欢迎

我们改进了Mascot Server中对可变修饰的处理方式，从而实现对搜库速度和深度的优化。

本月的重点文章介绍了一种特殊修饰的发现，该修饰会诱导整个蛋白质组范围的功能紊乱。如果您近期有发表文章，并且希望列举在下一期的Newsletter中，请将相关的PDF文档或URL链接发给我们。

本月的Mascot小贴士是关于Mascot Server技术支持和软件更新的提醒。

如果您有任何意见或问题，请随时联系我们。

可变修饰—搜索的深度和速度

我们在Mascot Server 2.7中做了一些优化，使您现在可以更灵活地处理可变修饰。根据你的样本、数据和问题，可以使用新的参数来提高搜库速度或增加覆盖深度。

这三个参数都有默认值，可以提供类似Mascot 2.6和更早版本的结果，但是您可以根据你的实验调整这些值：

• 每个肽段的最大可变修饰数量
• 每个肽段的最多可被修饰的残基数量
• 一组可变修饰的最大排列组合数量

我们有两个例子来说明这些参数的效果。第一个是对经过轻微修饰的样本进行error -tolerant搜索， 该样本是一个小鼠label-free蛋白质组数据集的一部分，有20,000 MS/MS谱。与Mascot 2.6相比，使用更严格修饰参数设置，我们能够在保证结果的同时将搜索时间减少35％。

另一个应用案例中，我们使用了一个中等大小的人类组蛋白H4数据集，这项研究观察了整个细胞周期中N-末端23个残基的修饰模式的变化。调整参数不仅使我们能够鉴定更多的proteoform，而且还可以得到更可信的修饰位点定位。

请点击这里阅读详细信息。

使用Mascot发表的优秀文章

在这里，我们列举了一篇近期发表的有趣并且很重要的文章，该文章运用Mascot 进行了蛋白质鉴定、定量及特性分析，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发给我们一个PDF或URL。

Molecular Stressors Engender Protein Connectivity Dysfunction through Aberrant N-Glycosylation of a Chaperone

Pengrong Yan, Hardik J. Patel, Sahil Sharma, Adriana Corben, Tai Wang, Palak Panchal, Chenghua Yang, Weilin Sun, Thais L. Araujo, Anna Rodina, Suhasini Joshi, Kenneth Robzyk, Srinivasa Gandu, Julie R. White, Elisa de Stanchina, Shanu Modi, Yelena Y. Janjigian, Elizabeth G. Hill, Bei Liu, Hediye Erdjument-Bromage, Thomas A. Neubert, Nanette L.S. Que, Zihai Li, Daniel T. Gewirth, Tony Taldone, and Gabriela Chiosis

Cell Reports 31(13), 107840, (June 30, 2020)

作者采用了多种实验技术来研究分子伴侣蛋白GRP94在压力诱导下N-糖基化引起的蛋白结构和功能变化。

使用非变性以及SDS-PAGE，siRNA敲减，酶切去糖基化，CRISPR / Cas9介导的突变体和敲除，通过流式细胞仪进行细胞活性分析，PK / PD /毒理学研究以及使用LC-MS /MS鉴定N-糖基化位点，他们证明了N-糖基化将GRP94从折叠蛋白转变为支架蛋白。

这种N -糖基化的特异性增加促使蛋白质空间结构的改变，使之能够与质膜上癌蛋白持久相互作用。作者还表明，使用小分子嘌呤化合物可以选择性抑制这种异常形式的形成，预示了一种潜在的治疗方式。

Mascot 小贴士

当Mascot Server license的授权或年度支持到期时，我们会通过电子邮件将续约邀请发送给注册联系人。我们怀疑，在过去几个月的混乱中，很多这样的提醒会被忽略。如果您想查看支持状态，只需将Database Status页面顶部显示的产品密钥通过电子邮件发送至support@matrixscience.com

Database Status页面还显示软件版本。对于还在维保期内或授权期限内的license，当有新版本的Mascot Server发行时，我们会自动通过电子邮件发送更新密钥和下载链接。对于2.7，已经在今年1月30日将电子邮件发送给了注册联系人。如果您正在运行早期版本，并且怀疑您的更新电子邮件被忽略了，请联系support@matrixscience.com

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

请联系康昱盛以获取更多的信息。

Matrix Science Ltd, 64 Baker Street, London W1U 7GB, UK
T +44 (0)20 7486 1050  F +44 (0)20 7224 1344  E info@matrixscience.com