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Mascot Server 2.7新版本现在已经发布了，如果您的Server在技术支持的质保期内，您可通过注册邮箱查看我们发送的免费升级序列号和新版本安装包。如果您确定您应该收到升级信息但目前并未收到我们的邮件，请首先在垃圾邮件中查找。如果仍然未查收到邮件，或者需要我们协助升级，请联系上海康昱盛的技术支持部门。

本期我们为您提供了一些关于蛋白质组学工作流的长期可重复性问题的建议，可能对您有所帮助。

本月的特色文章中表明离子淌度这一维度的加入可以提高组蛋白的蛋白亚型的序列覆盖率。如果您在近期有发表文章，并且希望列举在下一期的Newsletter中，请将相关的PDF文档或URL链接发给我们。

本月Mascot小贴士是关于Mascot Server如何处理谱图库搜索中修饰的非标准化名称。

如果您有任何意见或问题，请随时联系我们。

你的数据库搜索是可重现的吗？

仪器和流程的变化通常是蛋白质组学工作流重现性差的主要环节，但是数据分析也是其中一个至关重要的一环。特别是，记录所有软件使用参数并且确保软件在同样的数据输入和参数设置下产出同样的输出，这两点非常重要。

为了优化数据分析的可重现性，Mascot Server会自动将描述搜库条件的完整元数据记录到结果文件中。包括了搜库参数，谱峰处理的条件，文件路径，版本，定义，规则，定量方法以及输入谱峰列表。但是有一点，结果文件不储存蛋白的序列fasta。如果储存的话，会造成结果文件非常大，同时会产生严重的存储问题。

最后你需要在软件版本之间有一个高度的兼容性。重要的是，更新到新版本并且重复搜索不应该对结果产生重大影响。有些时候，由于修复bug可能会产生一些变化，但是当我们引入新功能时，我们应该尝试包含一个机制来覆盖或禁用新的操作。

点击这里，了解关于影响你实验室工作重复性的详细信息。

使用Mascot发表的优秀文章

在这里，我们列举了一篇近期发表的有趣并且很重要的文章，该文章运用Mascot 进行了蛋白质鉴定、定量及特性分析，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发给我们一个PDF或URL。

Middle-Down Proteomic Analyses with Ion Mobility Separations of Endogenous Isomeric Proteoforms

Pavel V. Shliaha, Vladimir Gorshkov, Sergey I. Kovalchuk, Veit Schwammle, Matthew A. Baird, Alexandre A. Shvartsburg, and Ole N. Jensen

Analytical Chemistry 92 2364-8 (2020)

作者使用高场非对称波形离子迁移谱（FAIMS）来增强组蛋白中复杂蛋白质亚型的分离。结构和异构体的多样性是由于在其他一些候选位点上存在大量甲基化、乙酰化、磷酸化等翻译后修饰。传统的LC分离不足以分离仅仅是修饰位点不同的翻译后修饰蛋白亚型。

从小鼠的胚胎干细胞分离出来组蛋白，并用LC纯化出H3家族。组蛋白尾部被Glu-C切断，并通过LC-[FAIMS]MS/MS采用ETD进行分析，并通过Mascot使用 MS_HistoneDB数据库进行搜索鉴定。质谱在FAIMS 9种不同增加电压下，分别重复采集，整个分析（包括柱平衡）大约30小时。与没有FAIMS的LC-MS/MS采集得到的200种亚型相比，作者发现了共526种N末端蛋白型。

Mascot小贴士

一些谱图库文件包含了非标准化的修饰名称，意味着Mascot的多肽结果报告视图中不能以碎片质量数列表或者谱图标签注释的形式来展示这样的结果。在Mascot Server2.7中，我们引入了一个叫做library_mod_aliases的新的configuration file，它包含在谱图库文件和Unimod修饰名称中找到的二者名称之间的映射关系。

语法是name_used_in_library_file = Unimod_name. 任何一个数据库中的任一修饰，如果有左边显示的名称，则将被替换为右边的名称，然后保存到.nist_format文件中，由MSPepSearch使用。目前还没有一个基于浏览器的library_mod_aliases编辑器；您必须使用文本编辑器。

在安装时，文件中填充了一些常见的示例，这些示例在PRIDE和NIST库中找到，但是如果您进行大量的谱图库搜索，您可能将不得不添加新的条目。PRIDE数据库越来越多地使用质量值来注释条目，而不是以修饰的名称。这是一种倒退，因为四舍五入的错误会导致错误的修饰。例如，在PRIDE_Contaminants中， Nethylmaleimide有时表示为125.047678，有时表示为125.047679。

您可以通过查看Database Status页面中的统计链接来查看哪些名称被识别，哪些名称不被识别。右图所示是从PRIDE_Contaminants数据库的统计文件中摘录的部分信息。带有箭头的项表示已映射到Unimod名称，而没有箭头的项则未得到映射。如果这些是非unimod名称，例如37.006603，在peptide view中将不会有这个碎片质量信息。

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

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