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Mascot Distiller的硬件对软件的性能有很大影响，对此我们给出一些指导意见。

本月的重点出版物介绍了一种新的用于SARS-CoV-2抗体的血清学检测方法。如果您近期有发表文章，并且希望列举在下一期的Newsletter中，请将相关的PDF文档或URL链接发给我们。

本月的Mascot小贴士介绍了如何将Protein Family Summary设置为MS/MS检索的默认报告。

如果您有任何意见或问题，请随时联系我们。

为Mascot Distiller选择硬件

Mascot Distiller安装的常见问题包括其待安装工作站的CPU、RAM及硬盘驱动的规格。因此，我们给出一些选择建议。

Mascot Distiller的很多计算过程都是需要多线程的，以提高复杂搜索任务的处理速度。与Mascot Server不同，Mascot Distiller不是以线程数来授权的，因此它可以尽可能地利用所有可用的线程进行任务的并行运算。

我们对于峰提取、定量和从头测序从1-12线程分别进行测试。随着线程数的增加，以上步骤的处理速度均有6-8倍的提升。CPU内核数并不是决定整体运算时间的唯一因素，还包括其他限制性因素。但通常来讲，当下的8核CPU就足以提供较好的整体性能表现。

对于硬盘驱动来说，在峰提取、定量和从头测序的测试中，我们发现一般使用固态驱动比磁性驱动性能提高5%。

点击这里了解更多关于Mascot Distiller的硬件配置。

使用Mascot发表的特色文章

在这里，我们重点介绍了最近有趣且重要的文章，该文章采用Mascot进行蛋白质鉴定，定量或表征，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发送给我们PDF或URL。

Next-Generation Serology by Mass Spectrometry: Readout of the SARS-CoV-2 Antibody Repertoire

Rafael D. Melani, Benjamin J. Des Soye, Jared O. Kafader, Eleonora Forte, Michael Hollas, Voislav Blagojevic, Fernanda Negrao, John P. McGee, Bryon Drown, Cameron Lloyd-Jones, Henrique S. Seckler, Jeannie M. Camarillo, Philip D. Compton, Richard D. LeDuc, Bryan Early, Ryan T. Fellers, Byoung-Kyu Cho, Basil Baby Mattamana, Young Ah Goo, Paul M. Thomas, Michelle K. Ash, Pavan P. Bhimalli, Lena Al-Harthi, Beverly E. Sha, Jeffrey R. Schneider, and Neil L. Kelleher

J. Proteome Res., published online: December 08, 2021

作者试图通过开发一种更精确的与SARS-CoV-2相关的免疫状态评估法来改进血清学检测方法。他们的新方法Ig-MS从病人的血浆当中分离出特定的抗体，然后将它们的重链（HC）和轻链（LC）分解开。HC和LC片段分别使用离子质谱分别进行分析，该方法使用比传统蛋白质谱分析多500倍的稀释样品来产生异质蛋白样品的质量分布。

他们利用共价结合法将SARS-CoV-2刺突蛋白受体结合域(RBD)结合到磁珠上，得到结合和富集抗体的诱饵，并在COVID-19恢复期血浆中验证了该检测性能，结果显示回收率为90%。

在抗体富集实验中，他们使用了两种不同的流程。在流程1中，Ig-RBDs被完整洗脱，与标准mAb结合，并被充分还原/变性以获得HC和LC蛋白。在流程2中，Ig-RBD被IdeS酶切后仍附着在磁珠上，产生F(ab′)2 和Fc。然后蛋白酶和Fc（包括糖基化HC）被洗去不保留。最后洗脱的F(ab′)2经过变性、还原得到LC和Fd结构域（˜25-28kDa）。

他们从这些方法中创建了两个新的指标。离子效价(IT)类似于ELISA的效价，使用了相对于单抗标准的所有LC峰的强度。第二个是克隆度(DoC)，这是对混合物中所有LC克隆(变形体)复杂性的衡量，数量越多反映Ig-MS谱越复杂。

虽然DoC与标准ELISA和生物发光的相关性较低，但他们发现IT与工作流2和ELISA效价呈显著正相关。

Mascot小贴士

Protein Family Summary是在大概12年前的Mascot Server 2.3推出的新功能。它每次显示一个页面的MS/MS检索结果，允许客户在没有客户端内存或浏览器限制时最大限度地浏览结果。使用层次聚类将蛋白质分为家族展示，使蛋白质推断更直观和更准确。为了避免打乱已建立的工作流程，新的报告只默认展示超过300张二级谱的检索结果，而早期的Peptide Summary仍然默认在较小的检索下展示。

此后，Protein Family Summary相继新增了很多功能，Peptide Summary不再使用（除了vanilla检索）。在Mascot 2.8中，我们决定将Protein Family Summary作为MS/MS检索结果的默认打开方式。

如果您正在使用较早的版本，也想使用这个功能，只需要简单的配置即可。使用Configuration Editor中的Configuration Options模块，将ProteinFamilySwitch从300改为1，然后点击Apply。如果您仍然想查看以前版本的结果形式，在报告的顶部点击"Try the peptide summary"。

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

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