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我们打算办一个de novo测序竞赛充实一下你的假期，活跃一下脑细胞。单条肽段的二级质谱可以以MGF谱峰列表文件在这里下载。肽段可以发生修饰，但是不要假设它是胰蛋白酶酶解的哦。

你可以用任何你喜欢的方式解出这个序列，不过我们之前在10月的博客文章中讲过如何使用Mascot Distiller的方法可以供你参考。请在格林尼治时间12月24日中午12点之前将您的解决方案发送至newsletter@matrixscience.com。从完全正确的答案中，我们将选出三名优胜者。我们将向 世卫组织COVID-19应对基金捐赠100美元，获奖者名单将在我们明年1月份的newsletter中列入荣誉名单(除非你的参赛作品表明你希望匿名参与)。

本期内容我们有一些关于序列数据库管理的提示和技巧。

本期的特色文章提出了一个新方法，用于多肽和蛋白质的ADP-核糖基化的鉴定和位点确定。如果您在近期有发表的文章，并且希望列举在下一期的Newsletter中，请将相关的PDF文档或URL链接发给我们。

本月的Mascot小贴士一篇关于数据库检索的实用技巧的综述论文。

如果您有任何意见或问题，请随时联系我们。

数据库管理的细节

虽然数据库搜索主要输入的只是序列数据库和质谱数据，但有时会出现一些常见的问题，导致搜库没那么顺利。以下是一些如何将它们对你工作的影响最小化的建议。

• 新的数据库在测试搜索中可能会超时——在configuration editor中增加MonitorTestTimeout的设置。
• 如果你的研究对象是非实验室物种，比如家畜，我们建议使用Uniprot蛋白质组模板建立一个自定义蛋白质组数据库。
• 在新的数据库上线后，如果您看到一个错误报告说查询号（accession）超过50个字符，请返回数据库中configuration detail这里的设置并选择一个更好的解析规则。
• 单个序列的长度有一个软限制，如果超过了默认值，就会看到错误。编辑MaxSequenceLen选项。
• 当搜索核酸数据库时，Mascot Server会在运行中执行六框读码的翻译方式。有些第三方软件客户端不支持核酸数据库搜索，所以需要使用web浏览器递交搜库任务或Mascot Daemon提交搜索。

点击这里阅读更多关于这些和其他技巧的细节。

使用Mascot发表的优秀文章

在这里，我们列举了一篇近期发表的有趣并且很重要的文章，该文章运用Mascot 进行了蛋白质鉴定、定量及特性分析，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发给我们一个PDF或URL。

Gas-Phase Fragmentation of ADP-Ribosylated Peptides: Arginine-Specific Side-Chain Losses and Their Implication in Database Searches

Peter M. Gehrig, Kathrin Nowak, Christian Panse, Mario Leutert, Jonas Grossmann, Ralph Schlapbach, and Michael O. Hottiger

Journal of the American Society for Mass Spectrometry published online November 3, 2020

ADP-核糖基化肽段的修饰和位点定位由于修饰肽的不稳定性和大量可能的氨基酸受体位点，很难对其鉴定。作者使用了取自HeLa细胞和野生型小鼠骨骼肌组织的样本，胰酶消化并富集了ADP-核糖体结合宏观结构域蛋白。LC-MS/MS在HCD模式全扫，以及HCD触发的EThcD产生的 MS/MS提供了ADP -核糖部分或肽骨架的丰富谱图信息。

作者自定义了ADP -核糖基化修饰，并包括数据库搜索中b和y离子583.08 Da片段的丢失。这使得ADP核糖体化肽的鉴定提高了至少30%。肽段鉴定分数和PTM位点打分都因鉴定出的序列特异性片段离子数量增加而提高。

对于富含ADP-核糖基化修饰的精氨酸的样品，主要强调HCD裂解方式和583.08 Da中性丢失的设置。ADP -核糖与丝氨酸、谷氨酸或天冬氨酸之间的不稳定的O-糖苷键使这些修饰的位点确认比较困难，因为这是主要的碎裂位点，提供的特征离子很少。

Mascot 小贴士

本月的小贴士仅仅抛砖引玉，有篇非常棒的综述可以参考，Simone Koenig发表在J. Mass Spectrom的Spectral quality overrides software score - A brief tutorial on the analysis of peptide fragmentation data for mass spectrometry laymen.

我们都能在这篇(开放获取)论文中找到一些有用的东西，如果你是为了那些对质谱知识了解比较有限的人分析数据，就给他们发这篇文章。

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

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