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我们来看看最新的NIST人类HCD谱图库的都哪些优化和改进。

本月的特色文章提供了一种新的方法来简化和定量复杂的组蛋白甲基化分析。如果您近期有发表文章，并且希望列举在下一期的Newsletter中，请将相关的PDF文档或URL链接发给我们。

本月的Mascot小贴士解释了一些酶的定义。

如果您有任何意见或问题，请随时联系我们。

NIST 人类谱图库升级

在Mascot 2.6之后的版本，可以搜索谱图库，并且可以整合FASTA序列数据库的结果在同一个报告中。用户也可以轻松地从搜索结果中产生自己的谱图库。

NIST人类HCD碎裂的谱图库最近更新了，我们研究了这个新版本，评估其性能的改进情况。最初的版本是一个来自超过10,000个原始数据文件的共识库，而更新的版本包含其中86%以上的多肽。此外，该库现在被分为三个独立的部分。

• human_hcd_tryp_best - 高质量谱图，大部分是没有缺失碎片离子的胰酶酶解多肽。
• human_hcd_tryp_good - 中等质量谱图，大部分是有漏切位点的胰酶酶解多肽。
• human_hcd_semitryp - 好质量和中等质量的谱图，大部分是半特异性胰酶酶解产生的肽段。

我们针对iPRG 2016年的数据集用2016 NIST_Human_HCD谱图库，另外针对每一个更新的库进行搜索，最后对所有三个更新的库进行组合搜索。仅搜索更新后的“best”谱图库，我们多得到了大约20%的PSM，但与2016年的谱图库结果相比，只有8个新序列。通过搜索这三个更新的文库，我们获得了大约提升75%的PSM和324个肽段序列。

点击这里了解这个分析研究，以及如何升级你本地的谱图库的详情。

使用Mascot发表的特色文章

在这里，我们重点介绍了最近有趣且重要的文章，该文章采用Mascot进行蛋白质鉴定，定量或表征，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发送给我们PDF或URL。

A Chemical Acetylation based Mass Spectrometry Platform for Histone Methylation Profiling

Francesca Zappacosta, Craig D. Wagner, Anthony Della Pietra, III, Sarah V. Gerhart, Kathryn Keenan, Susan Korenchuck, Chad J. Quinn, Olena Barbash, Michael T. McCabe, Roland S. Annan

Molecular & Cellular Proteomics Published online March 25, 2021

作者开发了一种对于组蛋白高度甲基化修饰定性和定量方法。由于乙酰化和甲基化是最常见的PTM，他们专注于降低由于乙酰基PTM带来的复杂性。

该方法使用非氘乙酸酐将所有游离赖氨酸完全乙酰化，然后用胰蛋白酶酶解，用LC-MS/MS分析。体内乙酰化与体外乙酰化无法区别，这使得体内许多特定组蛋白甲基标记的乙酰化形式转化为单一的化学形式。

这一优势在组蛋白H4(1-20)肽的精氨酸甲基化中得到证实，使不同乙酰化修饰形式的数量从68个减少为6个完全乙酰化的类型。

作者在定量分析对称和不对称二甲基化变化时展示了其选择性和敏感性，其中精氨酸的二甲基化水平低至整个H4R3修饰水平0.02%。他们还开发了一种测定H3K27甲基化的方法，并将其应用于EZH2突变异种移植模型，该模型是在小分子抑制EZH2 H3K27甲基转移酶后建立的。

Mascot 小贴士

Mascot Server中的一些标准酶定义的命名可能会让人感到困惑。叫做None的酶实际上对应于非特异性酶解。你可以用它来研究内源性肽。如果你正在对完整的蛋白质进行自上而下的分析，并且不想模拟任何类型的酶切，你需要选择NoCleave。

Semi-Trypsin意味着Mascot将在肽段一端寻找具有胰蛋白酶特异性的酶切位点 (KR而不是P) ，但另一端可能为非胰蛋白酶裂解的肽段。这是选择胰蛋白酶和None之间的折中方案。它只会在两端都是非特异性酶解位点的情况下才找不到肽段。

(在免费的公共吉祥物服务器上，None是不为访客用户提供的，因为无酶解的搜库比用胰蛋白酶特异性酶解的搜库要花100倍的时间。在大多数情况下，对于非特异性酶解产物来说，采用error tolerant搜索更加合适。如果您使用的样品不是已知酶消化的结果，需要用这些数据对Mascot进行评估，请发邮件至support@cloudscientific.com，我们会为您提供帮助。)

如果你使用CNBr(溴化氰)作为裂解剂，记住它将末端蛋氨酸转化为高丝氨酸，然后高丝氨酸可能环化为内酯，所以你还需要指定高丝氨酸(Met->Hse)和/或高丝氨酸内酯(Met->Hsl)作为可变修饰。更多详情请点击这里。

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

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