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关于如何高效完成胰酶自溶肽段匹配的建议。

本月的特色文章中介绍了一种测定激酶活性的新方法。如果您最近也有文章发表并且希望我们列举在下一期的Newsletter中，请发给我们 相关的PDF 或者URL。

本月的Mascot小贴士说明了如何禁用结果报告缓存。

如果您有任何意见或问题，请随时 联系我们。

胰酶，无处不在的胰酶

精确的胰酶自溶肽段鉴定是十分重要的。如果没有正确的数据库匹配，这些较强的谱峰很容易产生假阳性的匹配。最近由Graz医科大学发表的一篇文章，把关注点指向将蛋白组学实验中常用的酶修饰为抑制自溶的类型。这样，除非相应的修饰类型包含在搜索参数中，大部分自溶肽段将不能得到匹配。

问题在于，有太多类型的修饰了。通常你可能需要Methyl (N-term), Methyl (K), Dimethyl (K), Dimethyl (N-term), Dehydro (C), Deamidated (NQ)和Carbamidomethyl (N-term)作为可变修饰。 在这个我们研究的样本中，我们不得不选用semiTrypsin作为酶解方式，因为这显然会存在大量的非特异性自溶多肽。

在设置1%的peptide FDR的情况下，对于半特异性胰酶加上多种可变修饰的搜库中，PSM的数目是545，而多肽的种类数为49，如果改为严格的胰酶以及仅以Carbamidomethyl (N-term)作为可变修饰的搜库中，PSM是281，多肽种类数是10。

这对于胰酶鉴定来讲很好，但是对于我们感兴趣的蛋白而言并不是个好事。没人想用一个很大的search space来承担他们的搜库任务。解决方案是创建一个用户自定义的库。将这个自定义的谱图库加入搜索中，你能够仍然使用严格的搜库参数，并且获得所有无论是奇怪还是正常的胰酶自溶肽段的匹配，这样就去除了它们引起假阳性匹配的可能性。这篇文章 描述了如何建立用户自定义的谱图库的流程。

使用Mascot发表的优秀文章

在这里，我们列举了一篇近期发表的有趣并且很重要的文章，该文章运用Mascot 进行了蛋白质鉴定、定量及特性分析，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发给我们 一个PDF或URL。

Kinase activity ranking using phosphoproteomics data (KARP) quantifies the contribution of protein kinases to the regulation of cell viability

Edmund H. Wilkes, Pedro Casado, Vinothini Rajeeve and Pedro R. Cutillas

Molecular & Cellular Proteomics, 2017, 16, 1694-1704

作者着手开发了一个测定蛋白激酶对细胞活性贡献度的模型。他们开始的假设是对于一个给定的激酶相对于总磷酸化水平的蛋白磷酸化比例，是它对于信号通路贡献度的一个衡量。

他们使用细胞裂解物在酶解后，经过富集后的磷酸化多肽的LC/MS/MS 数据集，并开发了算法，用于计算已知底物的信号强度总和与数据集中现存所有磷酸化位点的信号强度总和的相关性，产生K-score。

为了研究K-score是否可以反映激酶对于细胞活性的贡献度，并且是否能够因此而预测复合物的响应，作者检测了可以用于治疗的9个激酶抑制剂对一个细胞系中细胞活性的下调程度。他们发现给定激酶的K-score与其受到抑制剂作用后的细胞活性下调有显著的相关性。

本月Mascot使用小贴士

从Mascot server的2.3版本开始，通过使用缓存文件来加速结果报告的加载。这些文件在总结报告第一次被加载的时候就被创建了，以后，在加载同一个报告时，可以加快文件打开的速度。缓存文件同样可以加速peptide view 和protein view报告。

自然，创建这些缓存文件也会产生一定的代价。如果你很少会第二次打开一个报告，并且很少会去看peptide或者protein view报告，你可以通过禁用缓存以节省时间。

如果要禁用单个总结报告的缓存，只要在它的URL中添加 &_usecache=0。

如果要全面禁用缓存，要在mascot.dat 中设置，找到以 ResfileCache 和 ResultsCache开头的两行。添加注释，并且添加包含这些关键字的新行。这时，你的mascot.dat可能看起来会是这样：

# ResfileCache master_results.pl, master_results_2.pl, peptide_view.pl, protein_view.pl, export_dat.pl, export_dat_2.pl, ms-createpip.exe, MSAnatomiser.class, mi_getpeaklist.pl, msms_gif.pl, nph-mascot.exe, ms-searchcontrol.exe, client.pl
 
# ResultsCache master_results.pl, master_results_2.pl, peptide_view.pl, protein_view.pl, export_dat.pl, export_dat_2.pl, MSAnatomiser.class, mi_getpeaklist.pl, nph-mascot.exe, ms-searchcontrol.exe
 
ResfileCache
 
ResultsCache

这个操作会占用一部分内存，需要保证电脑内存至少大于16GB。同时，它还会导致更改页面、标签、扩展蛋白质家族总结等操作变慢。

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

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