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本月博客的主题是用Mascot分析DIA数据，Mascot采用以谱图为中心的方式可以很容易地分析窄小窗口DIA数据

本月的特色文章介绍了涉及DNA损伤修复的泛素化蛋白质的测量。如果您有近期发表的论文，希望我们考虑刊登在即将出版的Newsletter上，欢迎您发送PDF或URL给我们

本月Tips：Windows Server 2019 主流支持即将结束 – Mascot Server 2.7 及更早版本受到影响

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Mascot: 深受客户信赖25年的蛋白质质谱鉴定标准参考软件

窄窗口DIA数据的质谱图中心搜索

数据非依赖采集（DIA）谱图通常采用以肽为中心的分析方法，即将通过实验或机器预测建立的MS/MS质谱图库与采集到的DIA谱图进行比较。相反，谱图为中心的DIA方法则采用标准数据库搜索未注释的MS/MS数据，避免了对实验谱库或预测谱库的依赖。

这种方法在处理非预期的化学修饰方面具有明显的优势。以肽为中心方法中，实验谱库（Experimental Library）中必须预先确定修饰信息，对于预测谱库（Predicted Library），感兴趣的修饰必须包含在用于训练模型的数据中。以谱图为中心匹配则更容易解释和可视化。此外，由于质谱图可以独立搜索，因此很容易在多个处理器上并行计算搜索结果。

我们使用Mascot Server和Mascot Distiller分析了来自前列腺癌研究的窄窗口（8 m/z）DIA数据集，该研究涉及20名癌症患者和非癌症患者。Mascot Daemon自动完成了峰值拾取和搜索提交。在选定的1% PSM FDR下，我们发现约160万个显著的PSM，涵盖4296个蛋白质命中和约2.05万个肽序列。

在每次运行之间进行匹配和保留时间校正后，我们还对整个数据集进行了无标记定量。由于采用质谱图中心的方法，我们观察到大多数组分在整个XIC区域都有肽匹配，从而为鉴定提供了高度的可信度。

欢迎访问我们的博客，深入了解有关窄窗口DIA的信息。

使用Mascot发表的特色文章

在这里，我们重点介绍了最近有趣且重要的文章，该文章采用Mascot进行蛋白质鉴定，定量或表征，如果您想要您的文章也在这里重点推荐，请发送给我们PDF或URL。

Dissecting ubiquitylation and DNA damage response pathways in the yeast Saccharomyces cerevisiae using a proteome-wide approach

Ewa Blaszczak, Emeline Pasquier, Gaëlle Le Dez, Adrian Odrzywolski, Natalia Lazarewicz, Audrey Brossard, Emilia Fornal, Piotr Moskalek, Robert Wysocki, Gwenaël Rabut

Molecular & Cellular Proteomics, Published online: December 13, 2023

在 DNA 损伤反应（DDR）中，泛素通过调节相关蛋白质的定位、活性和稳定性发挥着关键作用；DNA 损伤修复缺陷是导致癌症发展和人类过早衰老的根本原因。在这项研究中，作者调查了酵母在接受DNA烷基化剂甲基磺酸（MMS）处理时泛素化的变化。

为了进行定量分析，酵母细胞在两种不同的培养基（不含赖氨酸和亮氨酸）中进行培养，并补充 "轻"（¹²C₆¹⁴N₂）或 "重"（¹³C₆¹⁴N₂）赖氨酸。 在培养的最后一小时，向使用 "重" 赖氨酸培养的细胞一侧添加 MMS；将添加和未添加 MMS 的细胞以 1:1 的比例混合，收集细胞并提取蛋白质。 用固定金属亲和层析法浓缩泛素化蛋白质，然后用 Lys-C 和胰蛋白酶消化。 使用抗 K-ε-GG 抗体包被珠进一步纯化泛素化肽。 这些肽在反相介质中分馏，并通过 LC/MS-MS 进行分析。 在数据库搜索过程中，蛋氨酸氧化、泛素二甘氨酸残基（-GG，114.04 Da）和 Leu-Arg-Gly-Gly 残基（-LRGG，由一次未被胰蛋白酶裂解的错误引起，383.23 Da）被设定为可变的翻译后修饰。

研究人员对对应于 1853 个蛋白质的 5397 个 K-ε-GGG 肽段进行了定量分析。结果发现，其中 来自473 个蛋白质的 556 个肽段在 MMS 处理后上调了两倍以上，而 来自513 个蛋白质的 644 个肽段则下调了。 在 435 个蛋白质中发现了 519 个泛素残基，其中 260 个（50%）尚未在 BioGrid 交互存储库中被引用，可能代表了新的发现。

Windows Server 2019

在您阅读本通讯时，微软已于2024年1月9日结束对Windows Server 2019的主流支持。Windows 10的主流支持也将在18个月后，即2025年10月结束。如果您在Windows上运行Mascot Server，Mascot将继续工作，但您的IT人员可能会要求进行操作系统更新。

令人欣慰的是，Mascot Server 2.8完全支持Windows 11和Server 2022。更新Windows是很容易的，不会对Mascot的运行造成任何问题。

然而，由于Mascot中包含的第三方Perl模块存在的问题，Mascot Server 2.6和2.7无法在Windows 11和Server 2022上正常运行。根据Windows更新版本和其他因素，在2023年10月的Windows安全更新（操作系统版本17763.4974）之后，数据库管理器将不再工作，所有Mascot CGI脚本也将不再工作。我们在一些Windows Server 2019系统上也观察到了这个问题。

最简单、最迅速的解决方案是更新到Mascot Server 2.8；如果考虑应用Windows 11，请务必同时考虑更新Mascot Server。

About Matrix Science

Matrix Science 为蛋白组学的研究人员以及科学家提供生物信息分析工具，帮助他们更快速，更可信的鉴定和定量蛋白。Mascot 软件全线支持来自 Agilent, Bruker, Sciex, Shimadzu, Thermo Scientific 以及 Waters质谱仪生成的质谱数据。

请联系康昱盛以获取更多的信息。

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