欢迎来到第105期！

优化递交的数据集大小可以提升搜库速度！

本月的特色文章展示了离子淌度在高效呈现组蛋白修饰位点上的重要作用。如果您有近期发表的论文，希望我们考虑刊登在即将出版的Newsletter上，欢迎您发送PDF或URL给我们。

Mascot Distiller 2.8.4新版本已经发布，立即免费升级吧！

如果您有任何意见或问题，请随时联系我们。

Mascot： 深受客户信赖25年的蛋白质质谱鉴定标准参考软件

一个小妙招，提升搜库速度

当提交峰列表进行搜库时，Mascot会根据肽质量将谱图分类并将其分割成若干数据集。这种方式减少了搜索过程中RAM的占用率，并且能使内存缓存更高效。数据集的分割在集群模式下可以提供有效的数据负载平衡，因为每个节点的search space是相同的。

默认情况下，每1000个queries（即MS/MS谱图）分割为一个数据集，如果提升到2000，会有10-20%性能的提升，但是相应的RAM占用也会提高。这个参数可以通过“SplitNumberOfQueries”来调节，另一个参数“SplitDataFileSize”与之相补充，用于限制数据集的字节大小。

不同的硬件、软件和数据所适用的最佳参数都不一样。 因此，寻找适合自己的最佳参数的唯一方法就是在本地硬件上进行一系列基准测试。

可以参照我们Blog中的流程，在文中我们使用了一组多物种的公开数据集进行了测试。 在测试中，我们分别使用了一台常规Intel Core i5笔记本电脑和搭载了AMD Ryzen 9 处理器的工作站（Mascot安装在RAID磁盘阵列上）。 在笔记本电脑上将参数“SplitNumberOfQueries”提高到 1500，在工作站上提高到 2000，搜索速度分别提高了 10%和 21%。

使用Mascot发表的特色文章

在这里，我们重点介绍了最近有趣且重要的文章，该文章采用Mascot进行蛋白质鉴定，定量或表征，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发送给我们PDF或URL。

Full Separation and Sequencing of Isomeric Proteoforms in the Middle-Down Mass Range Using Cyclic Ion Mobility and Electron Capture Dissociation

Francis Berthias, Dale A. Cooper-Shepherd, Frederik H. V. Holck, James I. Langridge, and Ole N. Jensen

Anal. Chem. 95, 29, 11141–11148

作者探究了高分辨循环离子淌度质谱（cIM）搭配电子俘获解离（ECD）在分离和鉴定组蛋白 N 端翻译后修饰异构体的能力。实验中使用了合成的单甲基化和三甲基化异构体： H3K4me1/H3K9me1/H3K23me1和H3K4me3/H3K9me3/H3K23me3。

单甲基异构体混合物在 +10价状态下得到完全分离，分别在RT 151.6、153.3 和 156.5 毫秒处采集到对应的峰，对应于H3K9me1、H3K23me1和H3K4me1。 而三甲基异构体混合物在+11价状态下得到完全分离， r 值分别为 0.90、2.18 和 1.28，对应H3K4me3/H3K9me3、H3K4me3/H3K23me3、H3K9me3/H3K23me3。

MS/MS ECD谱图证明了cIM的分离能力，并且氨基酸序列覆盖率达到 90-100%。此外，这些谱图也能确定甲基化基团在单甲基异构体和三甲基异构体的中的位置。

Mascot Distiller 2.8.4

Mascot Distiller 2.8.4 已发布。 这个小补丁包含几个重要的错误修复，包括支持 Agilent 6546 LC/QTOF 数据和修复 Thermo Orbitrap Exploris 480 的电荷状态的问题。所有 Distiller 2.8 的用户都建议安装 2.8.4，升级是免费的。

直到下一个主版本发布之前，由旧版本升级至最新版本都是免费的。Distiller 2.8 软件的各方面功能都做了很大的提升，例如无标记定量、保留时间对齐和定量报告。 升级不需要新的产品秘钥，只需下载并安装最新版本，原来的秘钥会自动激活。

点击此处获取安装程序。 此外，还可点击查看版本发布细节。

About Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

请联系康昱盛以获取更多的信息。

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