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期待您参与我们6月6日星期一的ASMS年度用户会。

Mascot Distiller峰提取的选项帮助您选择最佳方法。

本月的重点发表文章展示了Mascot交联方法如何辅助解析复杂的相互作用。如果您近期有发表文章，并且希望列举在下一期的Newsletter中，请将相关的PDF文档或URL链接发给我们。

本月的Mascot小贴士介绍了Unimod数据库中的糖基化信息。

如果您有任何意见或问题，请随时联系我们。

Matrix Science ASMS用户会

诚邀您参加我们在美国明尼阿波里斯市的ASMS早餐会，了解更多数据库检索的应用及如何更好地使用Mascot。

本次会议免费，但是需要提前注册，提供早餐。

Monday 6 June, 7:00 am - 8:00 am

Identification and Quantification of Histone Methylation in Cancer Cells presented by Dr Roland Annan, GlaxoSmithKline

NCBIprot, mzIdentML 1.2 and other improvements in Mascot Server 2.8.1 presented by Ville Koskinen, Matrix Science

Fractionated LFQ in Mascot Distiller 2.8.2 presented by Patrick Emery, Matrix Science

使用Mascot Distiller进行峰提取

Mascot Distiller中内置多种数据处理选项，可以为不同厂商质谱仪所产生的原始数据提供最佳的峰提取方法。这些方法提供了很好的参考，如果想要进一步优化结果，可以在此基础上进行修改。在此，我们详细展示了处理Thermo数据的两种方法。

在这两种情况下，Distiller都使用一级扫描的profile信息做峰提取，所以适用于想要使用一级定量的研究，如label-free和SILAC等。

两个方法文件最主要的区别是，"default"选项可以允许二级谱是centroid值（如果原始数据中包含centroid信息的话），而"prof_prof"选项总是将所有的谱图进行uncentroid，然后输出每个scan的峰提取信息。这个方法也可以提供碎片离子的电荷数，用于de novo从头测序，也可以用于对峰列表进行de-charge，尤其适用于从上而下或从中而下的实验方法。

通常情况下，如果您的二级谱使用的是profile的数据保存模式，那么在最开始做峰提取的时候就应该选择"prof_prof"的方法。该方法可以与"default"在相近的时间内提供更多的显著性匹配。然而，对于以centroid存储的二级谱，"default"方法可以提供与"prof_prof"几乎相同的匹配结果，而不产生uncentroid所带来的的时间损失。

点击这里了解更多关于处理方法的选择。

使用Mascot发表的特色文章

在这里，我们重点介绍了最近有趣且重要的文章，该文章采用Mascot进行蛋白质鉴定，定量或表征，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发送给我们PDF或URL。

Allosteric interactions prime androgen receptor dimerization and activation

Elizabeth V. Wasmuth, Arnaud Vanden Broeck, Justin R. LaClair, Elizabeth A. Hoover, Kayla E. Lawrence, Navid Paknejad, Kyrie Pappas, Doreen Matthies, Biran Wang, Weiran Feng, Philip A. Watson, John C. Zinder, Wouter R. Karthaus, M. Jason de la Cruz, Richard K. Hite, Katia Manova-Todorova, Zhiheng Yu, Susan T. Weintraub, Sebastian Klinge, and Charles L. Sawyers

Molecular Cell, 82 1-11 (2022)

雄激素受体(AR)是一种细胞核受体，调节基因表达，其活性异常可导致前列腺癌和雄激素不敏感综合征等疾病。AR包含一个固有的无序的N端结构域、一个DNA结合结构域(DBD)、一个柔性铰链和一个配体结合结构域(LBD)。作者试图解开AR信号转导途径，它是通过各种分子内和分子间相互作用控制的。

他们利用蛋白质交联来深入了解控制AR激活的分子功能。AR复合体是由AR、癌蛋白ERG和DNA雄激素反应元件结合而成的。将复合体与双琥珀酰亚胺亚砜(DSSO)交联1小时，淬灭，然后用超速离心进行分离。复合体进一步通过SDS-PAGE分离、切胶、酶切、LC-MS/MS分析。使用Mascot交联分析功能的DSSO方法进行样本检索，并将结果数据导入xiView进行交联位点的可视化。

得分最高的交联位于AR DBD和LBD之间的结合面，验证了作者的域对接和结构观察。此外，DBD中两个交联最多的赖氨酸组成了"杠杆臂"的一部分，该“杠杆臂”被认为通过其灵活性介导结构域间变构。

Mascot 小贴士

糖肽分析有一定的难度。许多糖基非常大而且有异质性。在CID / HCD中，聚糖往往在肽段位置断裂，糖肽的碎片离子信号弱，整个聚糖丢失，因此不可能进行位点分析。ETD是首选，因为它可以使聚糖保持完整和原位。

Unimod目前包含450个糖类条目，旨在覆盖人类蛋白质中所有天然存在的质量不超过2kDa的N-聚糖和O-聚糖。O-聚糖的S和T特异性结合是被归为一组的，因此它们可以被选定为一种修饰，对于ETD，它们都有中性丢失，定义为零，对于CID / HCD，它们都有完整的聚糖。

如果我们感兴趣的是糖肽，这是非常方便的。如果不是，请注意容错搜索的默认设置是测试本地Unimod文件中的每个翻译后修饰。如果有些糖肽并不是期望检索的或者不是感兴趣的，特别是分子量较大的糖肽，您可以通过去除这些潜在的修饰使检索更有针对性，从而加快检索速度。这种方法在早期的newsletter中有解释。

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

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