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随着传统FTP传输协议逐渐退出使用，您可能需要重新寻找新的下载方法。

本月的重点出版物介绍了一种自中而下的疟疾寄生虫中组蛋白翻译后修饰及相互干扰的定量方法。如果您近期有发表文章，并且希望列举在下一期的Newsletter中，请将相关的PDF文档或URL链接发给我们。

本月的Mascot小贴士提醒大家关于最近Mascot Distiller的更新。

如果您有任何意见或问题，请随时联系我们。

文件传输协议（FTP）停止使用

从Mascot服务器的Database Manager中下载蛋白序列库一般使用的是FTP，但是FTP作为一个服务了50多年的老牌传输协议，正慢慢退出市场。常见的浏览器平台及NextProt已经移除了FTP的服务。

HTTPS正逐渐成为默认的传输协议，所有主流的蛋白质序列库（包括NCBI，EBI，Uniprot）都支持FTP和HTTPS，其中一些也支持HTTP。与FTP相比，HTTPS的一个主要的优势是内置的错误检查。如果传输过程中发生了某些错误，比如网络连接失败、数据包顺序错误，本次连接会报错并终止。HTTPS可以从上一次传输成功的节点恢复继续传输。

截止2021年11月，Database Manager已经开始使用HTTP（必要时使用HTTPS）来下载常见的数据库，如Swiss Prot、contaminants、所有的EST库，及NCBI的Taxonomy文件。如果您使用的是旧版的Mascot Server，点击此处了解如何确保您的下载正常运行。

使用Mascot发表的特色文章

在这里，我们重点介绍了最近有趣且重要的文章，该文章采用Mascot进行蛋白质鉴定，定量或表征，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发送给我们PDF或URL。

A dynamic and combinatorial histone code drives malaria parasite asexual and sexual development

Hilde von Gruening, Mariel Coradin, Mariel R. Mendoza, Janette Reader, Simone Sidoli, Benjamin A. Garcia, Lyn-Marie Birkholtz

Molecular & Cellular Proteomics, published online: 17 January 2022

本文作者研究了疟疾寄生虫恶性疟原虫的组蛋白序列，目的是深入了解不同协调反应水平下翻译后修饰（PTM）的反应本质。由于传统的肽段法蛋白质组学实验产生的都是非常短的多肽，不能同时包含多种PTMs，因此他们采用了自中而下的方法，产生更长的序列，所以更容易研究多种PTMs之间的相对定量。

他们培养了恶性疟原虫，并将疟原虫分离为滋养体、未成熟的早期配子细胞和成熟配子细胞，以确定不同阶段的差异。他们用GluC将蛋白酶切为长度约50-60个氨基酸的肽段，然后在质谱中用ETD的模式进行分析。数据通过检索PlasmaDB，他们进一步排除了一些不明确的PTMs。然后使用IsoScale，他们得到了具有相同氨基酸序列但是发生了不同位点PTMs的共碎裂同位素多肽的相对定量值。

组蛋白H3和H3.3共定性和定量到77个PTMs，其中有34个是以前从未报道过的。培养阶段特异性分析展示了PTMs之间的相互影响，将它们共有的鉴定率量化为“相互作用得分”。有三分之一的共有PTMs在三个阶段展现出非常相近的鉴定率，然而有一些PTMs的相互作用得分显示其只存在于某一个特定的阶段。比如，在滋养体中，大多是PTMs之间具有负的相互作用得分，表明这些PTMs之间互相拮抗，因此是相互排斥的。

Mascot 小贴士

最新版的Mascot Distiller 2.8.1包含了几个重要的漏洞修复。我们建议安装此次更新的版本。请注意Distiller升级是免费的。

如果您使用的是旧版本，而且没有收到升级提示，有可能是因为您关闭了更新通知。您可以通过Help→ Check for updates...→Check for updates in the background来检查更新。或者在2.8版本中，选择合适的时间完成自动检查更新。

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

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