欢迎来到第106期！

本月主题是Mascot分析软件的版本，这在撰写论文的方法部分时非常重要。

本月的特色文章为表征糖蛋白的新方法。如果您有近期发表的论文，希望我们考虑刊登在即将出版的Newsletter上，欢迎您发送PDF或URL给我们。

Mascot Server 2.8.3新版本已经发布，请查看下文，了解如何下载免费更新。

如果您有任何意见或问题，请随时联系我们。

Mascot： 深受客户信赖25年的蛋白质质谱鉴定标准参考软件

论文中使用的软件“老”了吗？

回想一下您最近看到的一篇蛋白质组学论文，在 "方法 "部分是否给出了用于蛋白质鉴定的软件的版本号？版本号对于评估数据分析的质量和可重复性至关重要。

打个比方，使用 10 年前发布的 Mascot server 2.4 版对内源性多肽鉴定结果进行 2.8 版的重复搜索，也可能会改善结果并发现许多新多肽。

如果能声明软件的发布日期和年份，也会很有帮助。 许多软件包的发布频率很高，很少有人能从版本号看出软件的历史有多长。

一项实验的计划、实施和发布往往需要很长时间，在某些情况下可能需要继续使用旧版本的软件。 另一方面，如果实验中使用的软件已经非常老旧，那么看看使用较新版本能在多大程度上改进数据分析可能是一个值得关注的话题。

有关 Mascot Server 数据可重复性的更多信息，以及如何从版本号中找到 Mascot Server 的发布日期，请参阅博文。

使用Mascot发表的特色文章

在这里，我们重点介绍了最近有趣且重要的文章，该文章采用Mascot进行蛋白质鉴定，定量或表征，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发送给我们PDF或URL。

Mapping the Human Chondroitin Sulfate Glycoproteome Reveals an Unexpected Correlation Between Glycan Sulfation and Attachment Site Characteristics

Fredrik Noborn, Jonas Nilsson, Carina Sihlbom, Mahnaz Nikpour, Lena Kjellén, Göran Larson

Mol Cell Proteomics (2023) 22, 100617

作者开发了一种方法来确定人类硫酸软骨素蛋白多糖（CSPGs）的核心肽序列和结合位点，CSPGs 由与各种核心蛋白结合的硫酸软骨素（CS）多糖组成。

对含有 CSPG 的样本进行胰蛋白酶消化，然后使用强阴离子交换色谱法富集 CS 糖肽。 将富集的糖肽与软骨素酶 ABC 培养，使 CS 多糖分子解聚。 这些过程使肽和 6-18 聚糖结构仍然附着在肽上。

样品通过 LC-MS/MS 进行分析，数据库搜索包括可变修饰设置，以确定[HexA(-H2O)GalNAcGlcAGalGalXyl-O-]的剩余 6 聚体结构上是否附着 0、1 或 2 个硫酸根或磷酸根。 这项工作已经完成，其 分析结果表明，可以确定 21 个已知的 CSPG 和 5 个新的 CSPG，同样的分析也适用于 8-18-mer 蛋白。 对这些结果的统计分析显示，CS 的硫酸化程度与结合基团的酸度有关。

Mascot Server 2.8.3

Mascot Server 2.8.3 已发布！该补丁修复了 6 个与搜索引擎有关的错误、4 个与 Perl 脚本（如显示结果）有关的错误、1 个与 ms-monitor.exe 中不正确日志信息有关的错误，以及 1 个与 AMD EPYC 处理器许可有关的错误。 更多信息请参见公告页面。

如果您拥有 2.8 版许可证，请免费安装更新程序。 安装程序可从支持页面下载，并可从 2.8.0、2.8.1 或 2.8.2 版本开始更新。 有关操作说明，在连接到官方网站后向下滚动到屏幕底部，阅读 "Windows 更新步骤 "和 "Linux 更新步骤 "部分。 页面底部包含标题为 2.8.1 的部分。 页面底部还列出了自 2.8.0 以来的累积变更。

仅适用于有权使用 2.8 版的用户。 如需更多信息，请联系我们的中国地区技术支持。

About Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

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