欢迎

欢迎您参加我们6月6号在美国明尼阿波里斯市ASMS的年度用户会。

NCBI nr数据库用途甚广，但在处理庞大的Fasta文件时有一些事项要注意。

本月的重点出版物介绍了一种高通量、重现性好的蛋白样本制备方法。如果您近期有发表文章，并且希望列举在下一期的Newsletter中，请将相关的PDF文档或URL链接发给我们。

本月的Mascot小贴士介绍了Mascot Server最新版修复的补丁。

如果您有任何意见或问题，请随时联系我们。

Matrix Science ASMS用户会

诚邀您参加我们在美国明尼阿波里斯市的ASMS早餐会，了解更多数据库检索的应用及如何更好地使用Mascot。

本次会议免费，但是需要提前注册，提供早餐。

Monday 6 June, 7:00 am - 8:00 am

Identification and Quantification of Histone Methylation in Cancer Cells presented by Dr Roland Annan, GlaxoSmithKline

NCBIprot, mzIdentML 1.2 and other improvements in Mascot Server 2.8.1 presented by Ville Koskinen, Matrix Science

Fractionated LFQ in Mascot Distiller 2.8.2 presented by Patrick Emery, Matrix Science

NCBI nr数据库的最佳使用方法

NCBI nr数据库中包含大量的非冗余蛋白序列信息并会持续更新。然而，由于该库文件非常大（截至2021年7月，Fasta文件为190G，其中有4000多万个条目），所以搜库时通常不会去选择它。当确实需要用到NCBI nr库时，我们在此给出一些建议希望帮助您成功完成搜库。

• 硬件: 压缩数据库往往受到磁盘吞吐量和随机访问速度的限制，因此我们建议使用RAID10阵列或集群级别的NVMe或SSD磁盘。磁盘至少要有800G的自由空间来处理数据库及相关文件。
• 将数据库联机: 这是一个自动化的过程，需要多长时间取决于磁盘性能。如果您遇到报错显示测试检索超时，只需要增加mascot.dat Options中的MonitorTestTimeout选项的数值即可。
• 检索: 搜索NCBI nr的关键是选择一个明确的物种分类文件。搜索整个数据库不仅要花费很长时间，而且还会失去灵敏度。

点击这里了解更多关于成功使用NCBI nr的细节。（注意：请注意，用于下载Fasta的URL已经更新为HTTPS协议，因此博客文章中关于FTP和使用rsync的限制的说明不再适用。）

使用Mascot发表的特色文章

在这里，我们重点介绍了最近有趣且重要的文章，该文章采用Mascot进行蛋白质鉴定，定量或表征，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发送给我们PDF或URL。

Toward Zero Variance in Proteomics Sample Preparation: Positive-Pressure FASP in 96-Well Format (PF96) Enables Highly Reproducible, Time- and Cost-Efficient Analysis of Sample Cohorts

Stefan Loroch, Dominik Kopczynski, Adriana C. Schneider, Cornelia Schumbrutzki, Ingo Feldmann, Eleftherios Panagiotidis, Yvonne Reinders, Roman Sakson, Fiorella A. Solari, Alicia Vening, Frauke Swieringa, Johan W. M. Heemskerk, Maria Grandoch, Thomas Dandekar, and Albert Sickmann

J. Proteome Res., 21 1181-1188 (2022)

作者开发了一种新的方法(PF96)，以解决在研究大样本集时样品制备和后续处理的共同瓶颈。他们使用基于正压的96孔分子量滤膜，与商品化固相萃取装置配合使用。

首先，样本被转移至96孔板上进行还原、烷基化，然后加载到30kDa的96孔滤膜板上。接下来，溶液在正压作用下通过滤膜，缓冲液通过自动加样装置完成，随后进行酶切。然后，肽段通过正压被回收到另一个96孔板中，其中每个样本取等量加至96孔位的玻璃进样品中以进行LC-MS分析。

作者使用上述方法进行了Hela细胞和小鼠心脏组织裂解液的DDA分析，测试了3-60µg加到滤膜上的总蛋白量，在此动态范围内均得到很好的重复性。他们进一步用48µg小鼠心脏组织裂解液的40个技术重复测试了该方法。采用以下几种方法来评估实验结果：（1）DDA的Pearson相关性；（2）16个内源性多肽（丰度跨越4个数量级）的LC-MS定量值；（3）靶向LC-MS方法对与上步相同的16个内源性多肽与稳定同位素标记参考多肽进行定量。他们得出结论，PF96方法虽然仅对蛋白质组学分析的总体方差提供了一个很小的、微不足道的贡献，但通量却增加了5倍。

Mascot 小贴士

Mascot Server 2.8.1已经发布。Windows和Linux系统从2.8.0升级的可从技术支持页面下载。该发行版本包含一些重要的漏洞修复和更改，详细内容可从技术支持页面获取。重点包括：

• 删除了对于Fasta文件中最多6.5亿个序列号的限制
• 对于使用ACC2TAXID规则物种分类文件的Fasta文件提高压缩速度
• 升级mzIdentML报告至1.2
• 交联搜库中添加半酶切方法
• 定量方法新增TMTpro 18plex
• 仪器类型新增EAD

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

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