Quantitative consequences of protein carriers in immunopeptidomics and tyrosine phosphorylation MS2 analyses
Lauren E. Stopfer, Jason E. Conage-Pough, Forest M. White
Molecular & Cellular Proteomics Published online May 27, 2021
作者通过细致的实验对采用蛋白载体方法来增强低水平肽段信号的利弊进行了评估,观察了MHC肽段的鉴定和量化以及酪氨酸磷酸化。使用6-plex和10-plex TMT标记,并采取MS2定量,他们评估了unique肽段定性的数量,以及分别比较了有或者没有蛋白载体的样本,其信号强度和调变倍数。
加入蛋白载体("boost")增加了pMHC 鉴定的数量:从单针质谱数据中,在boost样本中鉴定出了3176条独特的pMHC,而在no-boost样本中鉴定到了1619条。然而,在研究已知被CDK4/6抑制剂干扰的通路中的蛋白质时,他们发现蛋白质载体的使用改变了其他蛋白的定量结果。包括三个强化的no-boost分析在内,使用pMHC-boost数据没有任何通路显示出显著的富集。
类似地,研究pTyr时使用过钒酸盐来停止酪氨酸磷酸酶活性并增加酪氨酸磷酸化,他们发现与no-boost分析相比,boost分析鉴定出更多unique的pTyr肽(3971对556)。然而,boost分析在所有样本中只包含163个pTyr可定量的肽,而非boost分析中包含327个pTyr可定量的肽,减少了总体数据量。作者敦促在使用蛋白质载体进行定量之前要仔细评估。
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