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新年快乐！

我们已经得到了上个月de novo测序比赛的结果和获胜者名单。

本月的特色文章描述了一种用于临床蛋白质组学血浆样品自动制备的新设备。如果您近期有发表文章，并且希望列举在下一期的Newsletter中，请将相关的PDF文档或URL链接发给我们。

本月的Mascot小贴士重点介绍了Unimod中crosslink修饰的定义。

如果您有任何意见或问题，请随时联系我们。

De novo比赛结果

该多肽序列为MERRYCHRISTMAS，其中N端和Cys被carbamidomethyl修饰，第12位的Met发生氧化修饰。我们也接受N端是GM或MG，第9位用L代替I的序列结果，即使凑不出来一个完美的节日祝福，但它们至少具有相同的质量数。

如果您想通过数据库检索来鉴定该多肽，结果肯定会令你失望。该序列是来自于一个独特蛋白的唯一序列，不存在任何数据库中，因为从未进行过基因组测序。

如果您按照2020年10月博客文章中描述的一般方法，Mascot Distiller将为您提供大部分帮助。de novo算法难以给出有多个可变修饰的测序结果，所以必须限制碎片离子的质量容差，并将carbamidomethyl设置为固定修饰，从而得到准确的解决方案。

从截至12月24日收到的所有正确答案中选出的前三名是：

• Gianfranco Mamone, ISA-CNR, Italy
• Adam Dowle, University of York, UK
• Guillaume Gabant, CBM-CNRS, France

我们已代表他们向世卫组织COVID-19应对基金世卫组织COVID-19应对基金捐赠了300美元。并向提交正确答案的每个人致敬。我们对最近EUPA/LBMSDG竞赛也表示致谢，因为这个谜题的灵感来自于他们，之前的博客文章中也有提及这一竞赛。

使用Mascot发表的优秀文章

在这里，我们列举了一篇近期发表的有趣并且很重要的文章，该文章运用Mascot 进行了蛋白质鉴定、定量及特性分析，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发给我们一个PDF或URL。

PepS: An Innovative Microfluidic Device for Bedside Whole Blood Processing before Plasma Proteomics Analyses

Benoit Gilquin, Myriam Cubizolles, Remco Den Dulk, Frederic Revol-Cavalier, Manuel Alessio, Charles-Elie Goujon, Camille Echampard, Gorka Arrizabalaga, Annie Adrait, Mathilde Louwagie, Patricia Laurent, Fabrice P. Navarro, Yohann Coute, Marie-Line Cosnier, and Virginie Brun

Analytical Chemistry published online December 15, 2020

作者开发了一种微流控设备解决了临床蛋白质组学中的样品制备难题，该设备将几个步骤合并为一个2小时的自动化流程。该设备包括血浆分离和校准，掺入定量标准品，去除白蛋白，胰酶酶解以及在固相萃取吸附剂上稳定胰蛋白酶肽。

他们在非靶向蛋白质组学和靶向定量蛋白质组学的背景下评估了新设备用于从全血中分离血浆的性能。使用PepS装置检测到579个蛋白，而通过人工处理检测到535个。有459个蛋白在两种方法中都检测到。在定量到的蛋白质中，用PepS制备的三个技术重复样品中均检测到406（70％）个蛋白，而人工处理的则为429（80％）个蛋白。

通过分析在临床实验室中常规检测的三种蛋白质生物标记物（谷丙转氨酶1，C反应蛋白和肌球蛋白），他们能够重复地定量到这些标记物，证明了用于病理检测的潜力。

Mascot 小贴士

在Unimod，cross-link以前缀Xlink:命名，例如Xlink:DST。其中一些是新格式的主条目，包含完整链接的信息以及预期的单链或裂解产物。在Mascot Server 2.7中，您可以在Configuration Editor中Linkers下找到这些条目。

在Unimod中也有单独的monolink、裂解产物和恰好在单个肽段内部的完整交联的条目。这些条目可以看作是简单的修饰，在所有版本的Mascot Server中，都可以在Configuration Editor的Modifications下发现这些条目。

这两种类型的条目都使用前缀XLink：命名。重要的区别在于分类。Cross-link是由专门代码处理的，并用于连接两个多肽。任何其他分类均表示标准修饰。可以在相关的 Unimod帮助页面上找到更多详细信息。

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

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