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Mascot Distiller有个新功能：离子淌度数据用于提高定量的准确性。

本月的特色文章介绍了黑色素瘤的定量研究和一个潜在的预后模型。如果您近期有发表文章，并且希望列举在下一期的Newsletter中，请将相关的PDF文档或URL链接发给我们。

Mascot Server 2.8版本正式发布。

如果您有任何意见或问题，请随时联系我们。

离子淌度筛选提高定量

最新版本的Mascot Distiller利用Bruker timsTOF仪器生成的离子淌度数据，提高了基于母离子的定量方法(如SILAC或Label-Free)的精度。

Distiller在XIC谱峰检测步骤中使用母离子的离子淌度值作为一级谱的过滤方式。如图所示，通过去除干扰信号，可以清理以及提高目标母离子区段的数据质量。

对于一个给定的多肽匹配，使用在processing option中定义的母离子迁移率分组的容差来应用离子淌度范围。只有在计算的离子淌度范围内的MS1的信号在XIC谱峰提取中被使用。

对于掺入大肠杆菌酶解产物的HeLa蛋白酶解产物，使用离子淌度过滤的定量分析速度大大加快(10 vs 36小时)。此外，肽段分数中位数和相关性系数也得到了提高，允许更多肽比值通过定量质量评估阈值。

点击这里阅读关于离子淌度筛选的相关内容。

使用Mascot发表的特色文章

在这里，我们重点介绍了最近有趣且重要的文章，该文章采用Mascot进行蛋白质鉴定，定量或表征，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发送给我们PDF或URL。

Proteomics of Primary Uveal Melanoma: Insights into Metastasis and Protein Biomarkers

Geeng-Fu Jang, Jack S Crabb, Bo Hu, Belinda Willard, Helen Kalirai, Arun D Singh, Sarah E Coupland, John W Crabb

Cancers 2021, 13, 3520

作者采用定量蛋白质组学分析，深入地研究了葡萄膜黑色素瘤(UM)的机制，这是一种眼睛最常见的原发性恶性肿瘤。他们研究了转移途径，并建立了以蛋白为基础的方法对UM预后的生物标志物进行检测。

他们使用8标iTRAQ液质定量方法，定性并定量了含2条以上unique peptide共3935种蛋白，在转移性和非转移性UM的蛋白质组中出现了89%的相似度。通过比较转移性和非转移性UM的蛋白平均变化比率，他们得到402个差异表达(DE)蛋白，包含了缺失数据小于20%且一个方差的差异倍数。其中，191个蛋白在转移性UM中丰度较高，211个蛋白在非转移性UM中丰度较高。

通过对转移性UM中升高的差异蛋白进行通路分析，预测了免疫系统通路的显著过表达，可能是免疫检查点治疗方法的靶点。非转移性UM中升高的差异蛋白的通路分析显示代谢途径相关的过表达。

作者还利用32种蛋白建立了预测UM转移的统计模型；17个蛋白与转移呈正相关，15个蛋白与转移呈负相关。该模型的ROC曲线下面积为0.93，敏感性为0.91，特异性为0.81。

Mascot 2.8版本发布

Mascot Server的2.8版本于7月发布，其中有一些新功能，您可能会发现它们对您的工作非常有帮助。如果你在7月份处于保修或支持期内，你会收到一封电子邮件，上面有你免费更新的下载信息。如果由于某种原因错过了这条信息，请联系我们获取您的更新。

重要的新功能包括：

• 一种新的容错搜索统计模型。Mascot可以分配期望值给容错搜索匹配(如果参数设置包含了auto-decoy)并且估算FDR。
• 提升了Percolator的灵敏度。Mascot 发布了与新的Percolator特征集合的新版本，自带的 Percolator版本已更新。
• MS/MS搜索速度更快。单线程的文件处理步骤已经被多线程化，速度提高了20-35%。

更多关于新功能的信息详见这里。

如果你计划在升级更新2.8版本的Mascot时顺便迁移到新的服务器硬件上，请参看这里的迁移流程。

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

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