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由于疫情因素现在许多人不得不在家工作，本期我们重点介绍了Mascot软件工具如何协助从远程进行数据分析。

本月的重点文章介绍了一种鸟枪法蛋白质组学方法，用于来监测SARS-CoV-2感染细胞的病毒产生。如果您在近期有发表文章，并且希望列举在下一期的Newsletter中，请将相关的PDF文档或URL链接发给我们。

本月的Mascot小贴士是关于Mascot服务器远程协助的方法。

如果您有任何意见或问题，请随时联系我们。

使用Mascot Server 远程工作

由于其客户端-服务器架构，您可以在家中随时访问Mascot Server，并继续分析和查询您的数据。Distiller和Daemon不仅可以远程使用，还可以在您的本地电脑上运行。

第一步是以安全的方式通过您电脑的防火墙进行连接，也可以使用VPN或SSH连接上进行端口转发。对于Mascot Server，你只需要连接到80端口（HTTP）或443端口（HTTPS）。你可能需要用主机名进行尝试。虽然在实验室里，仅仅使用机器名可能就足够了，但你可能需要完整的标准化名称来进行远程访问（mascot-pc.myorganisation.org，而不是仅仅是mascot-pc）。

对于Distiller和Daemon，如果它们安装在实验室或办公室计算机上，则可以使用Microsoft远程桌面连接来控制电脑并正常使用应用程序(远程桌面连接默认使用端口3389)。如果在本地Windows电脑上安装了Distiller或Daemon，您可能需要更改应用程序中的Mascot URL，以便将搜索提交到远程Mascot Server。

点击这里，阅读更多详情。

使用Mascot发表的优秀文章

在这里，我们列举了一篇近期发表的有趣并且很重要的文章，该文章运用Mascot 进行了蛋白质鉴定、定量及特性分析，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发给我们一个PDF或URL。

Shotgun proteomics of SARS-CoV-2 infected cells and its application to the optimisation of whole viral particle antigen production for vaccines

Lucia Grenga, Fabrice Gallais, Olivier Pible, Jean-Charles Gaillard, Duarte Gouveia, Helene Batina, Niza Bazaline, Sylvie Ruat, Karen Culotta, Guylaine Miotello, Stephanie Debroas, Marie-Anne Roncato, Gerard Steinmetz, Charlotte Foissard, Anne Desplan, Beatrice Alpha-Bazin, Christine Almunia, Fabienne Gas, Laurent Bellanger, Jean Armengaud

bioRxiv doi: 10.1101/2020.04.17.046193

作者开发了一种鸟枪法蛋白组学工作流程来指导病毒扩增条件的优化。他们还分析了感染后的宿主细胞蛋白质组，概述了病毒调控的生物学过程。

Vero E6细胞在两个感染水平上感染SARS-CoV-2，并用串联质谱法监测几天的感染动力学。鉴定到了3220种Vero细胞蛋白和6种SARS-CoV-2蛋白。在鉴定出的病毒蛋白中，3种为结构蛋白，3种为非结构蛋白。

为了评估LC-MS/MS所获得的病毒图谱在多大程度上反映了病毒的产生，他们在相对应的时间点通过定量PCR分析检测了SARS-CoV-2 病毒的RNA分子。蛋白质水平的改变反映了SARS-CoV-2病毒 RNA分子数量的变化，证实用label-free定量的LC-MS/MS方法可以用于监测SARS-CoV-2病毒感染动力学。

Mascot 小贴士

我们希望将Mascot Server的每个方面都记录在我们的帮助页面中。不过我们也认识到，查找最相关的信息可能是一个挑战。

首先要澄清的是，您的本地Mascot Server上的帮助页面是我们的公共网站上的帮助页面的快照，是在软件发布时拍摄的。如果您运行的是旧版本的Mascot Server，那么本地帮助页面将缺少最新的更新，这对于序列数据库信息尤其重要，因为诸如下载URL之类的内容经常更改。此外，本地页面是我们的公共网站上的页面的子页面。其中许多包含教程和技巧(如本文!) 的Blog文章和newsletters都不存在了。

也就是说，通常情况下，搜索我们的官网上的页面更方便。在每个页面的右上方有一个关键词搜索栏，但我们不得不承认，这并不是最复杂的工具。除非你能想到一个非常具体的词，否则它可能会返回一长串页面，其中很多页面的相关性并不高。例如，如果你想了解Protein FDR是如何计算或报告的，除了Protein FDR之外，你还能搜索到什么？这样会搜到119个匹配结果，而最上面的匹配是2014年的用户会议报告，其中包含了这两个词，但在不同的页面上。

将搜索词放到双引号中可以改善情况，将匹配数减少到39个，但这只有在你确信相关页面将包含准确完整的字符串时才有效。例如，"Protein FDR"将无法匹配蛋白质和肽FDR。另一种方法是使用Google。搜索site:matrixscience.com protein fdr会很快让你找到最相关的页面。你还可以利用Google的高级搜索功能，比如按关键字排除页面，或者寻找最近更新的页面。对于中国用户来说，建议直接联系康昱盛以获得技术支持。

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

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