欢迎来到第108期！

Mascot可以鉴定来自复杂基质或者更宽分离窗口的嵌合谱图中的肽段。

本月的特色文章展示了一个表征整合膜蛋白的方法。如果您有近期发表的论文，希望我们考虑刊登在即将出版的Newsletter上，欢迎您发送PDF或URL给我们。

本月Tips是关于Mascot Distiller 2.8.5 补丁版本的发布。

如果您有任何意见或问题，请随时联系我们。

Mascot: 深受客户信赖25年的蛋白质质谱鉴定标准参考软件

嵌合谱图中的肽段鉴定

在分析复杂混合样品（如环境样品）或使用宽前体分离窗口设置（如 DIA）时，MS/MS 图谱峰会与正常情况不同，这种情况下，质谱更有可能同时选择多个前体离子，然后对其进行碎片化，产生具有混合碎片峰的 "嵌合 "MS/MS谱图，与普通的数据库搜索相比，嵌合谱图的数据库搜索更为困难。

Mascot Server 支持嵌合谱图搜索已有 10 年之久，举个简单的例子，如果多个前体碎片混合被碎裂到一张谱图中，那么Mascot用户只需在 Mascot Generic Format（MGF）文件中增添其他前体离子的PEPMASS 信息即可。如果你的峰提取软件并不产生MGF文件，那么请试一试Mascot Distiller。

让我们回过头来解释一下 Mascot 在接收到包含多条 PEPMASS 行的 MGF 时所进行的数据处理：当Mascot读取到MGF文件时，会根据每行PEPMASS，产生对应的Query的副本，每个副本都含有原始峰列表的拷贝，并单独参与数据库搜索以及打分。其他Query所匹配的碎片峰将被视为自身匹配中的噪声，并从列表中删除。 这种方法有很多优点， 例如，除非有明确的碎片证据，否则匹配的多肽不会得到适当的评分。

要想找到嵌合谱图并非易事， 我们为此创建了一个提供基本嵌合度信息的脚本作为辅助工具，它可用于任何版本的 Mascot，如果您感兴趣，请下载并使用它。 该脚本可统计峰列表文件中每张谱图的前体数量，并显示包含肽混合物的谱图明细。另外，我们建议将decoy数据库类型从反向(reverse)改为随机(random)，以使 FDR计算更优。

如想了解更多嵌合谱图搜索相关的更多信息，请前往我们的博客文章查看。

使用Mascot发表的特色文章

在这里，我们重点介绍了最近有趣且重要的文章，该文章采用Mascot进行蛋白质鉴定，定量或表征，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发送给我们PDF或URL。

Liquid-chromatography mass spectrometry describes post-translational modification of Shewanella outer membrane proteins

Jessica H. van Wonderen, Jason C. Crack, Marcus J. Edwards, Thomas A. Clarke, Gerhard Saalbach, Carlo Martins, Julea N. Butt

BBA - Biomembranes 1866 (2024) 184221

作者开发了一种 LC/MS 方法，用于研究从雪旺氏菌（Shewanella）中纯化的整体膜复合体 MtrCAB 的三种蛋白质。 该方法采用两步法，在蛋白质与色谱柱牢固结合的同时，使用甲醇水溶液完全去除表面活性剂。 然后用乙腈水溶液梯度洗脱分离蛋白质，并直接注入质谱仪。 在蛋白质洗脱之前，悬浮在非离子表面活性剂十二烷基麦芽糖苷（DDM）中的膜蛋白质会与表面活性剂完全分离。

MtrA和MtrB蛋白的完整质量与预测值（分别为38,570和75,052）相差2Da以内，而MtrC蛋白的测量值比预测值大552Da。MS/MS显示了MtrA（64%）、MtrB（94%）和MtrC（74%）蛋白质中可检测肽段的良好覆盖率，但MtrC肽段分析未能发现支持完整质量分析所提示的翻译后修饰的证据。 因此，作者分析了没有末端翻译后修饰的人工形式的 MtrC 蛋白，结果与预测质量一致。结合其他显示脂质翻译后修饰的研究，作者得出结论：本研究中检测到的 MtrC 蛋白完整质量的增加很可能是 N 端半胱氨酸被棕榈油酸二酰化的结果。

Mascot Distiller 2.8.5

Mascot Distiller 2.8.5 现已发布，此次发布的补丁版本侧重于错误修复，错误修复包括分层聚类的报告功能、工具提示文本、序列标签和 PMF 搜索。

我们推荐所有的用户进行下载安装，安装程序可从此处获取。

About Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自Sciex, Agilent, Bruker, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

请联系康昱盛以获取更多的信息。

Matrix Science Ltd, 64 Baker Street, London W1U 7GB, UK
T +44 (0)20 7486 1050  F +44 (0)20 7224 1344  E info@matrixscience.com