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我们为您提供了针对在 Proteome Discoverer软件中的Mascot Server节点设置经验小贴士。

本月的特色文章阐述了峰强度如何提供比峰面积更精准的定量结果。如果您在近期有发表文章，并且希望列举在下一期的Newsletter中，请将相关的PDF文档或URL链接发给我们。

本月Mascot小贴士阐述了与修饰相关的几种中性丢失类型。

如果您有任何意见或问题，请随时联系我们。

Mascot Server在Proteome Discoverer的工作流

如果您使用Thermo公司的Proteome Discoverer (PD)作为搜库的首选用户界面，我们给出如下小贴士和经验供参考：

• 谱峰列表大小：
  PD会把大型谱峰列表拆分后进行搜库，而后又把结果合并在一起。如果您希望通过Mascot报告查看搜库结果，以及执行重复搜库，您仍然可以通过建立合并结果报告的方式实现(详情见2017年五月的newsletter)。
   
• 功能缺失：
  PD Mascot节点并不完全支持某些Mascot Server 2.6的功能，比如对嵌合谱图中多种母离子分子量的分析，error tolerant search以及对Fasta文件与谱图库的联合搜库。如果需要对PD处理过的数据实现这些功能，通过Mascot Server 的search log查看结果并再进行一次搜库即可。
   
• Target Decoy PSM Validator
  对于大规模搜库，比如非酶解样品的搜库，加入了多个可变修饰的搜库或者超大型数据库搜库，PD中的Target Decoy PSM Validator的评估可能会显得太过保守。此时使用Percolator节点会有利于提高灵敏度。

点击这里阅读更多关于Mascot Server在PD中工作的技巧和经验。

使用Mascot发表的优秀文章

在这里，我们列举了一篇近期发表的有趣并且很重要的文章，该文章运用Mascot 进行了蛋白质鉴定、定量及特性分析，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发给我们 一个PDF或URL。

Sum of peak intensities outperforms peak area integration in iTRAQ protein expression measurement by LC-MS/MS using a TripleTOF 5600+ platform

Bastien Burat, Julien Gonzalez, Francois-Ludovic Sauvage, Hassan Aouad, Helene Arnion, Emilie Pinault, Pierre Marquet and Marie Essig

Bioscience Reports, 39(6) BSR20190904 (2019)

通过4-plex iTRAQ实验对肾近端小管细胞的钙调磷酸酶抑制的分析中，文章作者比较研究了峰面积定量和峰强度两种定量方法的精准性。他们开发了一种称为Customizable iTRAQ Ratio Calculator (CiR-C)的数据自动化处理算法，用于优化与肽段可信度和选择性相关的关键性参数。

数据处理流程包括Mascot Server对肽段和蛋白的鉴定，jTRAQx软件在肽段水平对峰强度进行加和计算以及CiR-C算法对数据整合，并最终在蛋白水平进行定量。与基于峰面积的处理流程比较，峰强度加和方法与Western blot定量的线性相关性更好。

Mascot 小贴士

Mascot对一些修饰的特征性中性丢失的定义，是依据Unimod数据库的条目所编辑的。 按照规则，在Unimod中创建或编辑条目时，您必须选中中性丢失类型为“打分”的选项。下面简要介绍中性丢失的四种类型：

• 打分：串联质谱二级打碎产生的中性丢失，伴随而生的碎片离子可以进行打分，比如磷酸化肽段常见的y-98或b-98离子。类似的离子可能会产生多达十种。搜库的时候，Mascot会对中性丢失进行迭代地打分。获得最高得分的离子会被选中，其他中性丢失离子则被看作卫星离子。
   
  特定中性丢失的发生与否可能与离子化方法有关。非常温和的离子化会保留更完整的修饰基团，而高能的碎裂方式会导致修饰基团的部分或完全丢失。此时可作零中性丢失处理（Composition选项保持空白）。
   
• 卫星离子：那些看作卫星离子的中性丢失离子将不会被纳入打分。如果一个峰被归属为卫星离子，则此峰不会再被看作噪音峰，谱图的得分会相应地被提高。目前Unimod中的所有标准修饰均未涉及卫星离子。
   
• 肽段：来自完整肽段母离子的中性丢失。此种离子匹配到后将不会被打分系统看作噪音离子。
   
• 必需肽段：在谱图中必须出现的肽段中性丢失。此中设定会有些风险。有可能匹配良好的谱图也被否定，仅仅因为此种中性丢失离子没找到。

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

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