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在本期内容中，我们将解释在什么情况下以及为什么您可能会希望将您的Mascot Server切换到集群模式。

本月的特色文章讲述了如何通过减少离子抑制进而获得2倍的磷酸化肽段鉴定数目的增幅。如果您最近也有文章发表并且希望我们列举在下一期的Newsletter中，请发给我们 相关的PDF 或者URL。

本月Mascot小贴士关于如何重建Mascot Server的搜索日志。

如果您有任何意见或问题，请随时 联系我们。

是否要切换集群模式

如果你拥有一个多CPU license的Mascot Server，有一种情况是，使用“商品化”的计算机集群会更有效率并且节约成本，因为拥有大量核心的处理器可能很贵，而且可能在硬件方面需要特殊的主板。集群模式是Mascot Server的一个标准性能，不需要特殊的软件版本。

• 对于3个或4个CPU的license而言，尽管您可以通过几台单路处理器的PC以较低的总成本实现相同的性能，您也可以选择一台单机配置双路处理器来使得问题简化。
• 对于5个CPU以上的license，一个集群通常是最实际的选择。在集群中的所有机器应该拥有同样速度的处理器。否则，其中速度慢的处理器会成为瓶颈。
• 对于一个大型集群，最好不要在主节点上运行搜库，但是在它上面可以自由运行Web服务器、处理数据库更新和生成结果报告。这样，即使在运行着几个搜库任务的情况下也能确保服务器的响应。
• 由于Mascot 的license是针对固定数量的核心，所以处理器的单线程的性能是最重要的。

点击这里阅读更多关于硬件方面的注意事项，以便在最大限度地提高性能的同时，使成本实现最小化。

使用Mascot发表的优秀文章

在这里，我们列举了一篇近期发表的有趣并且很重要的文章，该文章运用Mascot 进行了蛋白质鉴定、定量及特性分析，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发给我们 一个PDF或URL.

Global ion suppression limits the potential of mass spectrometry based phosphoproteomics

Roland Felix Dreier, Erik Ahrne, Petr Broz, and Alexander Schmidt

J. Proteome Res., Article ASAP, published online November 2, 2018

作者评价了通过LC-MS方法鉴定肽段时，磷酸化修饰对鉴定的影响。他们使用了一种高效的去磷酸化方案，直接对鉴定的磷酸化肽与其对应的未经修饰的磷酸化肽段进行比较。本研究中的样本是在大规模的磷蛋白组学研究中制备产生的，其中包括常见的漏切、较大的丰度差异和常见的污染，而并不是有时使用的标准磷酸化肽段的混合物。

将两种强效磷酸酶(λ-和碱性磷酸酶)混合物加入HeLa S3细胞裂解液并通过TiO 2富集的样品中。磷酸酶混合物在经过1小时的反应后，几乎去除了所有的磷酸化（>99.7%的反应率）。在观察LC-MS色谱图时，他们注意到磷酸酶处理后母离子的信号强度大约提高了10倍。使用标准化的磷酸化蛋白质方法，他们对富集样品中的6,607个磷酸化肽段进行了定量分析。当采用添加磷酸酶处理的方法时，母离子的信号强度大大增强，并且参与定量的肽段数目也提高了2.3倍，达到15,494条肽段。

他们也对沙门氏菌感染巨噬细胞过程中的免疫信号通路进行了研究，结果表明，在蛋白质的互作分析中，这种磷酸酶的作用使蛋白质鉴定的数量增加了一倍。与样品基质相关的离子抑制作用是我们观察到的MS响应/鉴定率降低的主要驱动因素。这使得更多的肽段母离子可经质谱测序，而这些离子在富集样品中初始的磷酸化肽段的几乎完全被抑制。

Mascot 小贴士

Mascot Server的搜库日志是查找现有搜库结果报告的主要方式。有的时候，你可能需要重建结果日志：

• 日志文件丢失或者受损。
• 删除旧的结果文件以节省空间，并且不希望看到它们列在日志中
• 你需要将两个Mascot Server的结果文件合并到一个单一的新系统中，并希望将所有搜库历史记录放在同一个地方。

Mascot中包含一个实用工具，即Mascot/bin目录中的ms-makesearchlog.exe，它可以扫描服务器上的结果文件以创建新的日志文件。理想情况下，这样操作应该是在一个安静的时间，比如周末，可以避免该实用程序正在运行时，丢失正在创建的新的结果文件。

ms-makesearchlog.exe是一个没有参数的命令行工具。它忽略在Mascot.dat文件中定义的路径，并被硬编码以扫描../data/下的结果文件，并在../log/中创建searches.log文件。现有日志文件则被重命名为searches.bak。

如果程序文件在一个位置，但结果文件在另一个位置，那么你可能需要在与data目录相同的层级下，创建log和bin目录，并将可执行文件复制到bin目录。处理完成后，将新的日志文件移动到活动日志目录。

另一个需要注意的是，searches.log需要由Mascot Monitor编写，并由CGI应用程序读取。要么比较旧文件和新文件的权限或者安全性设置，要么使新文件全部可写(Linux下chmod 666命令或windows本地系统组下的完全控制)。

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

请联系康昱盛以获取更多的信息。

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