欢迎

我们很高兴在亚特兰大举办的ASMS会议上与大家见面。如果您当时没能参加我们的早餐会，我们也准备了Matrix Science两份报告的摘要提供给您。

本月Mascot小贴士重点突出了一些仅仅在定量方法配置中才能体现的Mascot Server功能特点。

如果您有任何意见或问题，请随时 联系我们 。

元蛋白质组学与Mascot Server

研究如泥炭沼泽、海水或胃系统内这类复杂样本中的微生物群落，为蛋白质的鉴定带来了新的挑战。

• 没有办法知道样品中所有微生物的种类
• 大多数微生物没有参考基因组
• 许多物种之间非常相似，所以很难对它们进行分类
• 由于许多物种之间多肽的同源性，导致嵌合谱图十分常见。

通过一组人类肠道数据集，我们探索出了一种从数据中获取最大信息量的策略。第一步是使用公共数据库和关于微生物环境的基本知识来建立一个合适的数据库。然后我们加入了来自匹配的元基因组中的条目。重要的是，搜库时应包含宿主生物（如果合适的话）以及污染物库，但同时保持search space尽可能小。

在PSM控制在1%FDR的一组搜库结果示例中，我们鉴定到了5059个肽谱匹配，共1357个蛋白。大约三分之一的匹配，能够匹配到元基因组中。

点击这里 阅读关于搜库参数、搜库流程和结果如何进行物种筛选的详细信息。

Middle-Down searching

由一些酶，如Lys-C或者Asp-N酶解产生的较大的多肽，对其进行搜库时，可能会减少蛋白推断的难题，以及更可靠的蛋白变体的匹配。样品处理通常比bottom-up更复杂(尽管比top-down容易)，您需要确保数据库和搜索条件的设置是正确的。

对于更长的多肽，可能需要在谱图处理中调整的参数是母离子和二级碎裂离子的电荷价态。你还可能希望通过对谱峰进行de-charge，使之输出MH+的值，并且构建一个新的仪器定义以便只看那些带单电荷的碎片离子。

我们从两个细胞株，一个癌前细胞系和一个乳腺癌细胞系中测试了一个由组蛋白H4组成的middle-down数据集。这是对细胞处于S期和G2/M期时所采集的样品进行的封闭和释放实验。

在这两个细胞系中，我们发现了229种蛋白变体，其中包括异步期的数据集中有127种不同的可能的蛋白变体，178种在S期，169种在G2/M期。

点击这里 阅读关于如何使用middle-down的方法在蛋白变体鉴定中得到更高的可信度。

Mascot 小贴士

有一些Mascot Server的功能特性只有通过定量方法才能被启用或者配置。这些可能是有用的，即使你不一定打算使用Mascot进行定量。要查看下面提到的示例或配置您自己的方法，请在你自己本地的Mascot Server主页上单击“Configuration Editor”链接。

排他性修饰（Exclusive modifications）：这是一个给定的肽段可以携带一组或另外一组修饰，但不会出现混合修饰的方法。Dimethylation [MD]就是一个很好的例子。一种肽可能在任意K和它的N端被Dimethyl修饰。另一些肽可能在K和N端被Dimethyl:2H(4)修饰。但是，你永远不会看到含有未修饰的K或N端的肽，也不会看到轻和重修饰的混合物。注意，该方法还必须将constrain search设置为true。否则，搜索过程中会将排他性修改视为可变修饰，并且仅在定量过程中应用排他修饰的数据过滤。

两种修饰在同一个位点上：Mascot Server 2.4及之后的版本，可变修饰可以在定量方法中加入到exclusive modification定义中。这通常在SILAC定量中非常有用，可以避免对组合修饰的定义，例如标记：13C（6）+Acetyl。搜库参数必须包含MULTI_SITE_MODS=1，除非您使用Mascot Daemon或Mascot Distiller提交搜库，否则必须将其添加到MGF谱峰列表的顶部。

稳定同位素标记：如果你需要匹配已经被代谢标记的肽，这只能用定量的方法来定义。一个双重标记的例子，具体查看15N+13C Metabolic [MD]。

有关所有这些功能的更多信息，请参见 这篇推文 和 定量方法配置的帮助主页。

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

请联系康昱盛以获取更多的信息。

Matrix Science Ltd, 64 Baker Street, London W1U 7GB, UK
T +44 (0)20 7486 1050  F +44 (0)20 7224 1344  E info@matrixscience.com