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我们纪念了描述肽质量指纹谱，这种基于质谱的蛋白质组学的重要方法的第一篇文章发表25周年。

本月的特色文章中详细介绍了一种使用数据库搜索来表征糖肽的新方法。如果您最近也有文章发表并且希望我们列举在下一期的Newsletter中，请发给我们 相关的PDF 或者URL。

本月的Mascot小贴士列出来关于Mascot Server和Mascot Distiller的硬件要求的相关信息。

如果您有任何意见或问题，请随时 联系我们 。

经历四分之一世纪的基于质谱方法蛋白鉴定

通过对质谱数据搜索蛋白序列数据库来鉴定蛋白质，在现在是如此常用的方法，很难想象没有它会是怎样的情景。实际上，今年是该方法首次发表的25周年。

5个团队的研究为今天的蛋白质组学奠定了基础，描述了肽质量指纹谱的方法。该方法很快扩展到了使用MS/MS串联质谱来对多肽进行鉴定。

这个领域从SwissProt数据库只包含3万个条目并且还没有基因组测序的时代到今天，走过了很长的路。 点击这里 读取更多关于早期研究者们是如何开始这一领域的故事。

使用Mascot发表的优秀文章

在这里，我们列举了一篇近期发表的有趣并且很重要的文章，该文章运用Mascot 进行了蛋白质鉴定、定量及特性分析，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发给我们 一个PDF或URL。

Large-scale intact glycopeptide identification by Mascot database search

Ravi Chand Bollineni, Christian Jeffrey Koehler, Randi Elin Gislefoss, Jan Haug Anonsen & Bernd Thiede

Scientific Reports, volume 8, Article number: 2117 (2018)

文章作者开发了一种新方法，以高通量和批处理的方法进行完整糖肽的鉴定。他们创建了一个用户自定义的多肽数据库，其中已知的糖结构被线性化，并且用单字母对其进行编码，例如 O (GlcNAc, GalNAc), J (Galactose, Mannose) and U (Neu5Ac)。加入的单糖可以以这些密码，编码为可变修饰。通过指定合适的质量数，并且将糖序列附加在多肽的N端，Mascot就能够从N-链接和O-链接的多糖裂解的糖苷离子以假装是y-ions的形式进行匹配。

来自于对照组和前列腺癌确诊病人的血清样品，验证了这一方法。样品用胰酶消化，并且用 ZIC-HILIC SPE对样品脱盐，用TiO₂富集，接下来LC-MS分析。完整糖肽的质谱递交给Mascot搜索引擎用于定性，以及通过Mascot Distiller完成相关的定量。数据基于客户自建的糖蛋白数据库进行搜索。

来自24个血清样本，一共257个糖蛋白被鉴定出来。这257个糖蛋白一共得到970个unique 糖基化位点和3447条非冗余的糖肽变异体。

本月Mascot使用小贴士

在过去的newsletter中我们提到过PC硬件的规格，但是这类问题总是被频繁提起，以下是主要信息来源的总结。

对于Mascot Server和Mascot Distiller的硬件要求其实很简单。它们大部分时间都是与处理器结合的。主要的区别在于Mascot sever的licence限制是的在搜库时，所使用的处理器的核心数。1个CPU的licence最大允许使用的是4个物理核心或者说8个逻辑核心（如果CPU的核心有超线程技术）来进行搜库。为报告、应用程序和操作系统额外增加一些核心数是有用的，但是在搜索时，速度不会有太大的差异，要提高这个速度，则需要升级licence授权更多的核心数。

另一方面，Mascot Distiller是可以自由使用软件发现的所有核心进行分析的。对于单个原始文件所使用的数目进行限制，可以避免文件访问成为瓶颈，但是当处理多个来自Daemon任务的文件或者像multi-file project，你可以看到所有的核心都在饱和状态了。这意味着，如果你在同一台电脑上安装Mascot sever和Mascot Distiller时，它们会竞争处理器的使用。

这些文章和帮助页面是和硬件规格要求最为相关的：

• Mascot Server的硬件规格 - 尤其适用于旧版本软件的兼容问题。
• 在虚拟机上运行Mascot - 如果你考虑使用虚拟机，阅读此文。
• 一个搜库需要花多长时间？-硬件和配置 - 综述
• 在超算上运行Mascot Server - 在服务器场中运行Mascot Server的问题。
• 充分利用你的Mascot Server的硬件 - 进阶版通用窍门

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

请联系康昱盛以获取更多的信息。

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