包含普通葡萄糖或者仅仅包含¹²C碳原子作为唯一碳源的合成培养基中培养，¹²C 的使用导致单一同位素的离子（monoisotopic ion）信号增强，可以显著地提升bottom-up的蛋白质组分析。

在体内¹²C的富集后，并且设置1%FDR的情况下，¹²C的掺入使得所有多肽鉴定都得到了更高的分数，平均分提高了28%，使得蛋白鉴定打分平均增加了36%。白色念珠菌的多肽和蛋白鉴定数分别提高了14%和11%。

本月Mascot使用小贴士

物种分类树在搜库表单中，并且其蛋白家族总结（protein family summary） 是完全可配置的。你可以添加或移除个别的分类，使用你喜欢的名字（cattle或者cow 、beef、bovine、bos taurus都可），并且可以对特殊的实验在树图中新建节点，例如human + mosquito。

在Mascot Server的configuration editor中没有对此设置的模块，你需要到mascot/config/taxonomy的路径下用文本编辑器打开这个文件。

每一个节点由一个4行的块（block）定义。每个block的第一行以关键词Title: 开头，接着是要显示在下拉列表中的文本。第二行是以关键词Include:开头，接着是一个或者多个以逗号分隔的NCBI分类ID号。查询物种分类号的最佳方式是使用 NCBI taxonomy browser。

第三行是以关键词Exclude: 开头，以及可以用来滤除的物种ID。最后一行只包括一个星号。对于更多完整的细节，请参考Mascot Server的安装手册的第九章Taxonomy，该手册可以通过你本地的Mascot Server的主页链接获取。

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

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