欢迎来到第107期！

本月主题是庆祝Mascot Distiller 20 周年，“20“岁生日快乐！ Distiller ”出生“于 2003 年 6 月，一路以来，Distiller非常感谢用户们在过去二十年中提供的所有宝贵反馈！

本月的特色文章是关于牛结核病的快速检测。如果您有近期发表的论文，希望我们考虑刊登在即将出版的Newsletter上，欢迎您发送PDF或URL给我们。

本月Tips是关于如何使用 Mascot Daemon 自动生成 Distiller 定量报告。

如果您有任何意见或问题，请随时联系我们。

Mascot： 深受客户信赖25年的蛋白质质谱鉴定标准参考软件

Mascot Distiller 20周年

20 年前，Mascot Distiller 1.0 推出，目的是建立单一用户界面来处理与查看不同平台的原始数据，当时和现在一样，许多实验室都在使用着不同仪器商的设备。 Distiller统一的界面可以处理来自任何质谱仪器的数据，这样做的好处是可以保持分析方法的一致性，并最大限度地减少操作的学习成本。

在过去的 20 年中，11 个主要版本和 24 个补丁版本的不断开发改进了系统的功能和易用性。非常感谢所有提出改进意见和建议的用户。

以下是添加到原始 Distiller 中的工具箱：

• Mascot Daemon：使用 Mascot Daemon 自动处理 Distiller 文件
• Developer Toolbox：从单独开发的 Windows 应用程序中调用 Distiller 峰值提取模块
• Search Toolbox：提供与 Mascot Server的de novo从头测序和数据库搜索集成
• Quantitation Toolbox：支持等位、同位素和无标记定量分析

此外，定量分析的报告功能性、简便性、计算速度和处理数据的范围多年来也得到了显著提升。有关 Mascot Distiller 的演变以及该软件如何促进您的工作流程和分析的更多信息，请参阅我们的博客文章。

另外，如果您想对 Mascot Distiller 进行评估，我们提供 30 天免费试用，请通过电子邮件联系我们。

使用Mascot发表的特色文章

在这里，我们重点介绍了最近有趣且重要的文章，该文章采用Mascot进行蛋白质鉴定，定量或表征，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发送给我们PDF或URL。

LAP-MALDI MS Profiling and Identification of Potential Biomarkers for the Detection of Bovine Tuberculosis

Sophie E. Lellman, Christopher K. Reynolds, A.K. Barney Jones, Nick Taylor, and Rainer Cramer

J. Agric. Food Chem. 2023, 71, 13899−13905

牛结核病（bTB，Bovine TuBerculosis）是一种正在全球蔓延的疾病，威胁着牛的生存与乳品业的经济及社会发展，并且这种疾病还会通过人畜共通传染对人类生活造成巨大风险。 2021 年，牛结核病在英国造成了约 1 亿英镑的损失，超过 27,000 头牛被屠宰检疫。

在这篇文章中，作者探索了使用 LAP（liquid atmospheric pressure，液体大气压）-MALDI MS 检测 bTB 的方法。作者从健康奶牛、患结核病的奶牛和患乳腺炎的奶牛身上采集了 95 份鼻拭子作为样本。这些样本经过蛋白质沉淀、还原-烷基化、胰蛋白酶消化和使用 C₁₈ ZipTips 纯化等过程进行处理，整个过程不到 4 小时（标准检测方法需要 72 小时）。 纯化后的样品通过 LAP-MALDI MS 分析和 LAP-MALDI MS/MS 分析。

质谱分析采用监督线性判别分析（LDA，Linear Discriminant Analysis）和主成分分析（PCA，principal component analysis）进行降维。结果，建立了一个三类预测模型来识别 bTB，其总体分类准确率为 85.7%，bTB 检测灵敏度为 75.0%，特异性为 90.1%。 详细的 MS/MS 分析还发现牛蛋白 S100-A12 是区分健康牛和病牛的关键蛋白。

自动生成Distiller定量结果的报告

Mascot Daemon 有一个强大的 "外部进程对话框（External Processes Dialog）"，允许在不同进程点上执行脚本和程序，不同进程点分别是任务开始时、执行搜索前、搜索结束后、任务完成后。 外部进程对话框 功能强大，不过，每个定时只能调用一个外部任务。

作为解决办法，我们创建了一个辅助 perl 脚本，称为 Mascot Daemon eXport Extender (MDXE)，它可以同时运行多个脚本，也可以运行多个外部任务，实现批量处理 Distiller 项目，当需要将多个 RAW 文件作为单个 Daemon 任务处理时，这非常有用。

在搜索和定量计算完成后，它可用于自动归档 Distiller 定量报告。有关如何下载和安装 MDXE 的说明，请参阅本博文。 使用方法很简单，只需复制默认设置，启用或禁用 Distiller 报告输出，然后编写命令，将 MDXE 作为 Daemon 中的 "完成任务后 "步骤运行即可。

About Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

请联系康昱盛以获取更多的信息。

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