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你是否想到过在不同PC上运行的Mascot Daemon软件实际上是可以共享同一个任务数据库的？这样每一个人都可以查看同一个搜库任务的数据集。在本文中我们会有详细的介绍。

本月的特色文章中详细介绍了一种发现和验证卵巢癌的多肽标志物的方法。如果您最近也有文章发表并且希望我们列举在下一期的Newsletter中，请发给我们 相关的PDF 或者URL。

本月的Mascot小贴士说明了为什么通常建议使用UniProt的蛋白组数据库进行搜库，而不是仅仅用SwissProt数据库进行物种筛选后搜库。

如果您有任何意见或问题，请随时 联系我们 。

共享Daemon的任务数据库

如果你的实验室分析任务十分繁忙，需要从不同的地点和不同仪器自动递交搜库任务，那么集中一个数据库来管理这些搜库任务可能是很有帮助的。默认情况下，每一个Daemon使用它自己的任务数据库来储存关于搜库任务的运行和结果链接信息。尽管每个搜库任务仍然被启动它的Daemon软件实体所“拥有”，并且仅“所有者”能够暂停或者取消任务，共享任务数据库仍然允许你能够追踪所有地点的所有搜库任务。

如果你在使用一个基于文件的数据库引擎，例如VistaDB 或者Access，你需要将其改为基于服务器的选项： MySQL, PostgreSQL, SQL Server或者 Oracle。Daemon包括了导入/导出的功能，使用户可以轻松迁移。

另外，在Mascot Daemon 2.6的版本中，一个新的功能特点是能够设置在一个任务完成时开始另一个任务。你可以将一组搜库任务设置为自定义运行的方式，例如task2在task1结束后开始，task3在task2结束后开始，依次类推。搜库任务可以按照谁先递交谁先搜库的方式，或者以任务重要性或者紧迫性的顺序来安排。

点击这里 阅读关于如何在Mascot Daemon中建立和使用一个共享的任务数据的方法详情。

使用Mascot发表的优秀文章

在这里，我们列举了一篇近期发表的有趣并且很重要的文章，该文章运用Mascot 进行了蛋白质鉴定、定量及特性分析，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发给我们 一个PDF或URL。

Selected reaction monitoring approach for validating peptide biomarkers

Qing Wang, Ming Zhang, Tyler Tomita, Joshua T. Vogelstein, Shibin Zhou, Nickolas Papadopoulos, Kenneth W. Kinzler, and Bert Vogelstein

PNAS 2017 114 (51) 13519-13524; published online December 4, 2017

作者建立了一种基于选择反应监测（SRM）的方法，用于发现并验证卵巢癌的多肽标志物。这个方法利用了样本分馏、分离以及合成目标多肽的多个步骤，他们称之为“洗脱馏分时序分析”——SAFE-SRM。

这个研究包括了3个阶段。

• 阶段一，来自于癌症患者和健康个体的血浆样本全蛋白组分析，从188个基因得到候选多肽标志物641条。
• 阶段二，实施了一个基于SRM的分析方法，评估在血浆中的641条候选多肽标志物，得到了来自于肽基-脯氨酰顺反异构酶A（PPIA）的两个多肽作为潜在的生物标志物。
• 阶段三，采用SAFE-SRM的方法评估这两个肽段各自在癌症患者和对照组的数据集中的表现。

在另一组73个样本中，包括35个卵巢癌病人的血浆，38个健康或者其他癌症患者的样本，用于验证PPIA的两个多肽。35个卵巢癌病人血浆中的20例(57.1%; 95% CI, 40-73%) 都表现出了这两条多肽其中一条或者两条的阳性结果，14个正常个体没有一个呈现阳性结果。

本月Mascot使用小贴士

有很多非常好的理由，SwissProt数据库对于通用型搜索而言是一个非常流行的选择。但是，如果你在研究一种非常明确的生物，你可能从UniProt的参考蛋白质组数据库中得到更好的覆盖度。

以人类为例，现在以Homo sapiens的物种下有20245个SwissProt库的条目，相比而言，UniProt参考蛋白质组数据库有71785个条目。多出来的5万1千多条目是从TrEMBL库的14万1千多条目中选出来的，有关选择标准可以从 这里获取详细信息。显然，如果加入的序列是被精确挑选的，我们可以预期覆盖度能得到有效的提升。

以人类蛋白组为例说明，通过Mascot Server的 Database Manager 中的UniProt proteome template下载人类蛋白组数据库。这个数据库包含蛋白亚型，增加了93799个条目。对一个典型的人类样品数据集（PRIDE数据库的project PXD001468的HEK 293数据），1%FDR条件下，SwissProt数据搜索得到102206条不同的序列，而用蛋白组数据库搜索得到105140条不同的序列，增加了近3千多条多肽的鉴定数。

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

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