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近期我们增加了将搜库结果导出为mzIdentML 1.2的格式。

本月的特色文章介绍了一种方法，通过分析胞外囊泡的蛋白来鉴定残留的疟疾寄生虫生物标志物。如果您近期有发表文章，并且希望列举在下一期的Newsletter中，请将相关的PDF文档或URL链接发给我们。

Mascot Server 2.8.2修复了下载Uniprot蛋白组库的问题。

如果您有任何意见或问题，请随时联系我们。

将搜库结果导出为mzIdentML 1.2

Mascot Server 2.8.1新增了搜库结果的mzIdentML 1.2导出格式，这是最新的蛋白质组学标准计划（PSI）的文件格式。对于标准搜库、容错搜索和谱图库搜索结果的导出，您可以根据需求选择导出mzIdentML 1.1或者1.2。

新格式改变了特定应用场景下标准条目的解释。XML结构保持不变，因此新版本在其他方面是向后兼容的，而且大部分也可以向前兼容。有以下值得注意的变化。

交联肽段: mzIdentML 1.2定义了一些新的方式方法用于交联肽段的解析。完整交联的所有肽段水平元数据已经配置在Mascot中。目前该格式还不支持monolink和looplink，但是在mzIdentML今后的发展中肯定会添加进去。

蛋白关联: mzIdentML 1.2新增了一些阐释protein和protein group关系的内容。仅有四个小的方面需要在 Mascot中作出修改：cluster identifier，leading protein，group representative和non-leading protein。

位点分析: mzIdentML 1.2应用了新的算法来解释位点分析的结果和修饰位点打分。很遗憾现在Mascot的位点分析还不支持这个算法，所以如果有需要请导出为mzIdentML 1.1或者CSV/XML格式。

您可以在我们的blog中了解更多关于mzIdentML导出的内容。

使用Mascot发表的特色文章

在这里，我们重点介绍了最近有趣且重要的文章，该文章采用Mascot进行蛋白质鉴定，定量或表征，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发送给我们PDF或URL。

Mass spectrometry identification of biomarkers in extracellular vesicles from Plasmodium vivax liver hypnozoite infections

Melisa Gualdrón-López, Miriam Díaz-Varela, Gigliola Zanghi, Iris Aparici-Herraiz, Ryan W.J. Steel, Carola Schäfer, Pol Cuscó, Vorada Chuenchob, Niwat Kangwangransan, Zachary P. Billman, Tayla M. Olsen, Juan R. González, Wanlapa Roobsoong, Jetsumon Sattabongkot, Sean C. Murphy, Sebastian A. Mikolajczak, Eva Borràs, Eduard Sabidó, Carmen Fernandez-Becerra, Erika L. Flannery, Stefan H.I. Kappe, Hernando A. del Portillo

Molecular & Cellular Proteomics, August 24, 2022, in press

作者查找潜在的蛋白质生物标志物，用以表明肝脏催眠虫的存在，这是一种休眠的疟疾寄生虫，可以重新激活并引起疟疾疾病的复发。他们的方法是在体内产生P. vivax疟原虫感染，并探索来自催眠虫感染的肝细胞的细胞外囊泡(EVs)的蛋白质含量。

在这项研究中使用了五组不同的移植人肝细胞的小鼠：未感染对照组、由蚊虫叮咬感染P. vivax的小鼠、由静脉注射感染的小鼠、感染后使用MMV048和Tafenoquine治疗的小鼠。

血浆中的胞外囊泡使用体积排阻色谱法（SEC）分离，然后蛋白经过酶解，再通过LC-MS/MS DDA模式进行分析。数据使用P. vivax、人和小鼠的混合库进行检索。蛋白相对定量使用每个样本中的预估丰度计算，具体计算方法为取每个蛋白中排名前三的肽段积分面积的平均值。

SEC分离的组份包含来自三个物种的蛋白：159个人的蛋白，331个小鼠蛋白，66个P. vivax蛋白。通过比较不同实验组P. vivax疟原虫蛋白质的比例，筛选与EVs相关的催眠虫特异性蛋白，发现了13个潜在的候选蛋白。

Mascot Server 2.8.2

我们发布了一个小的版本Mascot 2.8.2，修复了两个程序漏洞：（1）在Database Manager中使用新的Uniprot API设置蛋白组库；（2）在集群模式中自上而下搜索的容错误差。如果您需要通过Mascot的Database Manager下载Uniprot的蛋白组数据，我们建议升级，对于Mascot 2.8的用户，2.8.2可以免费下载。

从2.8.0升级至2.8.2涵盖2.8.1的所有改进和修复内容。Mascot 2.8.1增加了mzIdentML 1.2的导出格式，并去除了对数据库规模的限制，提高了超大数据库（比如NCBI nr的6亿多条蛋白序列）的压缩速度。

如果您使用的是Mascot Server 2.7或更早的版本，我们的blog中有UniProt下载的解决方法。或者如果您需要升级，费用为新版本licence价格的一部分。如果有任何问题，可以随时联系我们。

About Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

请联系康昱盛以获取更多的信息。

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