欢迎

我们很高兴在本月初于圣地亚哥举办的ASMS会议上与大家进行了面谈和交流。如果你当时没能来参加我们的研讨会，我们在这里提供了会议的演示文稿。

我们在这里讲解了如何使用Mascot Database Manager 自动地更新基因组DNA数据库。

本月的特色文章中详细介绍了一种使用平行反应监测（PRM）来定量磷酸化程度的方法。如果您最近也有文章发表并且希望我们列举在下一期的Newsletter中，请发给我们相关的PDF 或者URL。

本月Mascot小贴士是关于Mascot Daemon挂起任务的故障解决。

如果您正在运行的是旧版本Mascot，抓紧时间，可以利用我们的20周年特惠活动所提供的Mascot Server版本更新八折优惠。

如果您有任何意见或问题，请随时联系我们。

保持基因组数据库更新

在Mascot Server数据库管理器中，更新大多数数据库如同单击按钮或创建定期更新计划一样简单。偶尔，下载文件后需要额外的处理步骤。例如，如果您想搜索已组装的基因组，我们建议将染色体长序列分成更短的、并且有重叠区域的片段。

通过创建一个简单的脚本来下载文件，执行拆分的功能，然后提示数据库管理器将输出文件复制到数据库的“current”目录中，可以自动完成整个过程。本文包含一个示例脚本，可从欧洲核酸数据库下载并拆分幽门螺杆菌HPAG1基因组。

该脚本还可以用作其他处理类型的模板，例如将存储在相关联数据库中的序列生成fasta格式文件。

使用Mascot发表的优秀文章

在这里，我们列举了一篇近期发表的有趣并且很重要的文章，该文章运用Mascot 进行了蛋白质鉴定、定量及特性分析，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发给我们一个PDF或URL。

Determination of Site-Specific Phosphorylation Ratios in Proteins with Targeted Mass Spectrometry

Lennard J. M. Dekker, Lona Zeneyedpour, Sandor Snoeijers, Jos Joore, Sieger Leenstra, and Theo M. Luider

J. Proteome Res. 2018, 17, 1654-1663

作者开发了一种方法对磷酸化肽进行绝对定量，并使用平行反应监测（PRM）结合稳定同位素标记（SIL）肽的方法来确定其磷酸化百分比。

首先对多形性神经胶质瘤细胞裂解物的酶解产物用TiO2进行磷酸化肽富集，通过DDA采集模式的LC-MS方法来构建LC-MS测量来创建磷酸化蛋白质组谱。接下来，从该数据集中选择了一系列磷酸肽并用于SIL肽的PRM方法。在这种PRM方法中，磷酸化肽及其对应的非磷酸化形式肽段，包括它们的SIL标准品均作为靶向肽段。

结果共鉴定了7774条unique磷酸肽和1980对包含非磷酸化的肽。从该列表中，根据它们与已知影响胶质瘤的通路的相关性，选择了6对肽段。该验证研究表明，磷酸化定量确定是可重复的，其CV在6-13％的范围内。

Mascot 小贴士

如果Mascot Daemon遇到意外错误，任务可能会被挂起，并且在Daemon的status标签中的任务图标显示为一个沙漏。如果你遇到这种情况，你可以尝试下面的操作：

1. 首先，检查您的Mascot Server是否正常运行。进入database status页面，检查你正在搜索的数据库是否在“in use”状态。确保没有大量的搜库任务正在运行而导致服务器无响应。
2. 如果有任何搜索正在运行，请单击数据库名称，然后单击工作编号（job number）以查看搜索标题和其他详细信息。如果从您的Daemon提交的搜索正在运行，则最好在尝试重新启动Daemon之前完成搜索。否则，你可能面临重新提交它的风险。
3. Mascot Daemon 2.5和更高版本：退出Daemon桌面应用程序，然后停止Daemon 引擎。这可能在系统托盘中运行（右键单击该图标并选择退出）或作为Windows服务（Windows控制面板; 管理工具; 服务; Mascot Daemon engine; 选择; 停止）。在Windows任务管理器中，确认没有正在运行名为MascotDaemon.exe 或MascotDaemonEngine.exe 的进程。
   Mascot Daemon 2.4和更早版本：退出Daemon桌面应用程序，然后停止Daemon服务。这可能会在系统托盘中运行（右键单击该图标并选择退出）或作为Windows服务（Windows控制面板; 管理工具; 服务; Mascot Daemon服务; 选择;停止）运行。在Windows任务管理器中，确认没有正在运行的Daemon.exe或DaemonService.exe进程。
4. 启动Daemon。如果任务仍然挂起，请记下任务编号。如果数据库引擎是VistaDB，请参阅Daemon的帮助文档（F1）以获取有关如何编辑任务数据库的详细信息。对于其他数据库引擎，请使用任何可用的实用程序来操作表或执行SQL命令。
5. 如上所述方法，退出桌面应用程序和引擎/服务。用这样的SQL命令从Mascot_Daemon_Tasks表中删除挂起的任务，其中task_UID被设置为有问题的任务号：
    
   DELETE FROM Mascot_Daemon_Tasks WHERE task_UID=502;

另一种方法是恢复为空的任务数据库。有关详细信息，请发送电子邮件到support@matrixscience.com 描述问题并说明Daemon的版本和使用的任务数据库引擎。

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

请联系康昱盛以获取更多的信息。

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