欢迎

欢迎参加我们一年一度在ASMS 举办的用户会，今年会议将于6月3日至4日在亚特兰大举行。.

我们对于配置X！Hunter MGF格式的谱图库有一些建议。

本月的特色文章介绍了如何使用Mascot 来鉴定多肽样品中的聚合物污染。如果您最近也有文章发表并且希望我们列举在下一期的Newsletter中，请发给我们 相关的PDF 或者URL。

本月Mascot小贴士为大家说明强化Mascot Server的license有什么好处。

如果您有任何意见或问题，请随时联系我们。

ASMS会议Matrix Science用户会

加入我们的早餐会，了解Mascot为数据库搜索提出的令人振奋的应用解决方案，以及如何充分发挥Mascot作用。

我们的会议是免费参加的，但是需要您提前注册。并且会议提供早餐。

6月3日，周一早7:00-8:00

Database searching in systems without a genome: lessons learned with the California sea lion
报告人：Ben Neely，NIST海洋生物科学研究小组

6月4日，周二早7:00-8:00

A day in the life of a database search engine: Mascot as robust and scalable tool for protein identification in a contract research environment
报告人：Michael Ford，MS Bioworks

使用X!Hunter MGF谱图库格式

Mascot 2.6让您能够使用多种数据格式进行谱图库搜索——例如NIST MSP格式，SpectraST的sptxt格式和X!Hunter MGF格式。X!Hunter库虽然注释的规模最小，但是它提供了200多个独立物种的谱图库，从豚鼠和牛到布鲁氏菌和志贺氏菌。

您可以很容易地使用Mascot Server的Database manager来设置单个文件的谱图库，比如我们以M. tuberculosis H37Rv 为例构建了 MGF谱图库。全细胞裂解物样品数据搜索M. tuberculosis 谱图库，在65,878个条目中得到共17,444个匹配结果。然而，我们选择使用更严格的过滤条件来提高置信度，并将其降至1,641个可靠的肽段匹配，并且映射到256个蛋白家族。

如果您希望使用人类或者小鼠的谱图库，这些文件通常是以染色体形式组织的，因此大约可能需要下载约20个独立文件。要利用这些文件进行搜库，需要将它们连接到一个谱图库文件中；否则，就需要以单个文件相同的处理方法来配置了。

点击这里阅读关于如何设置X!Hunter MGF谱图库的详情。

使用Mascot发表的优秀文章

在这里，我们列举了一篇近期发表的有趣并且很重要的文章，该文章运用Mascot 进行了蛋白质鉴定、定量及特性分析，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发给我们 一个PDF或URL。

Identification of Poly(ethylene glycol) and Poly(ethylene glycol)-Based Detergents Using Peptide Search Engines

Shiva Ahmadi and Dominic Winter

Anal. Chem., 90 6594-6600 (2018)

作者开发了一种检测和鉴别在许多蛋白质样品中常见的，给人带来麻烦的聚乙二醇(PEG)污染物的方法。该方法是通过多肽搜索引擎，利用人工定义氨基酸结合一个定制的数据库，来鉴定PEG和基于PEG的洗涤剂。

字母J被定义为人工氨基酸C2H4O，表示一个单位的乙二醇单体。在设计一个PEG数据库时，包含了1个到100个聚合的PEG分子。由于PEG洗涤剂是一系列的聚合物，所以将J进行可变修饰，分别对应到一些常见的洗涤剂，如 Tergitol, Tween20, Tween80, Triton X-100, Triton X-114, Brij35和 Brij58。

他们对B104细胞分泌蛋白质组中受污染的胶内酶解组分进行了LC-MS分析，对4种聚乙二醇产生的806个聚乙二醇谱图进行了鉴定。使用error tolerant 和mass tolerant search方法分别鉴定出3409和3187张与PEG相关的MS/MS谱。

Mascot 小贴士

在同一个实验室拥有多个Mascot Server的license是个很常见的事。可能它们是来自不同的仪器搭载的，或者是由于实验室重组的结果。在大多数情况下，将license合并成一个单个的、较大权限的license具有非常实际的好处：

• 对于单个搜库任务能够获得更快的速度。
• 只需管理一台服务器，并且在保持一份软件的更新和序列数据库的更新。
• 所有的搜库结果都在一个地方保存。

如果一个实验室有多个用户组，他们需要使自己的数据库或者搜库结果有一定程度的保密，那么他们可以通过设置 Mascot security 来实现这个要求。

强化license最大的优势在于，你可以节省开支。一个2 CPU的license要比买两个1 CPU的license稍微便宜一些，按年付费的技术支持或版本更新的费用也同样如此。我们不会对产生一个合并的license收取费用，但是要注意这几个license应该是在同一个版本下的，如果一个是早一些的版本，那么你需要先付费升级这个原先的旧版本。另外一个要注意的要求是你需要有个合适的硬件。要么是一台具有足够核心的计算机，要么是具有相同硬件配置的计算机组成集群模式。

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

请联系康昱盛以获取更多的信息。

Matrix Science Ltd, 64 Baker Street, London W1U 7GB, UK
T +44 (0)20 7486 1050  F +44 (0)20 7224 1344  E info@matrixscience.com