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在分析宏蛋白组学数据时，容易遇到大量共享肽段。我们可以尝试聚类算法简化这类问题。

本月的特色文章展示了一种检测突触蛋白修饰间串扰关系的新方法。如果您在近期有发表文章，并且希望列举在下一期的Newsletter中，请将相关的PDF文档或URL链接给我们。

本月Mascot小贴士阐述了在Mascot搜库时，如何用一种可变修饰替代固定修饰。

如果您有任何意见或问题，请随时联系我们。

复杂样品中共享肽段的利用

在进行宏蛋白组学研究或分析环境样品时，由于样品成分极其复杂，蛋白种类鉴定面临着巨大的挑战。不同物种的蛋白无法在前处理时进行分离，所以只能对混合的蛋白组采用鸟枪法测序。

比较常见的情况是一张质谱图匹配到相似的两个不同蛋白序列。在进行宏蛋白组研究时这种现象尤其多见，因为所有的序列数据库都是近似或不完全的。另外，样品中有可能含有大量相似菌株或相近的物种，这意味着共享肽段在样本数据中本来就是客观存在的。

这类问题解决的关键是用蛋白聚类算法处理所有可能的肽段匹配并推断蛋白归属。在Mascot结果报告的Protein Family Summary模块里，首先基于共享肽段对蛋白进行了聚类，并且保证蛋白家族里所有关键蛋白均有至少一个显著性匹配的Unique肽段。这样，您可以看到来自不同物种的同源蛋白被放在一起进行展示。

在一项人类肠道菌群的研究中，我们展示了聚类算法是如何帮助解析这些复杂样品数据的。点击这里可以阅读详细内容。

使用Mascot发表的优秀文章

在这里，我们列举了一篇近期发表的有趣并且很重要的文章，该文章运用Mascot 进行了蛋白质鉴定、定量及特性分析，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发给我们 一个PDF或URL。

Stress-induced Changes in the S-palmitoylation and S-nitrosylation of Synaptic Proteins

Monika Zareba-Koziol, Anna Bartkowiak-Kaczmarek, Izabela Figiel, Adam Krzystyniak, Tomasz Wojtowicz, Monika Bijata, and Jakub Wlodarczyk

Molecular & Cellular Proteomics, 18 1916-1938 (2019)

本文作者开发了一种研究不同压力处理下突触蛋白翻译后修饰变化的新方法。值得一提的是，他们检测了S-棕榈酰化和S-亚硝基化作用之间的Crosstalk。因为这些翻译后修饰含量的失衡与波动变化与很多神经退行性疾病有关，包括阿兹海默症，亨廷顿综合症，精神分裂症和帕金森症。

他们的方法即PANIMoni (Palmitoylation And Nitrosylation Interplay Monitoring) 操作步骤包括使用羟胺（检测棕榈酸酰化）或抗异坏血酸盐（检测亚硝基化）选择性还原突触蛋白，生物素标记新形成的自由巯基位点，胰蛋白酶酶解，亲和富集，LC-MS/MS数据采集和蛋白定性分析，非标记定量分析等。

他们在465种蛋白中鉴定出了813个S-棕榈酸酰化半胱氨酸位点，同时在360中蛋白中鉴定出了620个S-亚硝基化半胱氨酸修饰位点。其中，122个修饰位点的比例在压力处理的小鼠模型中存在显著性差异。结果表明，棕榈酸酰化和亚硝基化之间的Crosstalk与受体调节，蛋白折叠，蛋白调控和细胞骨架构成有关。

Mascot 小贴士

本月的小贴士是一个很小的知识点，但也是在我们的技术支持中被反复被用户提及的一个问题。

标准的Mascot搜库通常只涉及单一固定修饰。比如，您可以添加半胱氨酸上Carbamidomethyl (C)或Propionamide (C)为固定修饰，但是不可在一次搜库中同时添加这两种固定修饰。也许您的实验设计是所有半胱氨酸总是被其中一种试剂修饰，不存在未被修饰的情况。如果是这样的话，您可以选择其中一种为固定修饰，另一种为可变修饰。其中的规则是这样的：可变修饰可以取代固定修饰的位置。这样一来可以尽量地减小search space，因为未修饰的Cys是不被考虑的。如果一个肽段有多个半胱氨酸，Mascot会考虑所有不同的修饰组合，不仅仅是全被Carbamidomethyl 或Propionamide修饰的情况。

需要对修饰灵活设置的最常见情形是做同位素标记定量研究时，定量方法参数有时需要特殊设置。详细信息可以参考2019年06月的newsletter。

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

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