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优化后的Mascot Distiller提供更快，更准确的非标签定量分析。

本月的特色文章说明了动态蛋白质复合体的快速标记和分析。如果您近期有发表文章，并且希望列举在下一期的Newsletter中，请将相关的PDF文档或URL链接发给我们。

本月的Mascot使用小贴士关注点是将保留时间作为Percolator 算法的一个特征信息。

如果您有任何意见或问题，请随时联系我们。

Mascot Distiller 2.8版本可以更快地进行非标记定量

非标定量(使用提取离子色谱图的相对强度)的改进，意味着Mascot Distiller 2.8和Distiller 2.7.1的结果返回速度会快2到3倍，同时使用的内存约减少三分之一。

在Mascot Distiller 2.8中，相关的一组数据集的全局保留时间对齐是通过使用总离子色谱(TICs)和信号处理的递归交叉相关方法，以大致对齐各个单独的文件来实现的。计算出的保留时间可以用作单个原始文件中XIC检测的起点。这提供了一些有用的优点。

• 各个样品的文件被单独处理和搜索，减少了内存占用。XIC检测也单独进行，这使得并行化更有效。
• 您不再需要估计文件之间的保留时间转换的上限。

为了评估新的性能，我们分析了在4个不同水平上将大肠杆菌掺入HeLa细胞，共12个样本的数据集。在1% PSM FDR的质控条件下鉴定到2072个人类蛋白和317个大肠杆菌的蛋白。预期的调变比例是5，2以及1.5，Distiller报告的值是5.54， 2.00 和1.64，和其他软件的结果比较相对更好。

点击这里阅读关于Distiller 2.8如何加快你的工作流的详细信息。

使用Mascot发表的特色文章

在这里，我们重点介绍了最近有趣且重要的文章，该文章采用Mascot进行蛋白质鉴定，定量或表征，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发送给我们PDF或URL。

Mapping Proximity Associations of Core Spindle Assembly Checkpoint Proteins

Yenni A. Garcia, Erick F. Velasquez, Lucy W. Gao, Ankur A. Gholkar, Kevin M. Clutario, Keith Cheung, Taylor Williams-Hamilton, Julian P. Whitelegge, and Jorge Z. Torres

Journal of Proteome Research Published online June 4, 2021

纺锤体装配检查点（SAC）是保证细胞分裂过程中染色体分离保真度的关键。在这篇文章汇总，作者试图阐明参与SAC通路的调节因素，因为调节不当时可能导致肿瘤发生和化疗药物耐药性。由于核心SAC蛋白与它们形成的复合物和亚复合物之间联系的动态性，很难得出它们的蛋白质网络视图。

作者为BioID2标记蛋白质的细胞系开发了载体，其中标记与SAC的五个核心蛋白融合。当在细胞中表达时，这些蛋白被诱导成生物素酸相互作用和靠近的蛋白。生物素化的蛋白在链霉亲和素beads上纯化，并直接在beads上用胰蛋白酶消化，并用2D LC-MS/MS分析。相对定量使用蛋白质鉴定覆盖率和emPAI方法完成。

对于每个SAC核心的蛋白，使用自定义R脚本生成邻近蛋白关联图。这些邻近地图随后被整合起来，以创建核心SAC网络的视图。将邻近地图/网络与管理功能数据库相结合，提供了系统范围内的关联分析。

虽然该分析重复出了之前描述过的许多核心SAC蛋白−蛋白相互作用、亚复合物和复合物，但它也确定了许多新的关联关系。

Mascot 小贴士

如果使用RTINSECONDS参数，保留时间被包含在提交给Mascot Server的谱峰列表中，那它就可以被Percolator用作一个特性，将实验RT值和计算RT值进行比较，并将其纳入评分。

此功能在安装时被禁用，但可以通过在mascot.dat的Options部分将PercolatorUseRT设置为1来启用。然而，在Percolator中计算保留时间非常耗时，而且在大多数情况下，这对于灵敏度的提高效果是微不足道的，所以我们不建议将其作为全局默认设置。如果Percolation看起来花费了很长时间，您可能需要检查此设置。

通过手动将参数percolate_rt=1添加到报告URL中，可以帮助您更好地研究对单个搜索结果使用保留时间特征的好处。

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

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