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在蛋白组学实验中，二乙基化标记定量法具有二甲化标记定量法的所有优点，但没有氘效应。

本月的特色文章展示了一种解决先前难以处理的蛋白质聚合物的新方法。如果您在近期有发表文章，并且希望列举在下一期的Newsletter中，请将相关的PDF文档或URL链接PDF文档或URL链接发给我们。

本月Mascot小贴士阐述了当需要对Mascot Server进行Windows系统迁移时，用户可以从哪里获取帮助。

如果您有任何意见或问题，请随时联系我们。

二乙基化，二甲基化与氘效应

3标-二甲基化标记法使用轻、中、重标的二甲基化试剂，对N-末端和赖氨酸进行标记，但“氘效应”使分析变得复杂化。“氘效应”表现为，被不同数量的氘标记的肽段，即轻、中、重标肽段之间存在保留时间漂移。Mascot Distiller可以兼容并校正“氘效应”，即允许洗脱时间在规定的窗口内漂移，并对检测到的谱峰保留时间进行对齐。但是这样做的缺点是增加了数据处理时间，并且有可能谱峰对齐失败。尤其是当一个或多个XIC峰很弱或有噪音信号时，谱峰对齐失败的可能性更大。

二乙基化是一种新的三重标记定量法，可以避免氘对保留时间的影响。使用时，需要先将这个新方法添加到Mascot Server，这个非常容易实现。“轻标”二乙基修饰默认包含在Unimod中，但其中不包含“中标”和“重标”修饰，因此您需要将“中标”和“重标”修饰添加到您Unimod本地副本中。然后您就可以在Mascot Server的Configuration Editor中定义二乙基化标记定量方法。

使用PRIDE数据库的数据集对这些方法进行的比较研究，二乙基化标记定量比二甲化标记定量效果好很多。这两种方法给出的比值的中位数都非常接近预期的比例，但使用二乙基化可以定量更多肽，同时定量准确度也更好。

点击这里，具体了解如何在您的Mascot Server上实现二乙基化定量分析。

使用Mascot发表的优秀文章

在这里，我们列举了一篇近期发表的有趣并且很重要的文章，该文章运用Mascot 进行了蛋白质鉴定、定量及特性分析，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发给我们 一个PDF或URL。

An Ionic Liquid-Based Sample Preparation Method for Next-Stage Aggregate Proteomic Analysis

Masato Taoka, Koji Horita, Takahiro Takekiyo, Takamasa Uekita, Yukihiro Yoshimura, and Tohru Ichimura

Analytical Chemistry 91 13494-13500 (2019)

本文作者介绍了一种使用离子溶液溶解和分析蛋白聚体的新方法。该领域之前的研究都需要很大的样本量，同时需要复杂且费力的样本处理流程。

以加热的蛋清为实验材料，他们用1-丁基-3-甲基咪唑硫氰酸盐/NaOH的混合物溶解聚集的蛋白质。此方法仅用时10分钟就能使蛋清蛋白完全溶解。在消化蛋白前，他们进行了进一步的样品清理，即将蛋白质浓缩到反相载体上，并用缓冲洗涤去除污染物。LC-MS/MS分析表明，该方法可获得79个多肽和8个蛋白质，与只能获得10-20个多肽和1-3个蛋白的SDS、尿素、甲酸等标准方法相比有了很大突破。

作者将他们的技术应用于线虫模型，该动物模型在衰老过程中会发生蛋白质聚集。应用甲酸溶解法只能鉴定出26种蛋白，而离子溶液法鉴定出了176中蛋白，其中还包括更多的跨膜蛋白。

Mascot 小贴士

2020年1月14日，即Windows 7和Server 2008的寿终正寝的日子，正在迅速到来。许多Windows版Mascot Server 用户将需要把他们的软件迁移到Windows 10系统。点击这里可以查看详细的迁移操作步骤。国内用户请联系上海康昱盛信息科技有限公司，获得技术支持。

迁移安装Mascot Server的关键步骤之一是启用和配置IIS，即Microsoft的web服务器。如果您运行的是旧版本的Mascot，则在安装手册中找不到最新版本Windows IIS配置的屏幕截图。为了解决这个问题，我们在网站的技术支持材料中添加了一个对应Windows 10系统IIS配置页面的屏幕截图。

在安装Perl或Mascot之前，必须正确配置IIS。因为如果安装Mascot Server后再修改其配置，可能会非常麻烦。

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

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