欢迎

我们希望在本月下旬在德国波茨坦举行的蛋白质组论坛上与你们相会。

可以利用中性丢失来进行一些不稳定修饰的鉴定，例如O-连接糖基化修饰。

本月的特色文章介绍了一种基于珠子从细胞裂解物中提取和鉴定蛋白的新方法。如果您最近也有文章发表并且希望我们列举在下一期的Newsletter中，请发给我们 相关的PDF 或者URL。

本月Mascot小贴士为大家说明如何在请求技术支持帮助时描述问题。

如果您有任何意见或问题，请随时联系我们。

2019蛋白质组学论坛

我们将参加于2019年3月24日至28日在德国波茨坦举行的第13届欧洲蛋白质组学协会年会，本次年会主题是：从基因到蛋白质，以及从它们的相互作用到功能。

欢迎前来并驻足我们展位，与我们交流你的最新研究，或分享你的想法，让我们知道我们应该如何使Mascot变得更好。我们将非常乐意回答您可能对Mascot搜索、配置或应用方面提出的任何问题。

O-链接糖肽：中性丢失来帮忙

由于O-糖苷键要弱于肽段骨架的肽键，所以在经典的MS/MS条件会使其断裂，留下大部分未经修饰的碎片离子。近期一篇文章在来自疟原虫O-岩藻糖化凝血酶致敏蛋白I型重复序列的鉴定中，强调了鉴定这些修饰肽段的困难。

通过正确配置这些修饰中性丢失的定义，O-岩藻糖基化可以很容易地被Mascot 鉴定。如果一个可变修饰有多个中性丢失，软件则会在数据库搜索期间尝试所有可能。选择得分最高的一个报告，其余的被视为卫星峰。

如果您发现在修饰定义中可能缺少中性丢失，例如C-甘露糖化色氨酸修饰120Da (C₄H₈O₄) ，这些很容易在Mascot Server的configuration Editor中被添加进去。

我们展示了Mascot在对一组重组 P. falciparum凝血酶致敏蛋白数据集进行搜库时，如何鉴定这些O-连接糖基化肽的方法。点击这里阅读分析方法的详情。

使用Mascot发表的优秀文章

在这里，我们列举了一篇近期发表的有趣并且很重要的文章，该文章运用Mascot 进行了蛋白质鉴定、定量及特性分析，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发给我们一个PDF或URL。.

Proteomic Sample Preparation through Extraction by Unspecific Adsorption on Silica Beads for ArgC-like Digestion

Yannik Lewin, Moritz Neupartl, Vahid Golghalyani, and Michael Karas

J. Proteome Res., 18 1289−1298 (2019)

作者介绍了一种从细胞裂解物中通过吸附基质抽提蛋白的实验方案（ABP）。该方法使用了非共价固定在顺磁性二氧化硅的颗粒。这使蛋白质样品在苛刻的条件下，如有机溶剂、高盐浓度或低pH值环境中，也可进行修饰和标记。此外，与丙酮沉淀后进行溶液酶解的方法（AP/IS）或者超滤FASP酶解法相比，节省了40%~60%的样品制备时间。而且，蛋白鉴定率也有所增加。

然后，他们将ABP方法与类ArgC酶解的方法结合起来，所谓类ArgC酶解是一种在赖氨酸的丙酰化后使用胰蛋白酶，从而抑制了胰蛋白酶一个酶切位点的方法。由类ArgC酶解法产生的多肽，被鉴定的数目比胰酶酶解的增加了18%。 与胰蛋白酶相比，他们还观察到肽段的漏切情况出现较少，并产生有利于y-离子系列的更干净的二级碎裂，以及对膜蛋白和组蛋白的鉴定率也是相当地高。

Mascot 小贴士

有些软件的问题很容易描述——可能报错信息的全文就是所需的全部内容了。对于Mascot Server而言，你可以从Mascot Server 的error log中复制和粘贴报错信息（errorlog.txt文件在Mascot安装目录的log文件夹里）。如果你在使用一个客户端的软件，并且希望对一个弹出消息框进行提问，您是否知道在消息框处于活动状态时，可以使用ctrl+c将文本能够抓取到windows剪贴板呢？这样通常会比截屏的方式更加有用，而且也更容易通过邮件来发送文本信息。

客户端软件的其他问题可能更难描述。可能需要多个步骤，或者是一张图胜过千言万语的情况。这就是Windows问题步骤记录器（Windows Problem Steps Recorder）非常有用的地方了。这个工具可在Windows 7上使用，但在某种程度上是隐藏的。您可以通过在命令窗口或搜索栏中键入psr.exe启动它。它会记录屏幕上正在发生的事情，并将报告保存在压缩的MHTML文件中，这也是发送电子邮件附件的理想方式。报告自动包括屏幕截图、计时和软件版本。您甚至可以高亮显示屏幕上的区域，并可在执行过程中添加注释。

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

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