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我们这里有一些建议来确保您的Mascot在Linux集群下安全地运行。

本月的特色文章介绍了乳蛋白糖基化的研究方法。如果您近期有发表文章，并且希望列举在下一期的Newsletter中，请将相关的PDF文档或URL链接发给我们。

本月的Mascot小贴士提醒大家关于EST序列数据库。

如果您有任何意见或问题，请随时联系我们。

Mascot集群模式在Linux环境下安装的安全性

Mascot Server可以被拆分为多个进程独立进行检索，因此在联网的Windows或Linux系统中允许其并行运算。

对于Linux系统来说，默认Mascot以root的权限运行，但是由于最近的Linux发行版经常禁用root，因此我们给出一些在非root权限下安全运行Mascot集群的建议。

• 如果集群中的节点连接到一个内网交换机，其中子网只能由主节点访问，那么您就不会有真正的安全问题。但是，如果没有专用子网，网络中的任何人都可以访问这些节点。在这种情况下，更安全的方式是作为一个权限较低的用户运行。
• 此外，通过IP地址限制访问也是一种很好的方式，这样只允许来自指定IP或主机名的连接。
• Mascot使用自定义的TCP协议，端口为5001，信息不加密传输。为了确保通过端口5001的流量安全，您应该在主节点和工作节点之间建立一个虚拟专用网络(VPN)。

点击这里了解以上及其他关于Mascot集群安全的提示。

使用Mascot发表的特色文章

在这里，我们重点介绍了最近有趣且重要的文章，该文章采用Mascot进行蛋白质鉴定，定量或表征，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发送给我们PDF或URL。

Identifying glycation hot-spots in bovine milk proteins during production and storage of skim milk powder

Inge Gazi, Vojtech Franc, Sem Tamara, Martine P. van Gool, Thom Huppertz, Albert J.R. Heck

International Dairy Journal, 129 105340 (2022)

牛奶加热虽然是出于安全需求，但也可能产生潜在的免疫原性和异体糖基化。为了更好地了解这些物质的结构，作者研究了脱脂奶粉生产和储存过程中的蛋白质糖基化。

采用ETD和EThcD联用质谱法对加热牛奶、鲜奶粉和陈年奶粉中的完整蛋白质进行分析。该数据库包含6种高丰度牛乳蛋白和一系列的蛋白质异构体，包括最常见的基因突变和荷兰荷斯坦-费氏奶牛主要乳蛋白可能发生的磷酸化修饰。对于每个蛋白变体，大部分糖化蛋白质量数在1-12个己糖残基范围内。

四个样品还使用LC-MS/MS方法进行了肽谱分析，使用胰蛋白酶、糜蛋白酶、GluC、AspN和几种酶的组合酶解样品。最容易糖基化的两个蛋白是αs2 -酪蛋白和β-乳球蛋白，对于陈化奶粉，每一个αs2 -酪蛋白分子可以检测到多达5个乳糖残基。

这两个蛋白的糖基化位点多达9个，其中β-乳球蛋白的Lys₁₄₁残基和αs2 -酪蛋白的Lys₁₇₃残基在加热牛奶中的比例分别为37%和100%。作者还证实，在含量最高的牛乳蛋白中，糖基化赖氨酸残基通常前面有一段带正电的氨基酸，而C端是主要是一段脂肪族和疏水氨基酸。

Mascot 小贴士

今年早些时候，一些较大的EMBL EST数据库文件在EBI FTP服务器上消失了几周。我们很高兴地告知您，它们现在已经恢复，您可以使用Database Manager选择其中任何一个进行搜索。如果您使用的是比较老的Mascot Server，并手动配置数据库，相关信息在这里。

虽然DNA测序方法的变化意味着表达序列标签数据库的内容是相当稳定的，但它们仍然代表了一个有价值的序列数据库，可以用于未测序的基因组。更多信息可以参考这篇简短的blog article。

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

请联系康昱盛以获取更多的信息。

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