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Unipept（来自U.Ghent）可以帮你分析宏蛋白质组学搜索结果中的物种和生物相关信息。

本月的特色文章探讨了一系列分析细胞外基质蛋白的方法。如果您近期有发表文章，并且希望列举在下一期的Newsletter中，请将相关的 PDF文档或URL链接发给我们。

我们很高兴在这里发布关于Mascot Distiller新版本的相关信息。

如果您有任何意见或问题，请随时联系我们。

结合Mascot和Unipept分析宏蛋白组

对于复杂的样本，如肠道微生物、地下水或环境样本，Mascot的Protein Family 总结报告是一个有用的工具，因为蛋白质是基于共享的肽段证据收集在一起，然后分化为家族成员。然而，该算法不知道物种分类学，所以您将看到来自不同物种的同源蛋白质分组分在一起。

通过将Mascot结果导出到Unipept应用程序中，可以附加上物种和生物有机体识别号。 Unipept是由根特大学建立的数据库，将UniProtKB中的每一个胰酶酶解产生的肽段映射到其最低的共同祖先（LCA），这可能一个单一物种，或者当它并不是某一物种的unique peptide时，则并到物种分类的上一层级中。

这个过程很简单，只需要导出Protein Family 总结报告，排序和编辑一些行，然后将肽段序列复制到一个文本文件中。将该文件导入到Unipept在线应用程序中，就可以在几分钟内获得结果。该应用基本上用LCA(例如：种)映射取代了传统的蛋白质推断。

点击这里了解关于你的数据结果中如何产生物种分类信息的更多详情。

使用Mascot发表的特色文章

在这里，我们重点介绍了最近有趣且重要的文章，该文章采用Mascot进行蛋白质鉴定，定量或表征，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发送给我们PDF或URL。

Evaluation and refinement of sample preparation methods for extracellular matrix proteome coverage

Maxwell C. McCabe, Lauren R. Schmitt, Ryan C. Hill, Monika Dzieciatkowska, Mark Maslanka, Willeke F. Daamen, Toin H. van Kuppevelt, Danique J. Hof, Kirk C. Hansen

Molecular & Cellular Proteomics Published online April 9, 2021

细胞外基质（ECM）提供结构支架和介导信号转导，对于蛋白质组学研究人员来说是个公认的挑战，因为它的溶解性差，又有很多修饰，蛋白质提取过程也很困难。

在这项研究中，作者评估了在保留ECM蛋白的情况下用去细胞化方法提取细胞蛋白的能力，同时使用整个小鼠样本和另外四个器官。他们研究了五种广泛使用的去细胞化方法，四种ECM提取方法，以及四种单次提取和分析方法。此外，他们对14组条件下的羟胺酶解方法进行了优化。

他们发现，为了获得最佳的ECM覆盖率，推荐使用"Gnd-HCl/HA"提取方案，因为它能产生最多的PSM，并且核心基质体蛋白的序列覆盖率最高。然而，他们的结论是，去细胞化方法的选择应基于特定的项目分析目标或者优先级来考虑，比如更深度的蛋白质组覆盖率，或集中于胶原蛋白或糖蛋白分析。

Mascot Distiller 2.8

我们很高兴地在这里宣布Mascot Distiller 2.8 版本已经发布，一些重要的新功能列举在这里：

• 支持Bruker的timsTOF数据
• 针对Bruker的timsTOF数据，在基于母离子定量方法中的离子淌度过滤（要求Mascot Server 2.7版本
• 非标记定量中全局时间对齐
• 通过Python脚本优化报告内容

可以通过support 页面下载安装并免费升级。

如果你希望评估Mascot Distiller，请发送试用申请到support@cloudscientific.com获取30天免费试用序列号。Mascot Distiller在没有license的情况可以作为浏览模式打开查看分析项目。

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

请联系康昱盛以获取更多的信息。

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