欢迎

我们很高兴在上周明尼阿波利斯的ASMS上见到大家。如果您错过了我们的用户会议中关于Mascot Server和Distiller的最新功能的演讲，幻灯片和演讲者笔记可以在下面找到。

本月的重点发表文章介绍了使用长读RNA测序构建蛋白质数据库，可以更好地识别剪接异构体。如果您近期有发表文章，并且希望列举在下一期的Newsletter中，请将相关的PDF文档或URL链接发给我们。

本月的Mascot小贴士介绍了FDR相关的信息。

如果您有任何意见或问题，请随时联系我们。

Mascot server和Mascot Distiller的升级与更新

我们在最新发布的Mascot Server和Distiller中做了很多的技术改进，这些在明尼阿波利斯的ASMS用户会上的报告介绍了大部分的新功能。

点击报告题目获取相应PPT和演讲者笔记的PDF文件。

NCBIprot, mzIdentML 1.2 and other improvements in Mascot Server 2.8.1

Presented by Ville Koskinen, Matrix Science

 

Fractionated LFQ in Mascot Distiller 2.8.2

Presented by Richard Jacob, Matrix Science

使用Mascot发表的特色文章

在这里，我们重点介绍了最近有趣且重要的文章，该文章采用Mascot进行蛋白质鉴定，定量或表征，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发送给我们PDF或URL。

Identification of Protein Isoforms Using Reference Databases Built from Long and Short Read RNA-Sequencing

Aidan P. Tay, Joshua J. Hamey, Gabriella E. Martyn, Laurence O. W. Wilson, and Marc R. Wilkins

J. Proteome Res., published online May 25, 2022

选择性剪接导致转录体的编码区和非翻译区不同，从而产生具有潜在的执行不同功能的蛋白质亚型。然而由选择性剪接产生的具有重要功能的大部分蛋白质异构体仍然是未知的，因此作者研究了使用长读和短读RNA测序数据来建立自定义蛋白质数据库。由于短读可以映射到一个以上的基因组位置，并且几乎不能覆盖几个剪接连接，所以他们设想使用长读RNA测序应该更有助于鉴定蛋白质亚型。

他们使用了从ProteomeXchange下载的人类K562细胞的蛋白质组数据集，将其分别与来自Illumina的短读或Oxford Nanopore的长读RNA测序数据构建的蛋白质数据库进行了检索。

结果显示，二者之间存在互补性，但长读库鉴定出4755条蛋白亚型的特异性多肽，而短读库鉴定出3987条。他们还搜索了由选择性剪接产生的蛋白质异构体，从长读数据库中的39个基因中发现了93个蛋白质异构体，从短读数据库中的10个基因中发现了19个蛋白质异构体。

Mascot 小贴士

根据维基百科，美国的平均人口密度约为每平方公里36人。即使对数学知之甚少的人也会明白，这个数字并不适用于选定的地区。大城市的密度比平均水平高几个数量级，而阿拉斯加或死亡谷的密度要低得多。

这与错误发现率（FDR）类似，但某种程度上这还不够直观。一个完整搜索结果的FDR是一个平均值。我们可以使用Target-Decoy来精确地将全局FDR调整到1%，但这不是匹配子集的FDR，例如长肽或短肽或带有可变修饰的肽。

一系列的blog article讨论了与此相关的问题，并展示了一些数据。对于作为示例的典型搜索，在FDR为1%时，只有3%的target匹配包含所有可变修饰，而在Decoy匹配中则有41%。如果您想报告一个子集的FDR，例如修饰多肽和非特异性多肽，它必须是基于这个子集匹配的计数，而不是所有匹配。

关于 Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

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