欢迎

我们期待在佛罗里达将要举办的世界HUPO大会上能与你们见面，在那里我们将提供免费的咨询会议。

我们分析了Distiller 2.7对谱峰提取以及对profile数据定量速度的提升效果。

本月的特色文章阐述了一种在细胞外基质的蛋白酶的底物测定方法。如果您最近也有文章发表并且希望我们列举在下一期的Newsletter中，请发给我们 相关的PDF 或者URL。

本月Mascot小贴士解释了我们是如何以及我们为什么要过滤掉短肽的匹配结果。

如果您有任何意见或问题，请随时联系我们。

世界HUPO大会免费咨询

• 有关error tolerant search或翻译后修饰的问题。
• 考虑尝试新的定量方法。
• 如何将新的数据库添加到Mascot server或者如何设置Mascot security ?
• 是否需要有关如何解读搜索结果的建议?

我们在佛罗里达州奥兰多举办的第17界世界HUPO大会（9月30日至10月3日）上提供有关Mascot Server，Mascot Daemon和Mascot Distiller的最佳使用方法的免费咨询服务。

咨询时间每段三十分钟，最多可供三个人使用。我们没有时间来现场进行长时间的搜索或者处理大规模原始数据文件，因此一旦您预订了咨询时间段，请提前将数据发给我们。如果您希望参与咨询服务，那么请联系 support@matrixscience.com 并与我们讨论您的文件详情。

地点在Matrix Science的展位，编号307。预订位置，请点击此链接。

Mascot Distiller 2.7提高谱峰检测速度

最新版本的Mascot Distiller在谱峰提取的速度上有显著的提高，这是由于我们改变了对profile数据的处理方法。在早先的版本中，进行谱峰提取时，要求profile数据有线性质量尺度，并且数据值在m/z轴上分布均匀。大多情况下，这意味着有必要在每张扫描的谱图上，插入大量额外的数据点。在Mascot Distiller 2.7版本，直接对原始profile数据进行谱峰提取，无需进行re-grid处理。

为了评估这个改进的效果，我们使用了一组SILAC定量数据集进行测试，该数据集由Thermo的QEactive采集得到，共有10个原始数据文件，总计120万张一级和二级谱。我们分别用Mascot Distiller 2.6和2.7对它们进行测试，谱峰提取时间从8天减少到3小时，定量从2.5天减少到16小时。

除了大大地提高了数据处理速度以外，我们发现在1%FDR卡值条件下，显著匹配肽段的数目提高了近20%。

点击这里，阅读关于版本优化的更多详情。

使用Mascot发表的优秀文章

在这里，我们列举了一篇近期发表的有趣并且很重要的文章，该文章运用Mascot 进行了蛋白质鉴定、定量及特性分析，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发给我们 一个PDF或URL。

A Selective Extracellular Matrix Proteomics Approach Identifies Fibronectin Proteolysis by A Disintegrin-like and Metalloprotease Domain with Thrombospondin Type 1 Motifs (ADAMTS16) and Its Impact on Spheroid Morphogenesis

Rahel Schnellmann, Ragna Sack, Daniel Hess, Douglas S. Annis, Deane F. Mosher, Suneel S. Apte, and Ruth Chiquet-Ehrismann.

Molecular & Cellular Proteomics, 2018, 17, 1410-1425

作者研究了一种分泌型蛋白酶ADAMTS16及其对纤维蛋白（FN）的作用，并对细胞外基质（ECM）组装产生影响。到目前为止，ADAMTS16一直是一个孤儿蛋白酶，尽管它与癌症、高血压等一些人类疾病有相关性，但仍没有已知的底物。

他们使用BALB / c成纤维细胞在体外产生不含细胞的ECM，采用已被转染用于产生ADAMTS16蛋白酶的HEK-EBNA细胞，将该转染后细胞接种在ECM上。将稳定表达各种ADAMTS16酶构建体的HEK-EBNA细胞接种在FN的上方，并通过Western blot和LC-MS / MS的方法分析培养基。

作者证实在ADAMTS16存在下纤维蛋白的原纤维大量减少，并且对纤维蛋白组装的时相分析表明，ADAMTS16主要干扰原纤维的起始和成熟。另外，30kDa FN片段的释放也表明ADAMTS16能够降解纤维蛋白的原纤维。

Mascot 小贴士

mascot.dat中有两个设置可以控制特别短的肽段的处理方式。数据库中任何比 MinPepLenInSearch 的设置短的肽段序列都会被忽略。任何比 MinPepLenInPepSummary 更短的肽段序列匹配从来不被作为蛋白质存在的充分证据。也就是说，如果你将 MinPepLenInSearch 设置为7并且 MinPepLenInPepSummary 设置为10，您会在报告中看到7,8和9-肽的匹配，但在结果中并不会基于其中一个短肽的匹配而将某个蛋白质拆分为一个新的蛋白家族或蛋白家族成员。每个蛋白家族或蛋白家族成员必须包含一条显著匹配，且在其他蛋白家族或蛋白家族成员中不存在的多肽，并且是至少包含10个氨基酸残基的多肽。

在最近的Mascot版本中，软件初装时，上述两个参数的截止值都设置为7。请克制将这两个卡值的设置降到很低的想法。特别短的肽段得到显著性匹配是很难的或者是不太可能的，因为这样的序列可能是偶然存在于数据库中的概率太高。为 MinPepLenInSearch 设置较低的值会对搜索速度和结果文件的大小产生影响。为 MinPepLenInPepSummary 设置较低的值会导致蛋白质家族报告中灾难性的过度聚类（因为非常短的序列可能偶然存在于不相关的蛋白质中）。

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

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